Dec 21, 2009
Dec 18, 2009
新的挑戰—for YCK (更新)
真是不好意思,我又改變順序了
1. 回溶HeLaTet (#3、#4)及HONE1Tet
2. 測試Bsd在TW03、CGHNK2及Zeo對HeLaTet、HONE1Tet的耐受性
3. 293FT用來包pLentiTR6, pLentiFlag-gZ, -cZ及GFP (每種包3個well, 就是半盤6-well plate之意).
同時,可否問一下進階業務,"LONZA"有款叫KGM的medium,專門用來養keratinocyte,是否有進一部資料可供參考! 謝謝.
----------------------------------------------------------
on 12/2/2009 Crazy SFL wrote:
哈哈哈, 新年新氣象,這是給YCK和YLC的小禮物。先把手邊的東西忙完後,請著手下面有趣的實驗:
1. 回溶HeLaTet (#3、#4)及HONE1Tet
2. 測試Bsd在TW03、CGHNK2及Zeo對HeLaTet、HONE1Tet的耐受性
3. 293FT用來包pLentiTR6, pLentiFlag-gZ, -cZ及GFP (每種包3個well, 就是半盤6-well plate之意).
同時,可否問一下進階業務,"LONZA"有款叫KGM的medium,專門用來養keratinocyte,是否有進一部資料可供參考! 謝謝.
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on 12/2/2009 Crazy SFL wrote:
哈哈哈, 新年新氣象,這是給YCK和YLC的小禮物。先把手邊的東西忙完後,請著手下面有趣的實驗:
- Try to establish TW03-TetR, CGHNK2-TetR, CGHNC8-TetR and TW2.6-TetR。
- Try to establish Luc, ER and gZ (B95-8 strain) in HONE1Tet, NP460Tet, TW03Tet, CGHNK2Tet, CGHNC8Tet and TW2.6Tet。這裡有個重點就是請再重讀一下原instruction manual, 把induction量弄到和293TetER相可匹配的程度。我們需要步步為營。
Dec 1, 2009
量化西方墨漬法
以後實驗室quantitate protein band請依以下步驟進行:
- Plasmid 最好是一起抽的一批, 因實驗室LB/BHI已過使用期限,希望大家每次抽質體時盡量使用新鮮media及LB plate (1-cm厚度最佳),超過一個月以上的media及plate請自行定時清理(請不要當福壽螺到處蔓延留種,謝謝)。
- 若質體中有SV40-ori, 請以293T為host (DLR/expression etc),其餘它種質體則用293。
- Transfection (24~48 h)每次請做p-100/1 ml-lysate的份量(6x p-35/1.2-ml), protein lysate量一次到位,不要老是重複在養細胞/TF效率好像有問題/plasmid不夠...(姑且稱之為小鼻子小眼睛的實驗)
- 檢測各質體間表現量:(i) 請以wild-type為標準 (所以wild-type可能要多transfect一份),293T為host的取5-ug及10-ug, 293為host的取25-ug及50-ug protein extracts run數片小膠,確定所使用的西方墨漬條件可分出一倍和兩倍間的差異。若是過強,那就請在砍primary/ secondary antibody濃度、incubation時間、ECL強度上三件事情上做調整。(ii)依前步驟所訂出的條件run一片小膠檢查各檢體間是否差異很大,如有二倍以上差異而各步驟又沒有太大疑慮,那表示可能有protein stability/proteosome involved,值得設計其他實驗來分析之.兩倍以下差異者微調input量可繼續往下的實驗。(Plasmid, 細胞用畢的請定時清理,不要當福壽螺到處蔓延留種,謝謝)。
- 附註定量software有三款,請在Lab Protocol中找到小抄。
Novartis 石明石博士 Michael Shi 演講
- TKI 258 was a FGFR1 inhibitor, but the use of TKI 258 causes FGF23/bFGF increased.
- Melanoma trial found FGF mediated escape form anti-angiogenesis (sorxxxtinb/...) Early phase: VEGFR2 blockadge.
- Phase 3 trials: (a) FGFR3 expression/t94,14) trans-location in melanoma (b) FGFR3 mutations in bladder cancer (c) FGFR1 expression in breast cancer [這裡若有蒲教授的data就好了!!]
- AUY 922 is an inhibitor of HSP90 for GI tract tumor.
- BGT226 is is on clinical trial for NPC (與中文大學馬教授合作,明年AACR發表) 另一位Mike補充陳所長有拿藥用在oral cavity (張光裕醫師 was in charge, he found this drug induced autophagic death in a panel of oral cancer cells)
- BKM120 is a PI3K -specific inhibitor; BGT226 and BE2 232 are dual kinase inhibitors (mTOR and PI3K) 這部份還是沒有搞清楚.
- ASA 404 in NSCLC.
- LED 225 is for Smoothened/Hedgehog pathway.
- MGM 黃秀芬醫師介紹 Tissue bank/LCM slides for Chlorangiocarcinoma...
Nov 21, 2009
知識分享 - immunopreciptitation
LHC大型強子對撞器→修好了
Nov 19, 2009
Nov 18, 2009
Nov 9, 2009
Nov 1, 2009
宜蘭之旅
DASL: cDNA mediated Annealing Selection, extension and Ligation (Illumina)
expression array of 40 N/T OSCC samples from Dr.蕭.
ShSSAT: growth inhibition escape. Illumina's miRNA and methylation array for 40 N/T OSCC samples from Dr.蕭. ※Prof. Cheng has a natural compound for regulating the miRNA concentratin as fast as in 30 min.
SFL: Prof Cheng sugggested me to do the protien chip or pay more attention to the original material collection/ Prof Yan asked me if we have siRNA library for PTKs.
ENO1: 甲型烯醇酶 alphaEnolase. (Chimei 251 oral cancer patients. 106/251 with lymphonode metastasis)※ENO1/uPA/PA1 → MMP → galectin-3 cleavage → BrCA metastasis. ※ PAI promoter SNP polymorphism → higher incidence..? ※ Additional signals CXCL12, CCL2, STAT3※ENO1/Nrf2 and radiation resistance (IL6 by macrophage) → protect from chemotherapy and radiation therapy. Professor comments: inflammation is very close to hypoxia condition. VEGFR is closely related to metastasis. Question is: what is the resaronthat causese ENO1 to go up? is it totally the consequence of Hypoxia ? HIF1alpha?※the use of second ATG of ENO1 (48 kDa) produced MBP (37 kDa)
OVTA1/KIAAxxx/a Ser/Thr kinase: Ab from lung patient (turned out was a ovarian meta from lung) → serological screening of OVTA1 on ovarian cancer samples by using phage displaying system → N-terminus/Pro-rich/Ser/Thr Kinase domain/Ubi docking domain/regularatory domain (TPHGYAH motif identified by the Ab/phage displaying system) → expression level fo OVTA1 is associated with cell growth → si OVTA1, cell growth shut down/over-express OVTA1, cell growth increases → OVTA1 faciltates G1 progression※p21KO mouse 比同期的wild type 不易(or更容易)罹癌. OVTA1 may exert functions via Src. → OVTA1 gene-KO mouse with Dr.林SW at NTU. ※ENO1/inflammatory response and NF-KB
Nrf2/Keap1/ARF forms ubiquitination complex →IHC of Nrf2 expession level is high in oral cancer sample, but is heterogenesis (the use of wrong antibody?)※hypoxia and reoxygeneration※cisplatin/IR-resistant cells
B292 causes the increament of acetylated alpha tubulin, but inhibits tubulin polymerization ※a hybrid of J30 (taxol) and HDAC275※B292: for a series of cell line IC50 is about 50-100 nM but HUVEC is 42 uM, SAHA is 15.5 uM, 可是tube formation及 angiogenesis 又有被抑制. [me: alpha tubulin/HDAC6 expression in HUVEC, possibly be different from that of in other cell type??] low neuro toxicity in SH-SY5Y 250 nM no calcium influx.
PI3K/mTOR signaling pathways and H&N cancer: 90% EGFR is over-expressed in Euro/USA but no mutations was found; In Taiwan, EGFR amplicfication was found in 24~58% patients, EGFRVIII 42%. ※Dual mTOR and PI3K inhibitor:BGT226 Norvatis) (※No mutations was found in the PI3K or ?? regions of Taiwan HNSCC samples. Growth inhibition 12.5±5.1 nm. (Here comes a quiestion, Dr. Chang's 2 cell lines whose BGT226 sensitivity were not correlated with AKT phosphporylation) 覺得這部份的pathway 和 feed-back事件要搞清楚.
Secretome paper註載NPC and HNSCC and Chang-Gung Dr. Yu's Mac-2 in OEC-M1 and SCC-4.
3D culture and tumor micro-environment的模型建立. Valerie M Weaver的Webpage.
Dr.常DOH got funded, VEGF and SDF1/CXCR4 and signaling pathway biomarker with pancreatic cancer; desmoplastic (?) reactionin PDAC (=high fibrosis) → blood flow 差, 藥物無法到達tumor. ※ Tumor interstitial fluid pressure increases , vascular normalization by anti anti-angiogenesis. ※ Tumor blood flow interruption after radiation therapy strongly inhibts tumor regression. ※ radiation 造成細胞最嚴重傷害是在G2/M ※ shear stress/G2/M arrest/FAK activation/T84 cells/醫工組2008 PNAS paper/ ※ Prof Cheng's comment 搞清楚並模擬collagen I or IV/相對ITGs/ECM與coronial invasion system之關連.
Aldo-keto rectase (AKR) and redox GADD45-alpha ※ Nrf2 increases 則AKR increases, why? (because Nrf2 is related to ubiquitination system?) ※ c-Kit TK1 versus HSP90: AUY922 is a HSP90 inhibitor, AUY922 can efficiently suppress c-Kit and phosphorylated form of c-Kit, why?
Gemcitabine resistant cell lines ※ 2% O2 is a physiological hypoxia condition ※ HIF-alpha Yale 查一查..??
Treg and TAM in PDAC (a form of highly inflammatory disease)※ADM (acinar to ductal)→PanIN → PDA: K-Ras mutation (90%) → p16 loss (90%) → p53 inactivation (50-75%) → Smad4 loss (55%) ※Tumor associated macrophage (TAM) in BrCA and lung CA, the more infiltration of TAMs, the worse prognosis ※ conditional media from PBMCor THP-1 could stimulate the secretion of IL10, TGFb by TAM, to inhibits cancer cell proliferation. ※ Conditional media from cancer cells could stimulate TAM to secrete CCL22 ※ Lox-Stop-Lox (LSL)_Kras G12D x Pdx1-Cre
RT-PCR sequencing instead of genetic mutation check-u
TIEG1/KLF10: TGFbeta inducible early gene [Rev]. 與Sp1/Smad有關. Binding sites CCCTC??, could this be involved in DNA boundary process? HPRD shows the full-length one interacts with Sp1. ※Pim1 binds to a consensus motif pS/TP. ※Promoter of TIEG1 is highly methylated in oral cancer samples.
Kallikrein: KLK13/Cx 19/clustered gene family (proteases) [GeneID]: potential good biomarkers.
AXL inhibitor: 10-20 nM (IC50) Rigel Pharm... (CA, USA)
Combine Gencitabine and target thearpy (ex TKI, NFKB..) ※Aspirin is a IKKbeta inhibitor ※SAHA可contact夏醫師 ※first in man traial made in house: SCB01Q (BPRoL075)/CA4P tubulin polymerization and VDA (vascular disruption agent) ※CPT11在亞洲用藥要先genotype UGTA1*x6 nad UG1A1*28, Prof Yan suggested GenMED Chip {?} to analyze the genotype ※ Prof Cheng mentioned about Japan's CYP2D6.
Walter: MAGE A (CT1) gene family ※ 12 related gene members in the A family/located at Xq28, expressed during spermatogenesis. functions: binds to Skip, MAGE A11 can stablize ligand-free androgen, MAGE A and C-termunus can induces p53 dependent and independent apoptosis ※ MAGE A3: GSK 已將此分子列為tumor vaccine therapy, is a potential tumor marker present in 35-50% lung CA, 35% bladder CA, 74% in melanoma and HCC, 49% in Head and Neck cancers.
expression array of 40 N/T OSCC samples from Dr.蕭.
ShSSAT: growth inhibition escape. Illumina's miRNA and methylation array for 40 N/T OSCC samples from Dr.蕭. ※Prof. Cheng has a natural compound for regulating the miRNA concentratin as fast as in 30 min.
SFL: Prof Cheng sugggested me to do the protien chip or pay more attention to the original material collection/ Prof Yan asked me if we have siRNA library for PTKs.
ENO1: 甲型烯醇酶 alphaEnolase. (Chimei 251 oral cancer patients. 106/251 with lymphonode metastasis)※ENO1/uPA/PA1 → MMP → galectin-3 cleavage → BrCA metastasis. ※ PAI promoter SNP polymorphism → higher incidence..? ※ Additional signals CXCL12, CCL2, STAT3※ENO1/Nrf2 and radiation resistance (IL6 by macrophage) → protect from chemotherapy and radiation therapy. Professor comments: inflammation is very close to hypoxia condition. VEGFR is closely related to metastasis. Question is: what is the resaronthat causese ENO1 to go up? is it totally the consequence of Hypoxia ? HIF1alpha?※the use of second ATG of ENO1 (48 kDa) produced MBP (37 kDa)
OVTA1/KIAAxxx/a Ser/Thr kinase: Ab from lung patient (turned out was a ovarian meta from lung) → serological screening of OVTA1 on ovarian cancer samples by using phage displaying system → N-terminus/Pro-rich/Ser/Thr Kinase domain/Ubi docking domain/regularatory domain (TPHGYAH motif identified by the Ab/phage displaying system) → expression level fo OVTA1 is associated with cell growth → si OVTA1, cell growth shut down/over-express OVTA1, cell growth increases → OVTA1 faciltates G1 progression※p21KO mouse 比同期的wild type 不易(or更容易)罹癌. OVTA1 may exert functions via Src. → OVTA1 gene-KO mouse with Dr.林SW at NTU. ※ENO1/inflammatory response and NF-KB
Nrf2/Keap1/ARF forms ubiquitination complex →IHC of Nrf2 expession level is high in oral cancer sample, but is heterogenesis (the use of wrong antibody?)※hypoxia and reoxygeneration※cisplatin/IR-resistant cells
B292 causes the increament of acetylated alpha tubulin, but inhibits tubulin polymerization ※a hybrid of J30 (taxol) and HDAC275※B292: for a series of cell line IC50 is about 50-100 nM but HUVEC is 42 uM, SAHA is 15.5 uM, 可是tube formation及 angiogenesis 又有被抑制. [me: alpha tubulin/HDAC6 expression in HUVEC, possibly be different from that of in other cell type??] low neuro toxicity in SH-SY5Y 250 nM no calcium influx.
PI3K/mTOR signaling pathways and H&N cancer: 90% EGFR is over-expressed in Euro/USA but no mutations was found; In Taiwan, EGFR amplicfication was found in 24~58% patients, EGFRVIII 42%. ※Dual mTOR and PI3K inhibitor:BGT226 Norvatis) (※No mutations was found in the PI3K or ?? regions of Taiwan HNSCC samples. Growth inhibition 12.5±5.1 nm. (Here comes a quiestion, Dr. Chang's 2 cell lines whose BGT226 sensitivity were not correlated with AKT phosphporylation) 覺得這部份的pathway 和 feed-back事件要搞清楚.
Secretome paper註載NPC and HNSCC and Chang-Gung Dr. Yu's Mac-2 in OEC-M1 and SCC-4.
3D culture and tumor micro-environment的模型建立. Valerie M Weaver的Webpage.
Dr.常DOH got funded, VEGF and SDF1/CXCR4 and signaling pathway biomarker with pancreatic cancer; desmoplastic (?) reactionin PDAC (=high fibrosis) → blood flow 差, 藥物無法到達tumor. ※ Tumor interstitial fluid pressure increases , vascular normalization by anti anti-angiogenesis. ※ Tumor blood flow interruption after radiation therapy strongly inhibts tumor regression. ※ radiation 造成細胞最嚴重傷害是在G2/M ※ shear stress/G2/M arrest/FAK activation/T84 cells/醫工組2008 PNAS paper/ ※ Prof Cheng's comment 搞清楚並模擬collagen I or IV/相對ITGs/ECM與coronial invasion system之關連.
Aldo-keto rectase (AKR) and redox GADD45-alpha ※ Nrf2 increases 則AKR increases, why? (because Nrf2 is related to ubiquitination system?) ※ c-Kit TK1 versus HSP90: AUY922 is a HSP90 inhibitor, AUY922 can efficiently suppress c-Kit and phosphorylated form of c-Kit, why?
Gemcitabine resistant cell lines ※ 2% O2 is a physiological hypoxia condition ※ HIF-alpha Yale 查一查..??
Treg and TAM in PDAC (a form of highly inflammatory disease)※ADM (acinar to ductal)→PanIN → PDA: K-Ras mutation (90%) → p16 loss (90%) → p53 inactivation (50-75%) → Smad4 loss (55%) ※Tumor associated macrophage (TAM) in BrCA and lung CA, the more infiltration of TAMs, the worse prognosis ※ conditional media from PBMCor THP-1 could stimulate the secretion of IL10, TGFb by TAM, to inhibits cancer cell proliferation. ※ Conditional media from cancer cells could stimulate TAM to secrete CCL22 ※ Lox-Stop-Lox (LSL)_Kras G12D x Pdx1-Cre
RT-PCR sequencing instead of genetic mutation check-u
TIEG1/KLF10: TGFbeta inducible early gene [Rev]. 與Sp1/Smad有關. Binding sites CCCTC??, could this be involved in DNA boundary process? HPRD shows the full-length one interacts with Sp1. ※Pim1 binds to a consensus motif pS/TP. ※Promoter of TIEG1 is highly methylated in oral cancer samples.
Kallikrein: KLK13/Cx 19/clustered gene family (proteases) [GeneID]: potential good biomarkers.
AXL inhibitor: 10-20 nM (IC50) Rigel Pharm... (CA, USA)
Combine Gencitabine and target thearpy (ex TKI, NFKB..) ※Aspirin is a IKKbeta inhibitor ※SAHA可contact夏醫師 ※first in man traial made in house: SCB01Q (BPRoL075)/CA4P tubulin polymerization and VDA (vascular disruption agent) ※CPT11在亞洲用藥要先genotype UGTA1*x6 nad UG1A1*28, Prof Yan suggested GenMED Chip {?} to analyze the genotype ※ Prof Cheng mentioned about Japan's CYP2D6.
Walter: MAGE A (CT1) gene family ※ 12 related gene members in the A family/located at Xq28, expressed during spermatogenesis. functions: binds to Skip, MAGE A11 can stablize ligand-free androgen, MAGE A and C-termunus can induces p53 dependent and independent apoptosis ※ MAGE A3: GSK 已將此分子列為tumor vaccine therapy, is a potential tumor marker present in 35-50% lung CA, 35% bladder CA, 74% in melanoma and HCC, 49% in Head and Neck cancers.
Oct 26, 2009
Oct 24, 2009
Sep 11, 2009
Aug 28, 2009
所謂的p-Value...
我們一般用的是Student's test. Wiki的介紹在這裡.
用途是在檢定兩組數據間相同的可能性,機率(p)小於o.o5表示這兩組其實是有差別的。 對想看差異性的人、p越小越有意思。
檢定的方式有三種:
(1)若兩組數據sample數相同, 則用成偶檢定 (paired t-test).
(2)若兩組數據sample數不同,但變異數相同,則做一般檢定 (t-test).(例如都是針對有無KR,實驗組有8個檢體,而對照組卻只做了5個). 在excel中,paired t-test參數是1, t-test參數是2. 因為2的條件較寬鬆,所以通常2做出來的p值較小(=相同的可能性較低=很合理嘛,因為兩組連sample數目都不同).
(3)若兩組數據sample數及變異數都不相同,則將參數設為3來作檢定.用今天最夯的話題來作比喻:有兩組人分別位於一條海峽的兩邊,同樣是用excel中TTEST做雙尾,3的測試.如果我們檢定兩組人對黃金的喜好, p值會接近1,看不出這兩組人有什麼分別;但是如果對達賴喇嘛四個字當議題做檢定,那p值會立刻變小,兩組人的差異會顯現出來.
總之,我們的實驗多是在相同條件下操作,應視為變異數相同,所以平常用1或2即可.生統學家則相反,因為他們的sample數目及屬性均超越時空,因此要選3才能見端倪.
用途是在檢定兩組數據間相同的可能性,機率(p)小於o.o5表示這兩組其實是有差別的。 對想看差異性的人、p越小越有意思。
檢定的方式有三種:
(1)若兩組數據sample數相同, 則用成偶檢定 (paired t-test).
(2)若兩組數據sample數不同,但變異數相同,則做一般檢定 (t-test).(例如都是針對有無KR,實驗組有8個檢體,而對照組卻只做了5個). 在excel中,paired t-test參數是1, t-test參數是2. 因為2的條件較寬鬆,所以通常2做出來的p值較小(=相同的可能性較低=很合理嘛,因為兩組連sample數目都不同).
(3)若兩組數據sample數及變異數都不相同,則將參數設為3來作檢定.用今天最夯的話題來作比喻:有兩組人分別位於一條海峽的兩邊,同樣是用excel中TTEST做雙尾,3的測試.如果我們檢定兩組人對黃金的喜好, p值會接近1,看不出這兩組人有什麼分別;但是如果對達賴喇嘛四個字當議題做檢定,那p值會立刻變小,兩組人的差異會顯現出來.
總之,我們的實驗多是在相同條件下操作,應視為變異數相同,所以平常用1或2即可.生統學家則相反,因為他們的sample數目及屬性均超越時空,因此要選3才能見端倪.
Aug 21, 2009
清理完冰箱後...
首先要謝謝大家的通力合作,希望丟掉/收納一些東西後,大家的手氣會更順!
下週我會把新的list一一印出來,例如protein marker/DNA marker現在都只留一兩根在門上,其餘都已放進新的盒子中.在這段過度時間中,若有東西找不到,請不吝在版上留言.有任何建議或不暸解處,也請提出來討論.另外每天最後離開的人,請幫忙確定一下兩個-20是否都已上鎖!謝謝.
下週我會把新的list一一印出來,例如protein marker/DNA marker現在都只留一兩根在門上,其餘都已放進新的盒子中.在這段過度時間中,若有東西找不到,請不吝在版上留言.有任何建議或不暸解處,也請提出來討論.另外每天最後離開的人,請幫忙確定一下兩個-20是否都已上鎖!謝謝.
Aug 15, 2009
0815新聞
這個基因好帥~(新聞在此~請按我)
基因突變 3%人只需日睡6小時
〔編譯張沛元／綜合報導〕美國科學家發現一種突變基因，使人每天晚上只需要睡6小時，依然能獲得充分休息並維持身體健康。不過，僅有3%的人類身上帶有這種突變基因，意味大多數人還是需要睡至少6小時以上。此一發現14日刊載於「科學」期刊。
日夜節律是掌管人類睡眠、飢餓與活動的一種生化循環。研究日夜節律的加州大學專家，發現一對母女每晚睡眠時間都不超過6.5小時；若晚上10點睡覺，69歲的母親隔天清晨4點起床，44歲的女兒則是4點半起床。
DEC2基因突變 不需睡滿8.5小時
驗血發現，這對母女掌管細胞製造與日夜節律的DEC2基因出現突變，似乎導致她們不需要像大多數人一樣，必須睡滿8.5小時才能獲得充分休息。
研究負責人、加州大學舊金山分校的神經學教授傅英惠（譯音）說，這名母親目前年逾70，經常出國旅行，每週有3到4個晚上會去跳舞。
傅英惠團隊研判，帶有這種突變基因者的睡眠比較深沉，所以不需睡太多。傅英惠估計，全人類中可能僅3%帶有這種突變基因，因此大多數睡眠時間少於8小時的人，形同累積對身體健康不利的因子；她正在研究是否能利用藥物來複製這種突變基因的效果，但該研究目前僅處於初步階段。
基因突變 3%人只需日睡6小時
〔編譯張沛元／綜合報導〕美國科學家發現一種突變基因，使人每天晚上只需要睡6小時，依然能獲得充分休息並維持身體健康。不過，僅有3%的人類身上帶有這種突變基因，意味大多數人還是需要睡至少6小時以上。此一發現14日刊載於「科學」期刊。
日夜節律是掌管人類睡眠、飢餓與活動的一種生化循環。研究日夜節律的加州大學專家，發現一對母女每晚睡眠時間都不超過6.5小時；若晚上10點睡覺，69歲的母親隔天清晨4點起床，44歲的女兒則是4點半起床。
DEC2基因突變 不需睡滿8.5小時
驗血發現，這對母女掌管細胞製造與日夜節律的DEC2基因出現突變，似乎導致她們不需要像大多數人一樣，必須睡滿8.5小時才能獲得充分休息。
研究負責人、加州大學舊金山分校的神經學教授傅英惠（譯音）說，這名母親目前年逾70，經常出國旅行，每週有3到4個晚上會去跳舞。
傅英惠團隊研判，帶有這種突變基因者的睡眠比較深沉，所以不需睡太多。傅英惠估計，全人類中可能僅3%帶有這種突變基因，因此大多數睡眠時間少於8小時的人，形同累積對身體健康不利的因子；她正在研究是否能利用藥物來複製這種突變基因的效果，但該研究目前僅處於初步階段。
Aug 9, 2009
Aug 7, 2009
KSHV-2009 Annual Meeting
2009/08/07_KSHV 2009
我們以後出國參加會議,尤其是歐美地區,所有步驟都要提早.才不會像這次一樣,慌慌張張地,處處都驚覺怎麼老是晚別人一部搶到好康的..目前SOP暫擬如下,請大家看看可行嗎?
1)abstract在deadline前一週寫好,24~72小時前寄出.
2)abstract deadline開始十天內是用來報名,詢問機票,旅館,籌劃旅程用的.
3)出發日前六週填寫電子表單,以利行前取得補助款項 (ps.先付的註冊費用,應由老闆代墊).
4)出發日前兩週完成Poster及Oral講稿,前一週完成rehersal（莫大的榮耀啊,恭喜小丸子...）
5)出發日前三天:睡飽、寫完實驗記錄、培養輕鬆愉悅心情、期待學習之旅!
08/05/09 SFL wrote:
旅館search result : 連結於此 (有眉目了呦,這次一定要把握, 大會秘書Leslie回信告知group rate確定已用完). 小丸子、Natsumi san我們今天來填電子表單怎麼樣?（十點左右我會下去先把旅館訂了,接著就來填表!）
(ps有試著找尋下半年度在日本或香港適合各位的會議,結果=0 (殘念).
7/19/09 SFL wrote:
將於九月十三~十六日在美國Charleston, South Carolina舉行.官方網站在這裡. 小嬿及小丸子可考慮競爭這個fellowship(註冊費475美金可waive掉). Due date for abstract submission is June-14.
KSHV 2009
我們以後出國參加會議,尤其是歐美地區,所有步驟都要提早.才不會像這次一樣,慌慌張張地,處處都驚覺怎麼老是晚別人一部搶到好康的..目前SOP暫擬如下,請大家看看可行嗎?
1)abstract在deadline前一週寫好,24~72小時前寄出.
2)abstract deadline開始十天內是用來報名,詢問機票,旅館,籌劃旅程用的.
3)出發日前六週填寫電子表單,以利行前取得補助款項 (ps.先付的註冊費用,應由老闆代墊).
4)出發日前兩週完成Poster及Oral講稿,前一週完成rehersal（莫大的榮耀啊,恭喜小丸子...）
5)出發日前三天:睡飽、寫完實驗記錄、培養輕鬆愉悅心情、期待學習之旅!
08/05/09 SFL wrote:
旅館search result : 連結於此 (有眉目了呦,這次一定要把握, 大會秘書Leslie回信告知group rate確定已用完). 小丸子、Natsumi san我們今天來填電子表單怎麼樣?（十點左右我會下去先把旅館訂了,接著就來填表!）
(ps有試著找尋下半年度在日本或香港適合各位的會議,結果=0 (殘念).
7/19/09 SFL wrote:
將於九月十三~十六日在美國Charleston, South Carolina舉行.官方網站在這裡. 小嬿及小丸子可考慮競爭這個fellowship(註冊費475美金可waive掉). Due date for abstract submission is June-14.
1)abstract在deadline前一週寫好,24~72小時前寄出.
2)abstract deadline開始十天內是用來報名,詢問機票,旅館,籌劃旅程用的.
3)出發日前六週填寫電子表單,以利行前取得補助款項 (ps.先付的註冊費用,應由老闆代墊).
4)出發日前兩週完成Poster及Oral講稿,前一週完成rehersal（莫大的榮耀啊,恭喜小丸子...）
5)出發日前三天:睡飽、寫完實驗記錄、培養輕鬆愉悅心情、期待學習之旅!
08/05/09 SFL wrote:
旅館search result : 連結於此 (有眉目了呦,這次一定要把握, 大會秘書Leslie回信告知group rate確定已用完). 小丸子、Natsumi san我們今天來填電子表單怎麼樣?（十點左右我會下去先把旅館訂了,接著就來填表!）
(ps有試著找尋下半年度在日本或香港適合各位的會議,結果=0 (殘念).
7/19/09 SFL wrote:
將於九月十三~十六日在美國Charleston, South Carolina舉行.官方網站在這裡. 小嬿及小丸子可考慮競爭這個fellowship(註冊費475美金可waive掉). Due date for abstract submission is June-14.
Aug 5, 2009
Maxi-Prep Log
應是去年10月就該PO的-大力感謝小丸子及小嬿 ! (謝對人了嗎?)
10/23/2008: (1)pEF1-RL, (2)pLenti-Flag-ERTA, (3)phRL-TK, (4) S634A/S636A
10/29/2008: (1)pRp#5, (2) pLenti-Flag-KRTA
11/21/2008: (1)pGL3-KRtapl, (2) pLenti4-Flag-CPO
BHLF1-Luc (waiting..)
10/23/2008: (1)pEF1-RL, (2)pLenti-Flag-ERTA, (3)phRL-TK, (4) S634A/S636A
10/29/2008: (1)pRp#5, (2) pLenti-Flag-KRTA
11/21/2008: (1)pGL3-KRtapl, (2) pLenti4-Flag-CPO
BHLF1-Luc (waiting..)
Jul 10, 2009
想要少病長壽?請減食
Jun 22, 2009
每天開工前請務必確認是否有已有AB number!
來問問大家的意見→為什麼不愛取AB number?
這包括下列兩種情形:(A)有在寫實驗記錄,但累積至一定量才要去登錄;(B)只靠腦袋在記,並沒有在寫記錄。這是我們Lab必守規矩之一(正在操作中的實驗一定要有一個AB#),希望大家都能共襄盛舉!
每天不把目標確定好,就奮力地往前衝,形同沒有行程、沒有目的地的旅行,出差錯、顧此失彼、原地繞圈子的機率非常高。另外,好的遊記一定來自每分每秒的悸動與想法,要等都玩回來了才逐步去描述,許多感覺早已失真了。作為科學家,頭腦清楚,認真誠實地做記錄、寫報告是我們的本份。能把這項份內工作培養成興趣/習慣會更好。勉勵大家要盡忠職守,把實驗室LogBook當作是我們整體的成長寫真集,不要馬虎掉取AB#這個重要步驟。
這包括下列兩種情形:(A)有在寫實驗記錄,但累積至一定量才要去登錄;(B)只靠腦袋在記,並沒有在寫記錄。這是我們Lab必守規矩之一(正在操作中的實驗一定要有一個AB#),希望大家都能共襄盛舉!
每天不把目標確定好,就奮力地往前衝,形同沒有行程、沒有目的地的旅行,出差錯、顧此失彼、原地繞圈子的機率非常高。另外,好的遊記一定來自每分每秒的悸動與想法,要等都玩回來了才逐步去描述,許多感覺早已失真了。作為科學家,頭腦清楚,認真誠實地做記錄、寫報告是我們的本份。能把這項份內工作培養成興趣/習慣會更好。勉勵大家要盡忠職守,把實驗室LogBook當作是我們整體的成長寫真集,不要馬虎掉取AB#這個重要步驟。
Jun 8, 2009
DLR 更新 (from 9/30/08 Lab Meeting 心得彙整)
小嬿的私房菜:
1)ER對CMV-RL有50%抑制、對SV40-RL有66%抑制、對TK-RL有5倍活化能力,因此推薦EF1-RL為internal ctrl。
2)gZ對SV40-RL有2倍活化、對TK-RL有4~5倍活化能力。
3)KR對SV40-RL有80%抑制、對EF1-RL有異常高倍活化能力,因此推薦TK-RL或-hRL為internal ctrl。
--------------------------------------
09/30/2008 Lab Meeting心得彙整
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下.(1) Internal control: pFA-GAL4系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,而vector control pFc-dbd當初卻沒有clone進去這段活性,所以最後選擇以值最高的pEF1-RL為internal control(約一萬)來蓋過KRTA/TA的basal level.(2)pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control.(3)以後操作DLR的SOP:第一步,找出哪個internal control不會被你的activator影響,這個數值代表的是你的每個well間transfection,passive lysis,到DLR assay這些步驟的一致性.當這個值高高低低(加減10%以上)的時候代表若非技術還待磨鍊,就是其它東西會影響這個internal control的表現量或活性,而這時候去思考firefly/renilla是...愚蠢的.第二步,activator/repressor對responsive elements常有bi-phasic mode,就是量在一個區域內是線性上升,可是在另一個高一點的區域內又會成線性壓抑(好像小富翁與大富翁對照快樂係數的比例,個人覺的一億台幣是那個分界點...ㄟ怎麼會談到這個?)所以像這次Maruko和YCK做的不同比例測試的前置實驗是需要的.
Maruko:全長KR之DLR以TK-RL或TK-hRL作為internal control均可(ps.SV40-RL會被KR抑制80%活性,而EF1-RL似乎被瘋狂活化);IP進行中;latency disruption籌劃中.
小嬿:(1)之前結果顯示EBV Z對SV40 promoter會有二倍活化,對TK-RL(or)TK-hRL有4~5倍活化.(2)以SV40-RL為internal control下,證實gZ,cZ可活化BHLF1-Luc,tZ is non-functional.(3)以electroporation方法證實gZ,cZ可活化p3HR1中EAD,但是endogenous Z好像沒出來(a梗?). (4)293Tet_gZ(3 clones), 293Tet_cZ(2 clones), and 293Tet_tZ持續放大篩選中.(5)下星期被吩咐要報RNA pol II pausing的paper所以(實驗進度就免了).建議實驗:(1)EBV Rta與Zta的transient-transfection實驗,仿小丸子和YCK上週做的2:1, 1:1, 1:5, 1:11條件,看看EBV Rta與Zta對其direct-binding promoter之behaviour是否相似?(2)P3HR1那一組blots,雖亂,考慮檢查endogenous Rta是否有被叫出?(用NTU ascites那一管)
Ingrid:Protein purification進行中;DLR western blot analysis 進行中;pFA-GAL4活性測試條件決定,其中366AA絲毫不差地repeat了PWW結果,366EE亦上升,暗示OGlcNAc修飾會壓低TA活性.另外,全長,各clone表現量與latency disruption等實驗則待測.
CCL:是不是induction當天泡個15~25-ml含Dox的medium,然後以換medium方式加Dox在細胞中.EREV8是293系列細胞,所以passage時每一步都要考慮淋上細胞的液體會不會太冷,讓細胞漂起來.
小蓮: Per has been discussed last Fri, cut down the transfection reagent to the lowest amount, replace cultures with fresh medium 24 h after transfection, and try L2k.
1)ER對CMV-RL有50%抑制、對SV40-RL有66%抑制、對TK-RL有5倍活化能力,因此推薦EF1-RL為internal ctrl。
2)gZ對SV40-RL有2倍活化、對TK-RL有4~5倍活化能力。
3)KR對SV40-RL有80%抑制、對EF1-RL有異常高倍活化能力,因此推薦TK-RL或-hRL為internal ctrl。
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09/30/2008 Lab Meeting心得彙整
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下.(1) Internal control: pFA-GAL4系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,而vector control pFc-dbd當初卻沒有clone進去這段活性,所以最後選擇以值最高的pEF1-RL為internal control(約一萬)來蓋過KRTA/TA的basal level.(2)pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control.(3)以後操作DLR的SOP:第一步,找出哪個internal control不會被你的activator影響,這個數值代表的是你的每個well間transfection,passive lysis,到DLR assay這些步驟的一致性.當這個值高高低低(加減10%以上)的時候代表若非技術還待磨鍊,就是其它東西會影響這個internal control的表現量或活性,而這時候去思考firefly/renilla是...愚蠢的.第二步,activator/repressor對responsive elements常有bi-phasic mode,就是量在一個區域內是線性上升,可是在另一個高一點的區域內又會成線性壓抑(好像小富翁與大富翁對照快樂係數的比例,個人覺的一億台幣是那個分界點...ㄟ怎麼會談到這個?)所以像這次Maruko和YCK做的不同比例測試的前置實驗是需要的.
Maruko:全長KR之DLR以TK-RL或TK-hRL作為internal control均可(ps.SV40-RL會被KR抑制80%活性,而EF1-RL似乎被瘋狂活化);IP進行中;latency disruption籌劃中.
小嬿:(1)之前結果顯示EBV Z對SV40 promoter會有二倍活化,對TK-RL(or)TK-hRL有4~5倍活化.(2)以SV40-RL為internal control下,證實gZ,cZ可活化BHLF1-Luc,tZ is non-functional.(3)以electroporation方法證實gZ,cZ可活化p3HR1中EAD,但是endogenous Z好像沒出來(a梗?). (4)293Tet_gZ(3 clones), 293Tet_cZ(2 clones), and 293Tet_tZ持續放大篩選中.(5)下星期被吩咐要報RNA pol II pausing的paper所以(實驗進度就免了).建議實驗:(1)EBV Rta與Zta的transient-transfection實驗,仿小丸子和YCK上週做的2:1, 1:1, 1:5, 1:11條件,看看EBV Rta與Zta對其direct-binding promoter之behaviour是否相似?(2)P3HR1那一組blots,雖亂,考慮檢查endogenous Rta是否有被叫出?(用NTU ascites那一管)
Ingrid:Protein purification進行中;DLR western blot analysis 進行中;pFA-GAL4活性測試條件決定,其中366AA絲毫不差地repeat了PWW結果,366EE亦上升,暗示OGlcNAc修飾會壓低TA活性.另外,全長,各clone表現量與latency disruption等實驗則待測.
CCL:是不是induction當天泡個15~25-ml含Dox的medium,然後以換medium方式加Dox在細胞中.EREV8是293系列細胞,所以passage時每一步都要考慮淋上細胞的液體會不會太冷,讓細胞漂起來.
小蓮: Per has been discussed last Fri, cut down the transfection reagent to the lowest amount, replace cultures with fresh medium 24 h after transfection, and try L2k.
May 22, 2009
May 18, 2009
Apr 23, 2009
實驗室工作分配 (定稿)
小丸子:OrionL、PCR儀器前公用區域、細胞間、咨詢。
Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。
小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。
小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。
以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。
各區域負責人有任何"規矩"希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。
小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。
小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。
以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。
各區域負責人有任何"規矩"希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Apr 22, 2009
公共區域請力求整齊清潔
知道大家都很忙,但是可不可以每天回家前再擠個五分鐘出來,把公共區域你的東西清理一下?一走入我們家一眼望去,水槽旁邊總是滿滿的、有塑膠袋、沾著乾掉牛奶的剪刀、鑷子、碎紙屑、算都算不清的大小量筒、鐵架、文具—還好還沒有臭味。然後幾乎四條bench的公用區域（不清楚自己bench上哪裡屬於公用區的請舉手）也是堆得滿滿的:shaker上有blots、儀器旁邊充著和儀器沒有相關的物品、一堆堆黑漆嗎烏的片子這裡放那裡擺, TC room、電話前的桌面就更慘了﹍
總之呢,自己的書桌、自己的bench你要怎麼處置都可以,但是屬於公用書桌（就是放了電腦/印表機的那一半）、公用bench、公用區域要盡你所能保持整潔,讓他人在使用時是處於最佳狀態(有沒有想過別人沒有辦法像你這麼容易就找到這本資料,會是多麼沮喪?所以用畢記得放回原處,謝謝)。這其實也是一種修行,所得福德很大喔!
小結:依據senescence理論, hyperplasia是老化現象,東西變多使得有你東西的地方變多變大應該不是好現象,但願大家常保年輕慢慢老化...
總之呢,自己的書桌、自己的bench你要怎麼處置都可以,但是屬於公用書桌（就是放了電腦/印表機的那一半）、公用bench、公用區域要盡你所能保持整潔,讓他人在使用時是處於最佳狀態(有沒有想過別人沒有辦法像你這麼容易就找到這本資料,會是多麼沮喪?所以用畢記得放回原處,謝謝)。這其實也是一種修行,所得福德很大喔!
小結:依據senescence理論, hyperplasia是老化現象,東西變多使得有你東西的地方變多變大應該不是好現象,但願大家常保年輕慢慢老化...
Apr 2, 2009
Ubiquitination/Ubiquitylation
Mar 30, 2009
Mar 25, 2009
請大家幫忙
為了4/10~11的review大會中本實驗室之成果簡報,能否請各提供一張以helvetica標示的power-point slide至nas上, respectively regarding:
小蓮:ERKV and E-RTA day 1,2,3,4 (both cell number count and wst-1)
小丸子: flow-cytometry analysis of latency disruption in 293(Tet)/rKSHV by K-RTA WT and phosphorylation mutants.
小嬿:EREV8 day 1,2,3,4,6,8 (cell number and wst-1)
ingrid則請提供上上次lab meeting的power-point即可。
謝謝大家!
小蓮:ERKV and E-RTA day 1,2,3,4 (both cell number count and wst-1)
小丸子: flow-cytometry analysis of latency disruption in 293(Tet)/rKSHV by K-RTA WT and phosphorylation mutants.
小嬿:EREV8 day 1,2,3,4,6,8 (cell number and wst-1)
ingrid則請提供上上次lab meeting的power-point即可。
謝謝大家!
貨
是叫做這個名字嗎?
金田一耕助系列1-犬神家一族
犬神家的悲劇……開始於一封遺產分配極度不公平的遺書。而這件連續兇殺案的死者，都跟傳家寶——斧、琴、菊有關。在事件背後活躍的蒙面男、謎樣的軍人以及留下詛咒消失的女人……一連串令人匪夷所思的可怕真相，將由金田一耕助揭曉！
2004秋季SP《金田一耕助系列2 - 八墓村》
戰國時代，有八位武士帶著三千兩黃金來到一個破落村莊，卻慘遭利欲薰心的村民們殺害，許多怪異事件因而接連發生，人們便稱這個村莊為“八墓村”。曾帶領村民攻擊八位武士的田治見莊左衛門，他的子孫——要藏在大正某年瘋狂地殘殺三十二個村民後，行蹤成謎。二十幾年後，“八墓村”仿佛被下了魔咒一般，再度演出驚悚殺人事件。要藏的石棺裏埋藏了傳說中三千兩黃金的證據——三枚金幣，這三枚金幣卻讓他的兒子辰彌陷入惡魔的詛咒之中——八墓神即將追索他的犧牲者……八墓村村民漏夜追殺辰彌，震天的殺聲將辰彌逼入萬劫不復的鬼火潭中。究竟辰彌能否逃過這次劫難？暗藏幕後的真兇是何人？三千兩黃金到底只是傳說或真有其事？
2006冬季SP《金田一耕助系列3 - 女王蜂》
2007冬季SP《金田一耕助系列4 - 惡魔吹著笛子來》
可是我怎麼沒找到Suzuki Ichiro(是這樣拼的嗎?)?
金田一耕助系列1-犬神家一族
犬神家的悲劇……開始於一封遺產分配極度不公平的遺書。而這件連續兇殺案的死者，都跟傳家寶——斧、琴、菊有關。在事件背後活躍的蒙面男、謎樣的軍人以及留下詛咒消失的女人……一連串令人匪夷所思的可怕真相，將由金田一耕助揭曉！
2004秋季SP《金田一耕助系列2 - 八墓村》
戰國時代，有八位武士帶著三千兩黃金來到一個破落村莊，卻慘遭利欲薰心的村民們殺害，許多怪異事件因而接連發生，人們便稱這個村莊為“八墓村”。曾帶領村民攻擊八位武士的田治見莊左衛門，他的子孫——要藏在大正某年瘋狂地殘殺三十二個村民後，行蹤成謎。二十幾年後，“八墓村”仿佛被下了魔咒一般，再度演出驚悚殺人事件。要藏的石棺裏埋藏了傳說中三千兩黃金的證據——三枚金幣，這三枚金幣卻讓他的兒子辰彌陷入惡魔的詛咒之中——八墓神即將追索他的犧牲者……八墓村村民漏夜追殺辰彌，震天的殺聲將辰彌逼入萬劫不復的鬼火潭中。究竟辰彌能否逃過這次劫難？暗藏幕後的真兇是何人？三千兩黃金到底只是傳說或真有其事？
2006冬季SP《金田一耕助系列3 - 女王蜂》
2007冬季SP《金田一耕助系列4 - 惡魔吹著笛子來》
可是我怎麼沒找到Suzuki Ichiro(是這樣拼的嗎?)?
我的dream counter
Beckman Coulter細胞計數分析儀Z2系列廣泛用於細胞與血球計數實驗室，
而Multisizer 3分析範圍更為廣泛且可以電腦做完整控制與訊號處理的系統;
生藥組上次領我們去走山路的那個老師家有台Multisizer 2 (MS2),
誰去探探看他們用得如何?
而Multisizer 3分析範圍更為廣泛且可以電腦做完整控制與訊號處理的系統;
生藥組上次領我們去走山路的那個老師家有台Multisizer 2 (MS2),
誰去探探看他們用得如何?
Mar 23, 2009
Mar 17, 2009
Mar 16, 2009
Mar 15, 2009
Mar 12, 2009
Mar 11, 2009
3/11 會議彙整(更新)
(A) Diagnosis and Prognosis Biomarkers
另外明天(3/12)下午3:30與陳醫師round table discussion、
3/23(星期一)上午10:00與VGH李醫師討論。
- Pancpin (張)
- AXL (long/short forms) (莊)
- Hsp27/70/90/Cdc 25A, B, C (陳、黃)
- Treg (detection of Foxp3 promoter methylation) (黃)
- HMT、HDAC (夏)
- Anticancer synergism/sensitivity/resistance (莊、劉)
- PTKs (protein tyrosine kinase) up-regulated in CAPAN1:DDR1, EPHA1, EPHA2, EPHB3, ERBB2, ERBB3, ERBB4,MERTK, MET, RON,PTK6,SRMS,TNK1 (林)
- PTPs (protein tyrosine phosphatase) up-regulated in CAPAN1: PTPN20,PTPRF, PTPRH, PTPRJ,PTPRK,PTPRR (林)
另外明天(3/12)下午3:30與陳醫師round table discussion、
3/23(星期一)上午10:00與VGH李醫師討論。
Mar 9, 2009
會議通知
時間：98年3月11日(三) 中午12時
地點：研究大樓 R1-1013 會議室 (警衛室旁邊)
會議名稱：BOP研究團隊臨時緊急會議
出席人員：Dr.莊雙恩 Dr.黃智興
Dr.張文祥 Dr.劉界元
Dr.陳美霞 Dr.夏興國
Dr.林素芳
※請自備午餐會議聯絡人：Dr.黃智興(Tel:31709)
地點：研究大樓 R1-1013 會議室 (警衛室旁邊)
會議名稱：BOP研究團隊臨時緊急會議
出席人員：Dr.莊雙恩 Dr.黃智興
Dr.張文祥 Dr.劉界元
Dr.陳美霞 Dr.夏興國
Dr.林素芳
※請自備午餐會議聯絡人：Dr.黃智興(Tel:31709)
Mar 4, 2009
我在想 LabMeeting...
(1)是不是大家可以在報data前先show一張想要放在paper裡的圖,比方說"這是我們預計放在paper裡的圖二,這裡還差一個western,而往下就是我最近針對這個部份所做的努力…" 我知道輪到我們時,常常所剩時間有限,但是多一個這樣的介紹可以幫忙聽眾快速進入你的主題,也比較有靈感幫你出主意,另外也可以加速paper的完成。(註一:和paper沒有立即相關的實驗,則把AB number及exp logbook上的題目寫上去,當做第一張slide。註二: introduction一張就好,不許囉哩巴嗦報流水帳喔!)
(2)下週開始,改成Ingrid和小丸子一組/小嬿和小蓮一組輪流報告。這是因為實驗屬性較相似的人放在一起所做的調整。謝謝大家。
(2)下週開始,改成Ingrid和小丸子一組/小嬿和小蓮一組輪流報告。這是因為實驗屬性較相似的人放在一起所做的調整。謝謝大家。
我們是該關網呢?還是該擴編?
如題。本是想進來close-up、清除網際垃圾的,但看了智興有留言,就手癢又回了二則comment。接著心血來潮,覺得李老師啊、靜娟、能耀、柯俊、及那些忙碌的醫師們會不會有興趣以blog溝通?像這樣:
親愛的各位,這裡有一篇好文,教人如何處理genome-wide data,在bioinformatician還未找到前,是一篇可以自修的功課。
有人反對我邀請台南的同仁加入嗎?
有多少人贊成我關網?(目前還是有二人沒有接受邀請、所以算二票)
親愛的各位,這裡有一篇好文,教人如何處理genome-wide data,在bioinformatician還未找到前,是一篇可以自修的功課。
有人反對我邀請台南的同仁加入嗎?
有多少人贊成我關網?(目前還是有二人沒有接受邀請、所以算二票)
我沒有意願加入與工研院的合作計畫
想必各位have received the message from Dr. L-T Chen. 我個人沒意願，因為我只想快樂地做研究，我不想花太多時間在寫計畫及報告，我也沒意願去跟很多不了解甚至不認識的人合作。
Feb 25, 2009
小撇步
(1) 每筆Recent comment最後一行註明留言人的hyperlink按一下,就可追到這筆回應的相對po文。
(2) 開文時下方有個 "Labels for this post",請填個名稱以利分類。
(3) 第一名進網的夏博士還沒有張文呢—期待喔~
(2) 開文時下方有個 "Labels for this post",請填個名稱以利分類。
(3) 第一名進網的夏博士還沒有張文呢—期待喔~
Feb 24, 2009
Feb 23, 2009
2/23 會議彙整
From 文祥's 草稿：
(1) Individual's interests:
智興-pancreatic ca, 界元-pancreatic ca, 美霞-pancreatic ca, 興國-oral ca followed by pancreatic, 文祥/素芳-皆可,服從多數決。
(2)粗分三項(A)clinical therapy(B)tumor marker (智興、美霞、界元+?)(C)tumor biology (興國、雙恩、界元、素芳+?)(文祥我忘了你該在哪,sorry)
(3)申請金額35~50k/individual都有人建議。
(4)黃博士述及與榮總合作經驗
(5)夏博士述及與三總合作經驗
(6)論及與tainanbop合作模式
(7)待確定事項:陳老師、于老師是否加入
(8)Group leader:任重道遠、無量功德、……建議組員輪流擔任
(1) Individual's interests:
智興-pancreatic ca, 界元-pancreatic ca, 美霞-pancreatic ca, 興國-oral ca followed by pancreatic, 文祥/素芳-皆可,服從多數決。
(2)粗分三項(A)clinical therapy(B)tumor marker (智興、美霞、界元+?)(C)tumor biology (興國、雙恩、界元、素芳+?)(文祥我忘了你該在哪,sorry)
(3)申請金額35~50k/individual都有人建議。
(4)黃博士述及與榮總合作經驗
(5)夏博士述及與三總合作經驗
(6)論及與tainanbop合作模式
(7)待確定事項:陳老師、于老師是否加入
(8)Group leader:任重道遠、無量功德、……建議組員輪流擔任
解釋一下
(1)網址好記嗎?bop=breast ∨ oral ∨ pancreatic.
(2)別人google得到嗎? 設定不被archive,所以理論上是不會被搜尋到的(但重要機密還是不po為宜)
(3)誰有權限發文/下comment?暫定黃劉陳張夏林莊七人
(4)好用嗎?五分鐘內搞定. Call me for the assistance -ext 35107
(5)如何報到呢?請po個文闡述你對任何事的看法,字數不限,哈哈哈…
(2)別人google得到嗎? 設定不被archive,所以理論上是不會被搜尋到的(但重要機密還是不po為宜)
(3)誰有權限發文/下comment?暫定黃劉陳張夏林莊七人
(4)好用嗎?五分鐘內搞定. Call me for the assistance -ext 35107
(5)如何報到呢?請po個文闡述你對任何事的看法,字數不限,哈哈哈…
Feb 11, 2009
Dear all
i'm so sorry about recent cell contamination,
i will take care the processing of cell culture more than before,
i hope it will never happen again.
Hope your experiments will be fine.
p.s if the grammer is wrong, please tell me, thank you, haha
i will take care the processing of cell culture more than before,
i hope it will never happen again.
Hope your experiments will be fine.
p.s if the grammer is wrong, please tell me, thank you, haha
Feb 5, 2009
Professor Sugden's NTU Talk
講題:How Epstein-Barr Virus Sustains Lymphomas
時間:Feb-11-2009 (Wed) 10:30~12:00
地點:NTU 202 演講廳
下午1:30起有round table discussion也鼓勵各位來學英文啊!
這是Sugden Lab的網站(絕對要看那一部EBV animation)
竹南欲前往者建議這樣子去
8:25左右圓拱門右方板橋頭份國光號(SFL還有8張票)
9:50左右至新埔捷運站→台北車站轉紅線→10:30前抵NTU medical school
回程的話國光號板橋站4:30、5:40、7:00、9:00有車。
時間:Feb-11-2009 (Wed) 10:30~12:00
地點:NTU 202 演講廳
下午1:30起有round table discussion也鼓勵各位來學英文啊!
這是Sugden Lab的網站(絕對要看那一部EBV animation)
竹南欲前往者建議這樣子去
8:25左右圓拱門右方板橋頭份國光號(SFL還有8張票)
9:50左右至新埔捷運站→台北車站轉紅線→10:30前抵NTU medical school
回程的話國光號板橋站4:30、5:40、7:00、9:00有車。
Feb 2, 2009
Jan 30, 2009
小兵祝大家新年快樂啦 ~
哈哈...好久沒出現啦...(因為有點給它, 過太爽了 ^o^ )
先報告一下近況, 小兵我現在在林口的後勤學校受訓
幾乎都在上課, 上些急救術, 急救設備, 大量傷患處理, 國軍軍醫單位組織...諸如此類的東西 (小無聊, 而且要考試有點麻煩)
自由的時間變多了 (幾乎都在看雜誌, 最近三個月的GQ, 男人幫, 壹週刊...大概都被我看完了)
也有時間打球 (荒廢好多年的籃球手感回來了 XD )
撇開食物不談, 這裡還不賴 (反正我的味蕾已經封印了, 再怎麼難吃都嗑的下去)
這裡預計受訓到2月底 (下一個單位還有待抽籤, 不過有1/3機率抽中外島就是 >.<)
嗯....近況大概就是這樣啦 ...
妳們大家可都好阿 ?
在此祝妳們都順利囉 ~ Happy New Year ~~~
先報告一下近況, 小兵我現在在林口的後勤學校受訓
幾乎都在上課, 上些急救術, 急救設備, 大量傷患處理, 國軍軍醫單位組織...諸如此類的東西 (小無聊, 而且要考試有點麻煩)
自由的時間變多了 (幾乎都在看雜誌, 最近三個月的GQ, 男人幫, 壹週刊...大概都被我看完了)
也有時間打球 (荒廢好多年的籃球手感回來了 XD )
撇開食物不談, 這裡還不賴 (反正我的味蕾已經封印了, 再怎麼難吃都嗑的下去)
這裡預計受訓到2月底 (下一個單位還有待抽籤, 不過有1/3機率抽中外島就是 >.<)
嗯....近況大概就是這樣啦 ...
妳們大家可都好阿 ?
在此祝妳們都順利囉 ~ Happy New Year ~~~
Jan 23, 2009
小蓮祝大家好運旺旺旺~
哇! 昨天在我的位置整理到一張光碟片~
那是學姊去年送我的! 上面寫著 ”2008恭喜發財”
我突然意識到~ 這是我在這過得第二個年了耶~
2008…
感覺像是昨天而已……
2009大家繼續一起努力向前衝~
在這裡我要對大家說謝謝!
謝謝SFL給我指導。
謝謝學姊讓我可以開心的做實驗。
謝謝Ingrid謝謝小嬿謝謝小丸，很多不懂的都要靠你們幫助我，給我意見...
我真的很喜歡大家，跟你們在一起真的很開心很快樂^^
最後，新年就是要有新希望啦~ (po在這就有存証了…..)
首先，新年我的最大新希望就是希望我們Lab的 paper狂發拉~~
再來就是希望我早日成家~找到好老公~~~從此幸福又快樂~ 哈!
最最後
祝大家新年快樂 實驗怎麼做都大成功 ^_^
那是學姊去年送我的! 上面寫著 ”2008恭喜發財”
我突然意識到~ 這是我在這過得第二個年了耶~
2008…
感覺像是昨天而已……
2009大家繼續一起努力向前衝~
在這裡我要對大家說謝謝!
謝謝SFL給我指導。
謝謝學姊讓我可以開心的做實驗。
謝謝Ingrid謝謝小嬿謝謝小丸，很多不懂的都要靠你們幫助我，給我意見...
我真的很喜歡大家，跟你們在一起真的很開心很快樂^^
最後，新年就是要有新希望啦~ (po在這就有存証了…..)
首先，新年我的最大新希望就是希望我們Lab的 paper狂發拉~~
再來就是希望我早日成家~找到好老公~~~從此幸福又快樂~ 哈!
最最後
祝大家新年快樂 實驗怎麼做都大成功 ^_^
新年快樂-PARTII
SORRY
剛剛手按太快就送出了
沒關係
就祝大家新年快樂加倍送
今年多了新成員--小丸子+小嬿
實驗室人氣強強滾
每天做實驗都覺得很熱鬧很開心
希望今年大家都可以狂發PAPER(我也要加油!)
而我要學習SFL的組織功力
盡量讓我的周圍乾淨整潔
這就是我的新年新希望
最後祝大家牛來運轉發大財
剛剛手按太快就送出了
沒關係
就祝大家新年快樂加倍送
今年多了新成員--小丸子+小嬿
實驗室人氣強強滾
每天做實驗都覺得很熱鬧很開心
希望今年大家都可以狂發PAPER(我也要加油!)
而我要學習SFL的組織功力
盡量讓我的周圍乾淨整潔
這就是我的新年新希望
最後祝大家牛來運轉發大財
Jan 22, 2009
新年賀文！
哇哈哈！我決定我要來寫個新年賀文！
話說我從端午節過後就在期待農曆年了，總算讓我等到這天啦！
先祝大家身體健康、平安如意、實驗順利、paper像印鈔機馬力全開一樣，源源不絕！
感謝大家過去兩年來的照顧，能認識這麼多好人一定是我上輩子做了很多好事！有人跟我說過：當有一天你回頭看自己經過的日子，發現心裡覺得這一切都是值得，那麼就是幸福了。這兩年有很多很多眼淚、很多很多挫折，可是我仍然很高興能經歷這些。
希望今年能再回到我原本應該走的軌道，做真正會讓我開心的事！
祝大家天天開心！大家新年快樂！
話說我從端午節過後就在期待農曆年了，總算讓我等到這天啦！
先祝大家身體健康、平安如意、實驗順利、paper像印鈔機馬力全開一樣，源源不絕！
感謝大家過去兩年來的照顧，能認識這麼多好人一定是我上輩子做了很多好事！有人跟我說過：當有一天你回頭看自己經過的日子，發現心裡覺得這一切都是值得，那麼就是幸福了。這兩年有很多很多眼淚、很多很多挫折，可是我仍然很高興能經歷這些。
希望今年能再回到我原本應該走的軌道，做真正會讓我開心的事！
祝大家天天開心！大家新年快樂！
p.s. SFL你說對囉！我很喜歡做實驗，我喜歡為了解決一個問題而不斷嘗試和努力的過程，我還記得和我的inducuble clone奮戰了半年，終於能用doxycycline叫醒Rta那天有多感動，真的是連滾帶爬的回實驗室(因為太高興了，所以走路都沒在看路，一直撞到人和冰箱)......
Jan 15, 2009
Jan 12, 2009
細胞老化和病毒再活化
這部份實驗是承接293TetER之後的故事,我希望剛開始的一些結果可以當做小嬿的論文。小蓮請先協助,小丸子與Ingrid在忙完KR後也要漸漸加進來,希望能夠把這部份的因果關係釐清清楚。以EREV8而言雖然和293TetER所表現flag-ER的量是相似的,但是因有病毒基因套在裡面,所以估計還不到SA-b-Gal最強的第十天,細胞可能因病毒大量製造的摧殘就掛了。ERKV可能也是如此。所以,我們要弄清楚什麼呢?
⓵Dox-treated 293TetER停在G1,那有病毒的細胞呢?
⓶Dox-treated 293TetER在serum-free這個stress存在下細胞巨觀並未如對照組產生顯著變化,而且病毒再活化時,在48小時以後細胞明顯變圓。再來,microarray顯示Rta或Rta+EBV或Rta+KSHV均會讓一群控制細胞架構的基因表現異常。另外,小龜的結果又顯示ER一表現可持續活化Erk(一個和cytoskeleton有密切關連的分子),這些線索之間相互間的關係到底是什麼?
⓷Dox-treated EREV8和ERKV有走完裂解期嗎?製造出來的病毒有感染力嗎?效價好嗎?(小嬿你真的要準備吃大餐了)
⓸另外幾組異常表現的基因如DUB/protease,chromosome binding protein等,如何和老化及病毒再活化連起來呢?
⓹細胞老化已知的pathway(growth arrest, activation of mTOR, secretion of mitogenic/antiapoptotic factor, activation of proteosome)可提供病毒什麼好處、讓它引發lytic cycle?
⓵Dox-treated 293TetER停在G1,那有病毒的細胞呢?
⓶Dox-treated 293TetER在serum-free這個stress存在下細胞巨觀並未如對照組產生顯著變化,而且病毒再活化時,在48小時以後細胞明顯變圓。再來,microarray顯示Rta或Rta+EBV或Rta+KSHV均會讓一群控制細胞架構的基因表現異常。另外,小龜的結果又顯示ER一表現可持續活化Erk(一個和cytoskeleton有密切關連的分子),這些線索之間相互間的關係到底是什麼?
⓷Dox-treated EREV8和ERKV有走完裂解期嗎?製造出來的病毒有感染力嗎?效價好嗎?(小嬿你真的要準備吃大餐了)
⓸另外幾組異常表現的基因如DUB/protease,chromosome binding protein等,如何和老化及病毒再活化連起來呢?
⓹細胞老化已知的pathway(growth arrest, activation of mTOR, secretion of mitogenic/antiapoptotic factor, activation of proteosome)可提供病毒什麼好處、讓它引發lytic cycle?
Jan 9, 2009
實驗室工作分配(初稿)
小丸子:OrionL、PCR儀器前公用區域、細胞間、咨詢。
Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。
小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。
小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。
以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。
新年度開始,建議大家訂閱Nature中文繁體版。每週四讓它帶給你最酷的新知!
方式：啟用你希望寄達的email帳戶,開啟一份新mail,收件人處貼上下列住址,
naturehcontents-on@mail-list.com
餘皆空白,然後按send就成了。若看了不愛,只要找到mail最下方unsuscribe的連結,也是寄出一份空白信就okay了,神不知鬼不覺地…另外歡迎大家詢問MyNCBI, RSS如何訂閱及使用等小撇步。工欲善其事必先利其器,我們千萬不要輸在起跑點…
最後是下星期三(1/14)吃大餐前一、二個小時,我們得撂起袖子,好好地把灰塵請走(書桌上的、櫃子上的、儀器上的、bench上的)。另外去年買了一罐碧麗珠放在paper cutter旁,也請多加利用。多勞動一下晚上的飯菜必定更加香甜〜
ps各區域負責人有任何"規矩"希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。
小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。
小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。
以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。
新年度開始,建議大家訂閱Nature中文繁體版。每週四讓它帶給你最酷的新知!
方式：啟用你希望寄達的email帳戶,開啟一份新mail,收件人處貼上下列住址,
naturehcontents-on@mail-list.com
餘皆空白,然後按send就成了。若看了不愛,只要找到mail最下方unsuscribe的連結,也是寄出一份空白信就okay了,神不知鬼不覺地…另外歡迎大家詢問MyNCBI, RSS如何訂閱及使用等小撇步。工欲善其事必先利其器,我們千萬不要輸在起跑點…
最後是下星期三(1/14)吃大餐前一、二個小時,我們得撂起袖子,好好地把灰塵請走(書桌上的、櫃子上的、儀器上的、bench上的)。另外去年買了一罐碧麗珠放在paper cutter旁,也請多加利用。多勞動一下晚上的飯菜必定更加香甜〜
ps各區域負責人有任何"規矩"希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Jan 2, 2009
Bye~2008!
話說老灰阿SFL是不太過新曆年的，因為農民曆(各廟宇均免費提供，這裡也有)好日子壞日子推算之精準,是令我著迷、捨陽就陰的最大原因。於是我的題目應是Bye~little mouse!
Little mouse年我們實驗室有了學生，有了post-doc，終於稱得上是轉大人成功。在基因層面上，我非常感激Jackie，JYChen， JYChang，及KW的支持。在外型表現上,我要謝謝小嬿及小丸子的加入，還有各個邀我當他們論文committee的老師與學生。這樣一來再加上原有的英蓮二傑，所以在這一年年底我們成功地把第一份論文推上Pubmed！這裡還要請大家原諒我的任性，如果Cell Cycle到6月份新的JCR出來點數還是只有3~4,我還是會繼續挺它的-直到它的簡捷、是非分明、少政治味、勇於挑戰主流思想的氣質消失為止...（咦，跳tone了請接→）所以本實驗室中的學生要畢業、博士後要找工作、老闆要幫忙學生和博士後並且維持實驗室的正常運作不會被令歇業、而助理來協助老闆達成目標。每個人各司其職、卻又彼此之間環環相扣→按吶講、你講好不好啦。
Little mouse年我們發現Rta會造成細胞老化，而且也促成病毒reactivation。從microarray data我希望能找到、描繪出這兩項過程有無關聯。Chance是很大的，因為許多促成老化的生化過程，「感覺起來」和病毒活化所需的過程非常相似，所以放在你們桌子上的計劃書就是寫這部分實驗到目前為止的進度與想法。另外，雖然over-express KR細胞沒有太多變化，但是在little mouse年我們也確定KR的糖化與磷酸化對它的活性有影響。因為糖化與磷酸化對其它細胞轉錄因子活性的調節，都被報告得好像很重要，所以，多讀類似文章、深入各種機制、學說，是把它們推銷出去的最好辦法。這也是我們新年的第一、二要務。
財務方面、實驗室整潔、各項運作則要謝謝大家一年來的幫忙(尤其是Ingrid)。各位的分憂解勞讓我覺得當老闆還真是幸福啊！不過為了達到一流實驗室的目的，我們來年還是有進步的空間，這方面會另外闢文討論 。最後是祈禱bull year大家身體健康、智慧增長、有好玩的事情發生！
Little mouse年我們實驗室有了學生，有了post-doc，終於稱得上是轉大人成功。在基因層面上，我非常感激Jackie，JYChen， JYChang，及KW的支持。在外型表現上,我要謝謝小嬿及小丸子的加入，還有各個邀我當他們論文committee的老師與學生。這樣一來再加上原有的英蓮二傑，所以在這一年年底我們成功地把第一份論文推上Pubmed！這裡還要請大家原諒我的任性，如果Cell Cycle到6月份新的JCR出來點數還是只有3~4,我還是會繼續挺它的-直到它的簡捷、是非分明、少政治味、勇於挑戰主流思想的氣質消失為止...（咦，跳tone了請接→）所以本實驗室中的學生要畢業、博士後要找工作、老闆要幫忙學生和博士後並且維持實驗室的正常運作不會被令歇業、而助理來協助老闆達成目標。每個人各司其職、卻又彼此之間環環相扣→按吶講、你講好不好啦。
Little mouse年我們發現Rta會造成細胞老化，而且也促成病毒reactivation。從microarray data我希望能找到、描繪出這兩項過程有無關聯。Chance是很大的，因為許多促成老化的生化過程，「感覺起來」和病毒活化所需的過程非常相似，所以放在你們桌子上的計劃書就是寫這部分實驗到目前為止的進度與想法。另外，雖然over-express KR細胞沒有太多變化，但是在little mouse年我們也確定KR的糖化與磷酸化對它的活性有影響。因為糖化與磷酸化對其它細胞轉錄因子活性的調節，都被報告得好像很重要，所以，多讀類似文章、深入各種機制、學說，是把它們推銷出去的最好辦法。這也是我們新年的第一、二要務。
財務方面、實驗室整潔、各項運作則要謝謝大家一年來的幫忙(尤其是Ingrid)。各位的分憂解勞讓我覺得當老闆還真是幸福啊！不過為了達到一流實驗室的目的，我們來年還是有進步的空間，這方面會另外闢文討論 。最後是祈禱bull year大家身體健康、智慧增長、有好玩的事情發生！
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