劉柯的4NQO老鼠與40T/N交叉比對部分

由 sufang 在 六, 06/28/2014 - 15:59 發表 Oral Cancer 4NQO Oral Cancer

說在前頭: 目前我拿的還是Illumina normalized的"group" data. 這和江博前次所提，做過SVA1的M0, M1, M2, M3稍稍不同。等江博轉好他的data給我，我會儘快送入Molas，到時就可reconfirm大家心目中有興趣的基因/pathway在兩組資料中有 沒有差很大。

所以，我再囉唆一次，因為看了下面兩個圖後，我把stage 2的資料先不加入分析，因此僅看 stage 0, stage1, stage 3, stage 4的基因變化趨勢，共篩出543個基因，也就是Pathway Book v1中的"mouse model"部份。

Janelle的部份

由 sufang 在 六, 06/28/2014 - 16:03 發表 Oral Cancer DOK NIC nicotine Oral Cancer

Nicotine (NIC) - treated DOK: 針對NIC4, NIC5, NIC6 vs DOK1的array data, 配合日前所提, NIC-treated DOK clones 有明顯增加cell proliferation及migration的現象, 可能參與的pathway/genes有:

1. DNA replication: MCM10 (3.37x), RECQL4 (2.32x), GINS2 (2.32x), CDC25A (3.01x), CDC7 (2.227x), NASP (2.19x), DTL (2.38x)。
2. Cell cycle: E2F2 (2.22x), CDC6 (2.75x), CDC7(2.27x), CDC25A (3.01x), PKMYT1 (2.31x), CDKN1A (=p21, 0.44x), SOX9 (0.31x), HBP1 (0.38x), STEAP3 (0.4x), RPS6KA2 (0.22x), RPS6KA3 (0.39x)
3. Transcriptional misregulation in cancers: SIN3A (0.52x), NUPR1 (0.39x)
4. Fibroblast growth factor binding: TGFBR3 (3.63x), FGFBP1 (2.51x), FGFR3 (2.83x, NIC獨有的)
5. TGF-beta signaling pathway: BMP4 (4.56x), BMP7 (8,98x)
6. Focal adhesion: COL5A1 (0.49x), LAMA3 (0.38x), THBS3 (0.53x), ITGA3 (0.5x) , ITGA5 (0.37x), MET (0.49x), ITGB5 (0.49x), VEGFA (0.37x), VEGFC (0.5x), SHC1 (0.52x), MAP2K1 (0.52x), CTNNB1 (0.42x) 細胞focal adhesion能力下降?
7. Cell adhesion: CLDN1 (0.46x), LPXN (0.34x), AMTN (0.21x) 細胞貼附能力下降?
8. Stress fiber: GAS2L1 (2.65x), ENAH (2.26x), NEBL (2.67x)
9. Epidermis development: KRT13 (75.39x, 可是不知為何去到40TN及4NQO mouse呈下降或不變趨勢)

小記一下:

–許多基因的上或下，AC和NNK較一致，但如果nicotine是由NNK來的，會期望看到nicotine與NNK較一致。先按下不表。

–KRT13被記載在下列這些GO中: tongue morphogenesis, keratin filament, intermediate filament, extracellular vesicular exosome, cellular response to retinoic acid, epidermis development, response to radiation

LOH

#1由 ywc 在 四, 07/03/2014 - 07:55 發表。

（無標題）