專家的話

又看到一篇有趣的文章了，米那桑!

Lab Life: Balancing act.

快快讀過的心得是：

1. 利用下載paper的記錄作為一個scientist花在研究相關工作上的指標，發現美國人工作得較晚、中國人則多利用週末兩天來做研究。
2. 文中提及每週花60(中國)~80(美國)小時在研究工作上是吃這行飯人的宿命。不過，大多數花長時間工作做科研的人卻是樂在其中。
3. 問題是投資報酬率，就是說creativity/productivity卻不是和長時間工作成正比。
4. New idea常常來自較放鬆愉快的情境中，因此要常常注意自己的狀態是不是太緊繃，也要發掘一、二樣可以讓自己心境reset的嗜好，並且適度take a break.
5. 要懂得規劃事情的優先順序，對那些輕而急的事情要堅持做完，對可以緩一點再做的事情要懂得跟太demanding的主管說no.

一定有漏掉的地方，請你讀完後也不吝加些心得呦!!

EVKV genome comparison

EVKV genome comparison

由 sufang 在 四, 12/13/2012 - 16:39 發表 

• EBV and KSHV
 
• EBV1
 
• KSHV_rc

捨不得丟掉的老圖

20121205 小夏報告

分享兩篇paper
1. 這篇: A model for ligand-induced DDR1 shedding.
(1) DDR1 在沒有collagen存在下，為全長125kDa的蛋白質。
(2) collagen刺激之下誘導DDR1 autophosphorylation，引起sheddase活化，進而將DDR1從細胞表面切成兩段(ectodomain shedding)。
(3) ectodomain shedding後，產生soluble DDR1 (a-subunit) 及membrane-anchored truncated DDR1 (beta-subunit) ，此時膜上的DDR1為tyrosine-phosphorylated 62kDa的蛋白質。

->因此猜測在OSCC細胞中Glivec處理之下，我們看到DDR1全長的增加的同時應該也可以看到62kDa DDR1的減少。
->對照我們的4株OSCC細胞在Glivec處理之下，62kDa DDR1在C9及OEC-M1中確實可以看到有下降的現象，撇開OC3來講，TW2.6仍需要再次確認這件事情。

2. 這篇: Discoidin domain receptor 1: isoform expression and potential functions in cirrhotic human liver.
肝硬化病人肝組織中全長的DDR1較正常人來得少，而shed DDR1 fragments較正常人多。
->已將cytosol改為soluble。

修改後的報告PPT檔案已放入NAS上。

20121211 Journal Club Paper

大家好，我是小揚。
這是我下周二要跟大家報告的paper : Oncogenic FGFR3 gene fusions in bladder cancer
請大家多多指教。

練習英文又可檢驗自我科研潛力的好東西

早上被家中電腦可以上網卻又無法上Google網站煩到不行，逛啊逛得看到這一個site (按我). 看到幾篇title很有趣的文章:
Q&A: Douglas Osheroff
Finding fascination in nature Nature 490, S8–S9 (11 October 2012)
------------------------------------------------------
Q&A: William Phillips
In search of ignorance Nature 490, S11–S12 (11 October 2012)
------------------------------------------------------
Graduate students: Aspirations and anxieties
Gene Russo Nature 475, 533–535 (27 July 2011)
------------------------------------------------------
Postdoc or not?
Karen Kaplan Nature 483, 499–500 (21 March 2012)
------------------------------------------------------ 
Job applications: Straight to the top of the pile
Karen Kaplan Nature 488, 241–243 (08 August 2012)

裡頭的英文蠻好懂的，內容都很實在，大家不妨挑幾篇和自己現況有關的文章讀一讀，練習英文又可檢視自己，瞭解大環境。

經濟奇蹟還是海市蜃楼

我們被分析了...
國際權威醫學期刊最新報告:近20年台灣焦慮與憂鬱症患者比例倍增 
Lancet 全文下載 （Click Me）

附上解藥兩枚
(1) 聖嚴師父"平安的人間" 書摘
(2) 哈佛最受歡迎的一堂課：幸福課 (音樂也很棒!)

Dear All,

這是下週想跟大家分享的一個小品的PAPER
連結於此http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/2/9/826.long

謝謝大家

MO

1017 Lab Meeting-FYC

Progress Report


1. 探討oral cancer cell lines中MMP-2以及MMP-9與DDR1之間的關係
a) 透過Western blot發現在oral cancer cell lines中,MMP-2 protein的表現與DDR1間較有關聯,MMP-9則無
b) 利用Zymography偵測MMP-2以及MMP-9的活性則發現,在oral cancer cell lines中,以MMP-9的活性較為明顯,MMP-2則無
-->以後如果要做深入的研究會以MMP-2方向進行,因與DDR1關聯性較高

2. 研究台灣oral cancer cell lines中的FGFR3-TACC3 gene fusion
a) 透過PCR analysis可在C8以及C9 oral cancer cell lines中發現確實有FGFR3-TACC3的gene fusion情況
b) 透過DNA sequencing可定出在C8及C9中FGFR3-TACC3在genomic DNA level上的breakpoint site
-->之後希望選出一對適合的primer在gDNA上能順利work,再去偵測clinical sample的gDNA中有沒有FGFR3-TACC3 gene fusion的情形

20121016 Journal Club Paper

Dear All:

下週二我要跟大家報告的paper是：Polycomb-Mediated Loss of miR-31 Activates NIK-Dependent NF-κB Pathway in Adult T Cell Leukemia and Other Cancers （請點選下載）請多多指教，謝謝。

amazing~人瑞生子的時代快來臨了～

        根據今天刊登在「科學」雜誌（Science）的研究報告，日本京都大學研究團隊利用iPS的技術成功將母鼠取出的幹細胞，誘導成卵子，再進行體外受精後植入代理孕母老鼠，並成功生下健康子鼠，並能繁殖下一代。連同他們之前的研究：從公鼠身上取出幹細胞，利用iPS的技術誘導成精子，未來八十歲的老爺爺老奶奶想生小孩可能不是夢想了!iPS真的是太神奇了～

新聞稿

     
science report
                                                                                                                                                          Can

cBIO Cancer Genomic Portal

cBIO

cBIO database is one browser of Cancer Genome Anatomy Projects (CGAP).
This project is supported by NIH and NCI that 20 cancer types will analyse with Copy-number (Array-CGH), mRNA expression (RNA-seq), mutation (NGS), and DNA methylation status between clinical tumor samples and adjust normal tissues.

Now, there are 7 type of cancers  that have finished this project and can search with whole results.
In other 13 cancers, new data will update monthly but only with CGH and mRNA expression.

It can be use as an independent clinical cohort in our project and wish it may useful in everyone studies.

10/02 Journal Club Paper

Dear all:

附檔是我下禮拜要報告的paper，題目是: Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma。

請大家多多指教了，謝謝各位。

0919 Lab Meeting-YJC

Progress Report

1. 欲觀察CTCF是否在EBV/KSHV的潛伏期中扮演repressor的角色:
a) 利用shRNA-lentivirus infection方式knockdown CTCF expression五天之後, 發現病毒RNA/protein表現量上升, 存在於細胞中及release到上清液的的病毒DNA copies也變多.
 --> shCTCF clone B情況較特殊, 將mix其他三個clone的病毒液再觀察一次結果
 --> viral transcripts/protein可多看BMRF1, K-bZIP
b) 將CTCF表現質體送入細胞中表現3天, 發現病毒RNA/protein表現量沒有變化, 存在於細胞中及release到上清液的病毒DNA copies變化也不大
 --> 調整細胞濃度做DNA transfection再觀察一次

2. 利用ChIP方式觀察EBV Rta表現是否影響CTCF結合於病毒基因體的能力. 初步結果可觀察到Dox-48hr細胞中, CTCF binding量比non-induction少; 而Rta除了binding在已知的RRE之外, 在目前所偵測的DNA片段上也都有Rta的訊號.
 --> EREV8的ChIP訊號都比ERKV弱, 需要多加確認
 --> ChIP所得DNA量太少, 將做些調整以提高所得DNA濃度

Dear all

附檔是我9/18想要報告的paper

請大家過目

謝謝


DATO

08/15 Ingrid報告

分析akata EGFP-EBV感染NP460hTert之後會發生什麼事 :
1.調整很多條件使感染率提高。
2.Rta及下游基因，以及Zta RNA皆在病毒感染後的細胞有偵測到。
3.但是用WB及IFA仍無法偵測到病毒蛋白質的表現，目前仍在確認中。

07/18 小丸報告

1.為了補強DDR1 paper的圖表，重新做了shAXL, shDDR1, shEGFR, shFGFR3的實驗，發現它們對OSCC細胞的生長抑制作用(WST-1 assay)有程度上的差異，其中DDR1在48h對細胞的抑制平均而言可達三成左右。
2.取OEC-M1為cell model，證實Glivec可以降低DDR1 auto-phosphorylation之程度。
3.Collagen type IV處理的HOK及TW2.6細胞中，可見及DDR1表現量增加，其餘細胞的相關實驗則由小夏幫忙檢測中。

New Jounal Club Schedule

放暑假了! 萬歲~~
這是下學期的schedule, 請參卓。

20120717 Journal club paper

Dear All

連結是我下周journal club想報告的paper

https://docs.google.com/file/d/0BxXkXLG0DRUATG1SQjY0T3U5SVE/edit

請大家過目

謝謝

06/20 Lab Meeting

泰利颱風來襲， Lab Meeting 暫停一次。

Male tea drinkers 'at greater risk of prostate cancer'

Dear all:
     今天晚上剛好看到的BBC NEWS，繼六杯咖啡長壽之後，每天七杯茶會讓男性攝護腺癌機率上升（抖），paper是發在 journal Nutrition and Cancer上的，有找到原文我再貼來。WTF...不能淡定的喝茶了=.=~
                                                                                                                                                             Can
                                                                                                                                                              

20120619 journal club paper

20120619 journal club paper
請按這裡下載
簡報檔: ppt檔
補充資料: Phase II的論文
1. oral premalignant lesions口腔癌前病變的主要處理方式是外科切除。
(參考資料:http://www.mmh.org.tw/taitam/onco_care/cancer_breast.asp?Ckinds_id=17)
所以表格2中，病史中有先前經過外科切除的病人現在是復發。
2.一開始即進行biopsy(baseline)，口服不同濃度的GTE膠囊共12週後，再進行採樣。
Higher mean baseline stromal vascular endothelial growth factor (VEGF) correlated with a
clinical (P = 0.04) but not histologic response. (stromal VEGF似乎可以當作預後因子)
Stromal VEGF and cyclin D1 expression were downregulated in clinically
responsive GTE patients and upregulated in nonresponsive patients at 12 weeks (versus
at baseline).

06/13 小夏報告

Slides have been uploaded to NAS.

ago2 transport

Dear all:
  Here is a paper showing that importin 8 is required for cytoplasmic miRNA-guided gene silencing and affects nuclear localization of Ago proteins.
                                                                                                                                                               Can

Database of Gene Transcription in Mouse Embryo

Database of Gene transcription in mouse embryo

http://www.eurexpress.org/ee/intro.html

上面的資料庫是利用In situ hybirdization

來偵測特定基因/ microRNA 在老鼠胚胎中的表現強度與位置

可以用來尋找有興趣的基因 在老鼠發育的過程中是否有扮演角色

0605 journal club paper

0605 journal club paper
請點這裡下載

自我介紹-小羊

大家好
我是做NPC及Oral Cancer的小羊
請大家多多指教

自我介紹—Janice

大家好~~
我是YWC Lab的janice
6/5要報journal
現在還在東看看西看看 :'(

Pyro-sequencer is on my lab now!

Pyrosequencing machine 現在正在我們實驗室，廠商預計會放一個月，Allen會來用，我想應該還會有空檔，有需要的同仁(SFL and YWC lab)，也歡迎你們來用(千萬不要宣揚!)

HiHi大家好

Dear all:

大家好！我是夏家那個喜歡用青春無敵的方式
到處趴趴造＆吃吃吃的小餅^__________^
小餅... 源自於不可考的高中年代，請大家多多指教!

Review Papers for MMPs

Dear all:
          Here are three MMPs reviews talking about MMPs structures,categories, and their functions in cancer.    Enjoy it~                                            
                                                                                                                                                                Can

Poly A of non-protein coding RNA

請問一下，

不會做出蛋白質的RNA會有poly A 嗎？

自我介紹

Hi 大家好:
                我是 Dr.夏 Lab 的 軒鈺, 請大家多指教!!

about Q-PCR system

hello 各位伙伴們,在這跟大家說一聲抱歉,因為最近有一批 patient's samples要跑,所以我預約掉大部分Q-PCR的時間,依目前預約情形此狀況會維持到六月中,這段時間若各位有急須使用,須要橋一下時間,請跟我說一聲,造成大家的不便,實在非常抱歉!!

願各位實驗順利,常保好心情 ^^                                                                                                     Tau

自我介紹

大家好，我是蕃茄～～

自我介紹--Tau

HI! 大家好, 我是松濤, 請大家多多指教 ^______^

Hi~大家好~我是罐頭~

Dear all:
           Here is my journal club pdf file yesterday. If there is any problem (u can't see this file in the link), plz tell me. thanks~ BTW, u can call me "罐頭" or "Can" in this blogger.  
                                                                                                                                                                Can

[小夏日文教室] 出張&出張所

其實"出張"老師上課有補充教學過，就是"出差"的意思。我一時忘記了，對不起老師......而"出張所"我就完全沒概念了，以下是網路查詢的資料。

"出張所" 意旨某某轄區的行政機關，「出張」的日語即出差的意思。換句話說，出張所用現代的詞語來說明，有點類似離總公司遠處的出差辦公機關。因此日治時期有稅務出張所、專賣局出張所、郵便出張所等。 (台灣大百科全書)

因此，出張所指的是某轄區的行政機關，也就是說，出張所，有點像是出差辦公的分辦公室！報告完畢!!! 謝謝曉茹的報告，真是充滿回憶的旅程。

最後謝謝大夏的餐點，就捧派 唷，好飽好飽唷~~~~~~

Dear all:

I found a good article and shared it to you!

Cooking Up Creative Solutions (More collaborators and more data are the key ingredients)

"Humans are creatures of habit and tend to think of the same ideas and approaches over and over again. When you’ve been in a field for a while, it is harder to think your way out of the box."

(人類是一種習慣性的動物，常會用相同的思考模式和方法去面對問題。也就是說，當你在一個領域越久，你就越難跳脫思考的框架!!)

:)

05/22 Journal Club Paper

Dear all:
        Here is the journal club paper for 5/22
                                           Can

Party Time is coming soon........

親愛的工作夥伴們:

你累了嗎?  你煩了嗎? 你工作低潮嗎? 

為了感謝大家的努力及對實驗的付出，我們將於5/18(五) 中午11:30分於R2-1042舉行一個簡單的 party，希望大家能 "暫時" 放下手邊的工作，我們就吃吃喝喝東聊西聊放鬆 "一下"，雖不是滿漢大餐，但希望夥伴們能盡情享受，這次不用你們 "跑腿"啦，就讓大夏我幫各位服務，將餐點準備好，你們------------------只要自備餐具蒞臨現場就行啦!!


ps:若有任何意見，請撥打客服專線31707，將由專人(就是大夏我啦)為您服務!  請勿申訴!!

分享一篇好文章–>讓工作更有效率

全文在這裡。
把Copywriter改成paper writing, paper reading等等你每天要做的事情皆合適。
Four points:
1.Get More Sleep (7–8 hr/Day)
2.Reduce Distractions (讓我想到在學校裡，一堂課40~50分鐘不讓你做雜事是有道理的)
3.Eat the Frog (存疑)
4.Set Mini-Deadlines (學習規劃最重要，避免眼高手低是可以訓練出來的)
要提高工作效率，SFL認為睡飽飽很重要，DAVID則覺得吃飽飽也很重要，因此第3點建議很好，青蛙用來煮湯或三杯都很棒，這個作者不錯，知道青蛙可以用來補精力! :) (素食者不宜)

ps: "eat thr frog" 是指將比較困難或複雜的工作排在一天的開始，優先執行，如果完成了，不僅成就感大，其他較簡單的工作任務，就更容易完成了，因為最困難的不是完成了嗎? ~~共勉之

(謝謝DAVID桑的翻譯與重點提示!)

厲害就是厲害-松濤又考上博士班了!! 怎麼辦呢!

0610 生命科學院結構生物學程
正取共： 5 名 （依准考證號排列）
一般生 共 5 人
06100001 李翊榮 06100002 林台文 06100003 周松濤 06100004 蔡彥俊
06100006 林怡亭

08B 生科院醫學生物科技學程
正取共： 6 名 （依准考證排列）
一般生 共 6 人
06080002 翁紹娙 06080004 陳瑜帆 06080005 鄒岳良 06080009 周松濤06080011 王義翔 06080013 劉秉鑫

05/09 Lab Meeting-小嬿

Progress report:
1. 欲確定在293TetLuc細胞中, Dox treatment 3-9hrs之間, CTCF結合在c-Myc/H19 promoter的pattern. 初步CTCF-ChIP assay結果顯示在兩個promoter上, CTCF的結合量未有明顯的改變. 之後將進行293TetER細胞的CTCF-ChIP assay.

2. 分析目前已知Rta會結合的promoters, 利用軟體預測Rta responsive element(RRE)/CTCF binding site(CBS)/sp1 binding site. 目前觀察到的情形如下:
a) CTCF 與Rta結合位置重疊: BALF2, SFN
b) CTCF 與Sp1結合位置重疊: p21, SFN
c) CTCF/Rta/Sp1結合位置是鄰居: BLLF3, BHRF1/BHLF1
分析結果未整理完全, 待續

3. 利用direct infection的方式建立攜帶螢光的293LucEV/293EREV. 所篩到的clone能被Dox induction出來的viral particles比EREV8少了至少10倍. 之後提高G418濃度也未能讓viral particles被release更多, 因此先停住這個實驗.


 

5/2 Lab Meeting-ingrid

1.製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體

(1) pGEXHis_cZ :已分裝保存於-80℃冰箱。可用於WB(1:2000)(萍)、IFA(1:2000)(鏸)及免疫組織染色 (1:1000)(鏸)。
(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop : Q320stop已送給濁水溪代製。另外構築pGEXHis_ER_277E-516V做蛋白質表達。
(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop :蛋白質表現量太少(失敗)。
(4) pGEXHis_BALF3 :蛋白質表現量太少(失敗)。

2.使用EGFP當目標基因來測試建立NP460TetR_ER inducible cell lines的條件：用未稀釋的lentivirus病毒液直接感染6小時後移除，細胞發綠光比例接近100%，之後細胞放大後，使用10 ug/ml zeocin作篩選16天，發現未加Dox與有加Dox的綠光比例類似，建議做WB(flag)作確認。

3.萍使用Mini-PROTEAN II multiscreen apparatus (Bio-rad)來進行抗體最佳稀釋倍數的實驗。相關資料在https://www.bio-rad.com/prd/en/US/LSR/PDP/f9ec3085-b590-44c6-9b36-b36876cad466/Mini-PROTEAN_II_Multiscreen_Apparatus

首先置備只有一個well的膠體，樣品量為單一well*20=200ug (萍通常使用量)，轉漬完的NC膜置於裝置內，略將裝置傾斜後，從下面的孔注入600ul抗體稀釋液(避免氣泡)，室溫靜置2小時後，以Tip移除抗體稀釋液，用TBST清洗3次後，將裝置打開把NC膜拿出，進行後續二抗的雜交實驗。

The News We Were Talking About

Have Fun (一份七頁的pdf) ~ (Click Me)

0409 Lab meeting-蔡小丸

1. 將DDR1 IP後的interacting proteins (no. 1-4) 切下後訂mass, 而no. 1約60 kDa, no. 2約75kDa, no. 3約85 kDa, no. 4約160 kDa的蛋白質, 其中最有興趣在一些OSCC細胞中可能有高度磷酸化的區域為no.2 利用MASCOT分析的結果統 整出較有可能的protein分別為 Heat shock 70 kDa protein 8, Heat shock 70 kDa protein 9 及 Polyadenylate-binding protein 1, 這些結果進一步需實驗進行驗證
2. 利用OEC-M1處理Glivec後, 觀察抑制DDR1活性對OEC-M1的影響 結果發現細胞生長停止, 但細胞死亡的情形不明顯
3. 觀察K2及K6細胞對Glivec的敏感性, 結果發現Glivec對於DDR1表達量較少的K2的生長抑制效果較差, 此結果仍須重複確認

04/18 Journal Club Paper

-----Forwarded  message-----
附件是我下週要報的paper，(按我下載) 謝謝！

Y.-M.

Let's Move On!

4/10 SFL wrote:
Sorry FYC, 多兩篇給你! (ref new 1), (ref new 2)。另外, 下面的ref 3–7你可以先忽略不必看。
----------------------------
恭喜小丸子、Ingrid得獎!!
也謝謝小夏、小嬿的努力，我們和knicks一樣→work as a team，個人獲獎就是整個team的榮耀! 所以請客這種事就是老闆出錢、夥計們出力就對了!

往下大家(包括FYC)的目標調整如下:
1. 要present的圖，包括平日lab meeting均要run一下統計。
2. EBV related: (a) Infection of NP460hTert with Akata-GFP EBV  (ref 1, ref 2) (b) Rta-mediated genome organization (ref 3, ref 4, ref 5, ref 6, ref 7)。
3. Oral cancer related : (a) Finish up DDR1 story (ref 8) (b) Role of GTE in collagen/DDR1 axis (ref 9, ref 10)。
4. Bioinformatics: (a) Gene fusion analysis, we will ask help from Here (b) basic computational analysis of your pet gene。

04/03 Journal Club Paper

Dear all:
下周二Journal Club本實驗室Mogi要報告的Paper：
A microRNA regulon that mediates endothelial recruitment and metastasis by cancer cells.
(我雞婆的幫Mogi Po網，請大家要用力看喔!)

03/28 Lab Meeting- 小夏

目前的工作: To determine the DDR1 mutations in 7 OSCC cell lines.

Note:
The external gene-specific primers and internal M13-appended PCR primers for activation loops and JM domain (Ref.1)(Ref.2) 這兩篇的mutation都與drug的sensitivity有關。

我稍微追了一下Ref.2: Cancer Cell 2005這篇以High-throughput DNA resequencing 在164 polycythemia vera病人當中的121位有 JAK2V617F missense mutation，其中41位homozygous mutation; 80位 heterozygous mutation。Homozygous mutations來自於mutation allele的duplication。這篇的貢獻在於Inhibition of the JAK2V617F kinase with a small molecule inhibitor leads to inhibition of proliferation of hematopoietic cells, suggesting that the JAK2 tyrosine kinase is a potential target for pharmacologic inhibition in patients with myeloproliferative disorders。

不過他們不是第一個在myeloproliferative disorders發現這個突變點的唯一group，幾乎在同時，另一個group也identify到JAK2V617F的 mutation 並且發表於Nature (2005)，這篇是在講 JAK2V617F mutation leads to constitutive tyrosine phosphorylation activity that promotes cytokine hypersensitivity and induces erythrocytosis in a mouse model。這兩篇是最早identify到JAK2V617F的group。

之後，一直到最近，這當中陸陸續續發表了好多篇針對JAK2V617F sensitive的kinase inhibitor的paper。如最近的(Blood. 2011) (Blood Rev. 2011) 這兩篇。很有趣耶(面白いね)。

未來的實驗計畫

1. EBV RTA Ab
(1)我自己做會再試試Rosetta-gami2，不然就要換其他plasmid---我看我老公論文換plasmid後，表現量有差 (同時濁水溪丁先生也是這樣建議)。
(2)濁水溪丁先生來看過WB結果，說把ERQ320 plasmid拿回去純化試試看 (若不成功不用錢)，已經將plasmid給他，約估花2-3禮拜。
(3)基龍米克斯也有蛋白質純化的服務，他們公司的post-doc可以幫忙試不同plasmid X 不同compentent=一個條件8000元，不成功(蛋白質產量未達到0.5mg/L)的話要2500元(試劑費)。

2.Zta Ab抗體純化
(1)proteinA/G純化---丁先生說通常是延長抗體保存期限，我們保存在-80度應該OK，不過丁先生也不敢一定保證。
(2)antigen column---可提高專一性，但若用(1)純化可得約10-20mg/20ml serum，但用(2)可得2mg/20 ml serum (應該還是會有些抗體掉了)

問過萍學姊，他建議我用NA/TS在做一次，因為他用的是EREV/Dox，本來就會大量表現ZTA，看是不是也是1:5000的稀釋條件是OK的。

PS 萍學姊說他們實驗室都沒有純化抗體，只有應reviewer的建議純化少許抗體作實驗。

3.NP460htert (是不是要先等FY決定題目)
現在實驗室剩
(1)DKSFM+Epi:在去年年底混和好，目前剩有回溫過的150ml+在冷房的200ml (7266元/1L，約等貨14-20天)
(2)KGM-2在20111025購買500ml全新未拆封---冰箱有20ml之前留下來的 (10000元/1L)

PS
(1)有看過宜津的DATA是建議2ng/ml TGF-B作實驗=Dr.曹做NP460_EBVakata的條件
(2)小夏當初TW05EREV---PEG濃縮病毒可以明顯提高感染率，但TGF-B只有一咪咪

03/20 Journal Club Paper

Bex1 and axon regeneration. 全文下載按我。

自我介紹-Ya-Wen

我好像是外星人不太會使用Blog~
Anyway, 我的代號是Ya-Wen Chen就是我的英文名字啦, 很抱歉我沒啥special English name.
因為連外國人都可清楚叫Ya-Wen, 祝大家有個愉快的周末假期~

自我介紹-ingrid

Hi
大家好
ingrid就是英潔，英潔就是我，我就是ingrid

自我介紹-大衛 (現在使用大夏似乎有點晚了!嗚!)

各位誌友(摯友)，大家好，來段繞口令吧：
嘿，大衛就是David，David就是大夏，大夏就是我，我就是夏博啦........(好像也沒甚麼特色?)
很早就接受SF的邀請，但始終未po文，希望這次有眾多誌友的共襄盛舉，能發揮此Blogger的功用!

哈囉~

我是小莫，小莫就是Mogi，Mogi就是冠琦...

大~~~~~~家~~~~~~好~~~~~~~

我是大頭

插花在一堆小字輩的中間

哈哈


BTW

黃憲達要來演講耶!!

1.	Time ：	13:30 ~ 15:00 (Tue) 20 March 2012
	Topic：	MicroRNA Resources for Biomedical Science : Databases
		and Tools
	Speaker：	Hsien-Da Huang (黃憲達), PhD

小嬿是我 我是小嬿

Hi, 大夥兒, 我是嬿如

人這麼大隻, 叫小嬿真是太不好意思了! 哈哈!

我不做Oral耶, 我是來亂的

請大夥兒多多指教^O^

我是丸子~

相信在夏陳林的英明領導下~
加上大家團結一致
一定會發現更多有趣的東西~
pS. 人多好辦事!!!

自我介紹-小夏

大家好，我是小夏，小夏是玉蓮，玉蓮就是我啦，不好意思搶走Dr.夏的暱稱了，因為我學日文的日文名字叫小夏，所以在實驗室也都一直用"小夏"，所以就一直用小夏用到現在啦，今後請大家多多指教了，阿里尬鬥。

Southern Blot 測試9株鼻咽癌細胞株均為HPV Negative

The Link。

3/19升等演講，請大家多多指教

我的題目如下，然後 3/12 departmental talk 直接跳過不用講~ (德政!)

Epstein-Barr Virus Rta-Mediated Oncogenic Herpesvirus Reactivation in Epithelial Cells
殘念的是，DDR1 和 oral cancer 部份無法跟大家分享了，下次再說~

03/06 Journal Club Paper

Dear  All:
這是下周journal  club  (3/6)  我要報的paper 請查收
Induction of miR-21 by retinoic acid in estrogen receptor-positive breast carcinoma cells: biological correlates and molecular targets
S.-R.
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PS1: 也可以用Google Document來share pdf (Click Me)
PS2: 不過重要東西就要考慮一下設點密碼什麼的...

長庚鄭教授系列文章

2009-04 Transriptome profiling and network pathway analysis of genes associated with invasive phenotype in oral cancer。
2010-兩篇和marker相關 One and Two。
2011-02 把OSCC細胞處理areca nut extract–Downregulation of Ches1 and other novel genes in oral cancer cells chronically exposed to areca nut extract。
2011-07 Molecular chaperones as a common set of proteins that regulate the invasion phenotype of head and neck cancer。
2011-10 GP96 is over-expressed in oral cavity cancer and is a poor prognostic indicator for patients receiving radiotherapy。
2012-02 Oncogenic function and early detection potential of miRNA-10b in oral cancer as identified by microRNA profiling。

2/29 Lab Meeting-ingrid

製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體
(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。
(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop
(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop
(4) pGEXHis_BALF3
(1)的代製抗體已收集，經由細胞lysate測試，證實可以辨認EBV Zta，但akata strain的Zta 的mobility(略低)與細菌表現的不同，接下來要釐清抗體是否有純化，且可否應用於IFA或IP。 (也要釐清是否會辨認B95.8 strain的Zta)
(2)(3)(4)在BL21、DH5α及Rosetta-gami2中，經過調整表達條件，目標蛋白質皆不明顯增多。

Summary for the discussion

Studying plans:

1. How is DDR1 regulated by miRNA?

   -- We will discuss the detail.

2. How many signaling pathways are involved in oral tumorigenesis?

   How many signaling pathways are involved in oral premalignant lesions?

   -- There are 12 important signaling pathways invovled in tumorigenesis.

3. Is EGCG working on 12 signaling pathways?

   Is EGCG or EGCG/curcumin a good chemoprevention agent in premalignant lesions?

0215Lab meeting-蔡小丸

1. 完成三組tissue microarray的DDR1, collagen type 1及collagen type 4的染色, 初步計分結果, 似乎DDR1的大量表達與collagen type1的大量表達較為相關,而DDR1大量表達也與疾病的grade較相關
2. 比較OSCC cells DDR1 tyrosine phosphorylation的情形, 結果為DOK, C9, OC-3, OEC-M1, TW2.6>HSC-3, SCC-15, T47D>HEK293, 發現DDR1 tyrosine phosphorylation的程度與gilvec對於這些細胞的抑制能力,沒有很好的相關性, 然而發現在OEC-M1, TW2.6, HSC-3, SCC-15這幾組IP DDR1 sample中, 發現約略80-85kDa的DDR1-associated protein有強烈的tyrosine phosphorylation, 但此蛋白為何未知
3.此外 DDR1的活性反映出的下游為何未知 (但排除非p-MAPK及p-AKT)
4.利用Q-PCR分析一系列oral cells的DDR1 isoforms的表達, 結果發現大多細胞只表達1a及1b這兩種isoforms, 而mRNA表達量也與蛋白表達量具相關性

2/13/2012 OrCA Meeting

1. 下次開會: 6月
2. CA OrCA PIs + 王副院長、莊JL、陳YR、黃HG (RA:雪君)、江主秘。
3. BioSignature Program: Leader/Chang Gung 核醫科主任閻紫宸, looking for cause-effect marker. The third meeting will be held on March-8; focus on miRNA/epigenetics/DNAs; funding source, Academia Sinica.
4. 王副院長Lab學生報告 (Wei-Chieh Huang)—長庚閻醫師 has 53 OrCA T/N pairs; miR-491-5p is involved in cell migration and invasiveness, targeting GIT1 and RAB1; OC-3 and C9 were used。
5. Dr. 莊JL
Cellular prion is increased by alcohol consumption involved in tumorigenesis of OSCC
PrpSC/PRNP is significantly up-regulated in OSCC
以電腦判讀TMA result
Second primary tumor (what is the definition of second primary? second primary vs. recurrent)
Alcohol induced TGF-b1 elevaltion is modulated by PrpC
6. 雪君:
Small heat shock protein
HSP27, 60, 70, 90, 110 MW 10–30 are called as small HSP
HSPB1=HSP27
She uses HOK, Cai-27, OC3, OEC-M1, Ca9-22 as cell models
HSP27/HSPB1 enhances OSCC apoptosis via repression in response to oxidative stress
H2O2 (50 uM), ANE (10 ug/ml), ANE (30 ug/ml)
PKCdelta and PTP1B function as downstream of HSP27/HSPB1 in response to oxidative stress.

2012/2/1 Lab Meeting- 小夏

1. 計數TW05TetLuc/ER dox treat 1, 2, 3, 5, 6, 8天的細胞數。
2. 以467確認Rta expression pattern 在TW01TetER及TW05TetER不同。 Rta expression level by WB: #19 ≧#16＞TW05TetER。 將再確認p21, c-Myc, p53......的表現。
3. 準備HEK293, DOK, HSC3, SCC15, OECM1的genomic DNA來確認DDR1的mutation位點。
4.準備HEK293, DOK, HSC3, SCC15, OECM1的cDNA來確認DDR1的isoform。

01/11 Lab Meeting-小嬿

進度報告

1. 為避免viral genome的干擾, 將系統換回TW01TetLuc及TW01TetER_16. 比較Dox處理6, 24, 48小時, CTCF binding在H19 ICR及c-Myc P2 promoter位置的量. Q-PCR結果顯示在兩個細胞中24小時CTCF結合在H19 ICR量比6小時多,並且在48小時下降; 在P2 promoter的位置, Luc細胞在三個時間點的結合量相近, ER細胞在24小時結合量上升, 48小時下降. 但, 兩組CTCF結合位置在Luc組細胞都比ER組來得多

-->加做Ctrl-6hr觀察Luc/ER兩組細胞的background差異

2. 整理過去paper報導CTCF在EBV/KSHV genome上的binding sites(CBS)

--> EBV genome上約有20個位點, KSHV約有10個位點, 兩者的胃點有些有相似

--> 先focus在LCR, K-RTA/BZLF1 promoter, 及OriLyt等位置, 準備設計primers

1/5 Lab Meeting-ingrid

製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體 (全部已clone成功)
(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。
(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop
(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop
(4) pGEXHis_BALF3
(2)(3)(4)除pGEXHis_ER_L550stop尚未表現，其餘在BL21表達蛋白質皆不明顯增多，且皆比預測值大約6-8kDa。
目前採取的策略如下
(1) 使用未開封的LB/BHI或跟其他實驗室要一點LB來做control
(2) 表現蛋白質時，Amp濃度提高至200ug/ml，IPTG濃度降至0.1或0.5mM，加IPTG前應養約3-5小時直到OD600=0.6，同時使用DH5α作表現。
(3) 做BL21及DH5α的competent cell
林同學的論文中提及她用的ER1-320中(Dr. Miller提供，疑是B95-8 strain)很多Arg皆已被突變掉，包括Arg83、86、88、89及90，在我們MABA strain，這些位置皆是Arg。另外根據PWW的紀錄，二者的核酸序列有10個不同處，但只有2個amino acid不同。