Dear all:
下周二Journal Club本實驗室Mogi要報告的Paper：
A microRNA regulon that mediates endothelial recruitment and metastasis by cancer cells.
(我雞婆的幫Mogi Po網，請大家要用力看喔!)
Mar 29, 2012
03/28 Lab Meeting- 小夏
目前的工作: To determine the DDR1 mutations in 7 OSCC cell lines.
Note:
The external gene-specific primers and internal M13-appended PCR primers for activation loops and JM domain (Ref.1)(Ref.2) 這兩篇的mutation都與drug的sensitivity有關。
我稍微追了一下Ref.2: Cancer Cell 2005這篇以High-throughput DNA resequencing 在164 polycythemia vera病人當中的121位有 JAK2V617F missense mutation，其中41位homozygous mutation; 80位 heterozygous mutation。Homozygous mutations來自於mutation allele的duplication。這篇的貢獻在於Inhibition of the JAK2V617F kinase with a small molecule inhibitor leads to inhibition of proliferation of hematopoietic cells, suggesting that the JAK2 tyrosine kinase is a potential target for pharmacologic inhibition in patients with myeloproliferative disorders。
不過他們不是第一個在myeloproliferative disorders發現這個突變點的唯一group，幾乎在同時，另一個group也identify到JAK2V617F的 mutation 並且發表於Nature (2005)，這篇是在講 JAK2V617F mutation leads to constitutive tyrosine phosphorylation activity that promotes cytokine hypersensitivity and induces erythrocytosis in a mouse model。這兩篇是最早identify到JAK2V617F的group。
之後，一直到最近，這當中陸陸續續發表了好多篇針對JAK2V617F sensitive的kinase inhibitor的paper。如最近的(Blood. 2011) (Blood Rev. 2011) 這兩篇。很有趣耶(面白いね)。
Note:
The external gene-specific primers and internal M13-appended PCR primers for activation loops and JM domain (Ref.1)(Ref.2) 這兩篇的mutation都與drug的sensitivity有關。
我稍微追了一下Ref.2: Cancer Cell 2005這篇以High-throughput DNA resequencing 在164 polycythemia vera病人當中的121位有 JAK2V617F missense mutation，其中41位homozygous mutation; 80位 heterozygous mutation。Homozygous mutations來自於mutation allele的duplication。這篇的貢獻在於Inhibition of the JAK2V617F kinase with a small molecule inhibitor leads to inhibition of proliferation of hematopoietic cells, suggesting that the JAK2 tyrosine kinase is a potential target for pharmacologic inhibition in patients with myeloproliferative disorders。
不過他們不是第一個在myeloproliferative disorders發現這個突變點的唯一group，幾乎在同時，另一個group也identify到JAK2V617F的 mutation 並且發表於Nature (2005)，這篇是在講 JAK2V617F mutation leads to constitutive tyrosine phosphorylation activity that promotes cytokine hypersensitivity and induces erythrocytosis in a mouse model。這兩篇是最早identify到JAK2V617F的group。
之後，一直到最近，這當中陸陸續續發表了好多篇針對JAK2V617F sensitive的kinase inhibitor的paper。如最近的(Blood. 2011) (Blood Rev. 2011) 這兩篇。很有趣耶(面白いね)。
Mar 26, 2012
未來的實驗計畫
1. EBV RTA Ab
(1)我自己做會再試試Rosetta-gami2，不然就要換其他plasmid---我看我老公論文換plasmid後，表現量有差 (同時濁水溪丁先生也是這樣建議)。
(2)濁水溪丁先生來看過WB結果，說把ERQ320 plasmid拿回去純化試試看 (若不成功不用錢)，已經將plasmid給他，約估花2-3禮拜。
(3)基龍米克斯也有蛋白質純化的服務，他們公司的post-doc可以幫忙試不同plasmid X 不同compentent=一個條件8000元，不成功(蛋白質產量未達到0.5mg/L)的話要2500元(試劑費)。
2.Zta Ab抗體純化
(1)proteinA/G純化---丁先生說通常是延長抗體保存期限，我們保存在-80度應該OK，不過丁先生也不敢一定保證。
(2)antigen column---可提高專一性，但若用(1)純化可得約10-20mg/20ml serum，但用(2)可得2mg/20 ml serum (應該還是會有些抗體掉了)
問過萍學姊，他建議我用NA/TS在做一次，因為他用的是EREV/Dox，本來就會大量表現ZTA，看是不是也是1:5000的稀釋條件是OK的。
PS 萍學姊說他們實驗室都沒有純化抗體，只有應reviewer的建議純化少許抗體作實驗。
3.NP460htert (是不是要先等FY決定題目)
現在實驗室剩
(1)DKSFM+Epi:在去年年底混和好，目前剩有回溫過的150ml+在冷房的200ml (7266元/1L，約等貨14-20天)
(2)KGM-2在20111025購買500ml全新未拆封---冰箱有20ml之前留下來的 (10000元/1L)
PS
(1)有看過宜津的DATA是建議2ng/ml TGF-B作實驗=Dr.曹做NP460_EBVakata的條件
(2)小夏當初TW05EREV---PEG濃縮病毒可以明顯提高感染率，但TGF-B只有一咪咪
(1)我自己做會再試試Rosetta-gami2，不然就要換其他plasmid---我看我老公論文換plasmid後，表現量有差 (同時濁水溪丁先生也是這樣建議)。
(2)濁水溪丁先生來看過WB結果，說把ERQ320 plasmid拿回去純化試試看 (若不成功不用錢)，已經將plasmid給他，約估花2-3禮拜。
(3)基龍米克斯也有蛋白質純化的服務，他們公司的post-doc可以幫忙試不同plasmid X 不同compentent=一個條件8000元，不成功(蛋白質產量未達到0.5mg/L)的話要2500元(試劑費)。
2.Zta Ab抗體純化
(1)proteinA/G純化---丁先生說通常是延長抗體保存期限，我們保存在-80度應該OK，不過丁先生也不敢一定保證。
(2)antigen column---可提高專一性，但若用(1)純化可得約10-20mg/20ml serum，但用(2)可得2mg/20 ml serum (應該還是會有些抗體掉了)
問過萍學姊，他建議我用NA/TS在做一次，因為他用的是EREV/Dox，本來就會大量表現ZTA，看是不是也是1:5000的稀釋條件是OK的。
PS 萍學姊說他們實驗室都沒有純化抗體，只有應reviewer的建議純化少許抗體作實驗。
3.NP460htert (是不是要先等FY決定題目)
現在實驗室剩
(1)DKSFM+Epi:在去年年底混和好，目前剩有回溫過的150ml+在冷房的200ml (7266元/1L，約等貨14-20天)
(2)KGM-2在20111025購買500ml全新未拆封---冰箱有20ml之前留下來的 (10000元/1L)
PS
(1)有看過宜津的DATA是建議2ng/ml TGF-B作實驗=Dr.曹做NP460_EBVakata的條件
(2)小夏當初TW05EREV---PEG濃縮病毒可以明顯提高感染率，但TGF-B只有一咪咪
Mar 20, 2012
Mar 9, 2012
自我介紹-Ya-Wen
我好像是外星人不太會使用Blog~
Anyway, 我的代號是Ya-Wen Chen就是我的英文名字啦, 很抱歉我沒啥special English name.
因為連外國人都可清楚叫Ya-Wen, 祝大家有個愉快的周末假期~
Anyway, 我的代號是Ya-Wen Chen就是我的英文名字啦, 很抱歉我沒啥special English name.
因為連外國人都可清楚叫Ya-Wen, 祝大家有個愉快的周末假期~
自我介紹-大衛 (現在使用大夏似乎有點晚了!嗚!)
各位誌友(摯友)，大家好，來段繞口令吧：
嘿，大衛就是David，David就是大夏，大夏就是我，我就是夏博啦........(好像也沒甚麼特色?)
很早就接受SF的邀請，但始終未po文，希望這次有眾多誌友的共襄盛舉，能發揮此Blogger的功用!
嘿，大衛就是David，David就是大夏，大夏就是我，我就是夏博啦........(好像也沒甚麼特色?)
很早就接受SF的邀請，但始終未po文，希望這次有眾多誌友的共襄盛舉，能發揮此Blogger的功用!
Mar 7, 2012
自我介紹-小夏
大家好，我是小夏，小夏是玉蓮，玉蓮就是我啦，不好意思搶走Dr.夏的暱稱了，因為我學日文的日文名字叫小夏，所以在實驗室也都一直用"小夏"，所以就一直用小夏用到現在啦，今後請大家多多指教了，阿里尬鬥。
Mar 6, 2012
3/19升等演講，請大家多多指教
我的題目如下，然後 3/12 departmental talk 直接跳過不用講~ (德政!)
Epstein-Barr Virus Rta-Mediated Oncogenic Herpesvirus Reactivation in Epithelial Cells殘念的是，DDR1 和 oral cancer 部份無法跟大家分享了，下次再說~
Mar 3, 2012
03/06 Journal Club Paper
Dear All:
這是下周journal club (3/6) 我要報的paper 請查收
Induction of miR-21 by retinoic acid in estrogen receptor-positive breast carcinoma cells: biological correlates and molecular targets
S.-R.
-------------------
PS1: 也可以用Google Document來share pdf (Click Me)
PS2: 不過重要東西就要考慮一下設點密碼什麼的...
這是下周journal club (3/6) 我要報的paper 請查收
Induction of miR-21 by retinoic acid in estrogen receptor-positive breast carcinoma cells: biological correlates and molecular targets
S.-R.
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PS1: 也可以用Google Document來share pdf (Click Me)
PS2: 不過重要東西就要考慮一下設點密碼什麼的...
長庚鄭教授系列文章
2009-04 Transriptome profiling and network pathway analysis of genes associated with invasive phenotype in oral cancer。
2010-兩篇和marker相關 One and Two。
2011-02 把OSCC細胞處理areca nut extract–Downregulation of Ches1 and other novel genes in oral cancer cells chronically exposed to areca nut extract。
2011-07 Molecular chaperones as a common set of proteins that regulate the invasion phenotype of head and neck cancer。
2011-10 GP96 is over-expressed in oral cavity cancer and is a poor prognostic indicator for patients receiving radiotherapy。
2012-02 Oncogenic function and early detection potential of miRNA-10b in oral cancer as identified by microRNA profiling。
2010-兩篇和marker相關 One and Two。
2011-02 把OSCC細胞處理areca nut extract–Downregulation of Ches1 and other novel genes in oral cancer cells chronically exposed to areca nut extract。
2011-07 Molecular chaperones as a common set of proteins that regulate the invasion phenotype of head and neck cancer。
2011-10 GP96 is over-expressed in oral cavity cancer and is a poor prognostic indicator for patients receiving radiotherapy。
2012-02 Oncogenic function and early detection potential of miRNA-10b in oral cancer as identified by microRNA profiling。
Mar 1, 2012
2/29 Lab Meeting-ingrid
製備以下表現質體以供濁水溪公司代製兔子多株抗體
(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。
(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop
(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop
(4) pGEXHis_BALF3
(1)的代製抗體已收集，經由細胞lysate測試，證實可以辨認EBV Zta，但akata strain的Zta 的mobility(略低)與細菌表現的不同，接下來要釐清抗體是否有純化，且可否應用於IFA或IP。 (也要釐清是否會辨認B95.8 strain的Zta)
(2)(3)(4)在BL21、DH5α及Rosetta-gami2中，經過調整表達條件，目標蛋白質皆不明顯增多。
(1) pGEXHis_cZ :已送出代製抗體。
(2) pGEXHis_ER_Q320stop and pGEXHis_ER_L550stop
(3) pGEXHis_KR_E600stop and pGEXHis_KR_Q658stop
(4) pGEXHis_BALF3
(1)的代製抗體已收集，經由細胞lysate測試，證實可以辨認EBV Zta，但akata strain的Zta 的mobility(略低)與細菌表現的不同，接下來要釐清抗體是否有純化，且可否應用於IFA或IP。 (也要釐清是否會辨認B95.8 strain的Zta)
(2)(3)(4)在BL21、DH5α及Rosetta-gami2中，經過調整表達條件，目標蛋白質皆不明顯增多。
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