TCGA DATA 下載

TCGA data download

上次回去尾牙

Dr. Lin 提到TCGA的DATA DOWNLOAD

目前找到的地方是這裡

https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm



我有試著下載 HNSC的miRNAseq的data跟clinical data

看data matrix

其中miRseq的data 應該是已經處理過的 給的數值是count 跟 frequency

但是會有不同read frame的問題

我想 gene expression 應該也會有類似問題

目前還是不知道怎麼處理

跟NGS資料分析 一點都不熟阿! XDDDDD

20140115 Lab meeting-小丸子

1. 整理與Harvard Skin Disease Research Center Dr.Rheinwald購買之細胞株培養方法 2. 試著釐清Src與DDR1的活性之關聯性: 過去研究指出(1)Src innibitor會抑制collagen I induced DDR1的活性(2)Src會與p-DDR1有交互作用 我的結果指出(1)imatinib處理會抑制Src的活性 (2)比較不同株細胞Src的活性與DDR1的活性似乎有相關 (3)加入Src innibitor會影響OEC-M1中DDR1與Src的交互作用(此現象在TW2.6不明顯) (4)加入Src innibitor 對於OSCC細胞生長的抑制影響不是很明顯(1uM濃度, 48小時) 3. 整理過去發現Collagens處理後DDR1,ITG..等mRNA level增加的例子, 結論為大多條件均在serum free下進行, 因此會嘗試改變為這樣條件去觀察在keratinocytes中處理Collagens對DDR1及ITGs mRNA level的影響 4. QPCR的CT值差異約要載1.5-2以上 以終產物跑agarose gel 才看的出來差異

20140121 Journal Club paper

Dear all:

隨信附上下週(1/21)journal分享的paper，
題目為 Grhl3/Get1 suppresses miR-21 expression and tumorigenesis
請查收



The Grainyhead transcription factor Grhl3/Get1 suppresses miR-21 expression and tumorigenesis in skin: modulation of the miR-21 target MSH2 by RNA-binding protein DND.