聽完昨天lab meeting後、給奕宏的建議

 (From google Groups/sflinlab2020)

覺得YH昨天的lab meeting slide整理進步許多，值得嘉許，請繼續保持、再精進~

雖然還有DAVID/KEGG部分沒有報完，我想請奕宏以NCKU-OrCA-40TN (n=80) 這一組data，替代TCGA HNSC (n=526) 作類似分析，建議步驟如下

1. 請至 ExpLog_2020_04 YHL區，取一個實驗代號，題目為Molecular subtyping of NCKU-OrCA-40TN by DeClust method
2. NCKU-OrCA-40TN expression matrix 及 metadata 請由NHRI_NICR_R2-1211/2019_12_Xena...下載
• expression matrix = exprs.0419.18047.txt
• metadata = clinical_features_20200610.txt
• 另有一筆R markdown file, 是我讀開這兩個txt檔的筆記供參。
3. 請照昨天的作法，先run DeClut，看看這80個檢體可跑出幾個subtype
4. 跑Estimate，了解每個檢體 stromal, immune, estimated tumor 分數。
5. 跑CIBERSORTx. 這一次用Puram (就是昨天你show的head and neck scRNA-seq)
• ps 蔡博士講那一篇paper的三份slide雲端連結按我。

下週二因為TY要rehearsal JC paper, 所以再下ㄧ週 (07/07)，由你來報這邊的進度:-)

睡覺前還是查一下mailbox, 還沒回音 (CAF index MS)... 明天家裡日曆的每日格言是...

 Jun 23, 2020, 10:01:51 PM

「最困難的時候，就是離成功不遠的時候。」  睡覺去吧!  (31-3)+23=51d

賴亭羽<b002010033@gmail.com>

Jun 24, 2020, 2:18:22 PM

to sflinlab2020

  (31-3)+23=51 d  <- (._.)?

SFL<sflin1@gmail.com>

Jun 25, 2020, 11:22:01 AM

to sflinlab2020

(31-3)+25=53! 您嘛給我醒一醒...推推推...

___________________________________________________________

Jul 10, 2020, 2:23:30 PM

Reviewer#2 名字揭曉!

原來是亭羽JC paper 團隊中，2017年J Exp Medicine的第一作者, 謝謝丹尼爾大大...

Distinct Populations of Inflammatory Fibroblasts and Myofibroblasts in Pancreatic Cancer (PubMed Link)

AK480 R package pcr 定量結果供參

 Related # AK480, AK481, AK482, AP038, Ingrid, TYL

(SFL: 只去掉K2一格數值版本)

(Ingrd 傳統手動版: K2去三格，OKF4去二格，NP460去一格，NP550去二格)

(我是每個RNase7的CT值去扣到HPRT的平均值，這樣之後才有辦法算SD)

  Ingrid: 

結論是K2跟K2_AC顛倒???!!!

OKF4控制組細胞被刺激的RNase7表現都變超弱了???!!!

SFL:

第一份測試po文

(From google Groups/sflinlab2020)

成功收到第一份 來自 Gusite Forum 的測試文。

早上一直找不到「建立群組」按鈕，結果先在 @gmail.domain 建立一個新群組，邀請 @g.ntu加入，就成功了

a reply mail from lab account also works

先到 https://groups.google.com/forum/#!newtopic/sflinlab2020

論壇區發表主題  就可以開始玩...

賴亭羽<b002010033@gmail.com>

Jun 23, 2020, 9:17:18 AM

to sflinlab2020

玩...網站? 所以要貼主題的意思嗎?

SFL<sflin1@gmail.com>

Jun 23, 2020, 9:50:31 PM

to sflinlab2020

Yes, post whatever you wish to discuss, record, or show-off here.

D614G的最新進展

被地震嚇醒，然後.. 找到知音了 

一整個掃掉被地震嚇醒的擔憂，哈哈哈 原新聞連結如右 tinyurl.com/ya4ydkd3


The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity (bioRxive 06/12)
Lizhou Zhang, Cody B Jackson, Huihui Mou, Amrita Ojha, Erumbi S Rangarajan, Tina Izard, Michael Farzan, Hyeryun Choe
作者群名字看起來像中國人，其實是USA Scripps Research Institute


# (old thought by SFL) 這個點與ACE2結合區離得蠻遠的，看得出來它自成一區，但卻無法猜出分子機轉。另外，D to G 似乎在演化上是理所當然之變...

06/15 原來要這樣講才對... https://youtu.be/Fvd-J1kIOYQ?t=31

# SARS-CoV2

# D614G

Reviewer 3: It will be nice if you can share the codes... (CAF index MS)

• 哎呦我的媽，醜醜的code見得了人嗎?
  
  
  Difference between R MarkDown and R NoteBook
  NoteBook多一個 .html檔，多麽邪魔

LabLog-SFL

LogID	Title	Initial	Date
AF001	Codebook for GA341 (= YJC AE538 = YMU RNA-seq on OKB2/S1F/THP1)	SFL	10/21/15
AF002	Experimental sheme for AE592 (YMU RNA-seq GA416 and GA417)	SFL	10/23/15
AF003	Codebook for GA417	SFL	11/3/15
AF004	Codebook for GA416	SFL	11/4/15
AF005	Codebook for Po-Ting	SFL	11/5/15
AF006	Codebook for tidy 40T/N raw data (2015_1110_11SVA_40TN_raw = 40TNRaw)	SFL	11/10/15
AF007		SFL

The history of primary infection of EBV in keratinocytes

2006/10

Molecular and cytogenetic changes involved in the immortalization of nasopharyngeal epithelial cells by telomerase (the link to NCBI)

2008/10/10

根據這一篇, 那送EBV進入NP460h-hTERT不就等同於把EBV關禁閉? 另外Dr.George Miller有篇在J.Virol.Methods(2006)的文章,看起來像是一位MD/PhD的學生做的。他以兩位IM病人血清(富含各種anti-EBV抗體)去分離經NaB處理過的P3HR1(HH514)細胞。分什麼呢?分那些在走lytic cycle和不被NaB活化的HH514。分下來後的細胞再送回去petri-dish養。結果發現走lytic cycle的細胞無一存活、而沒有induce的細胞可以再被養回來,而且induction rate隨著時間增加而增加。很有意思的一篇文章。George大學是學歷史的,非常會寫文章,邏輯性很強而且要言不贅,讀他的paper總覺得能做science真好。

LabLog-柏廷篇

LogID	Title	Initial	Date
AE801	Compare Serum folate concn in OPMD patient and summary MAF in SNPs of folate-mediated one carbon metabolism	PTL	2015/11/9
AE802	Calculate and compare the MAF of rs1801133 and rs1801131 from sample	PTL	2015/11/13
AE803	Calculate and compare the MAF of rs2274976, rs1805087, rs1801394 and rs1979277 from sample	PTL	2015/11/17
AE804		PTL
AE805		PTL

#1由 poting 在 三, 11/11/2015 - 09:14 發表。

修改完畢

老師 我已經修改完畢了

#2由 poting 在 一, 11/09/2015 - 12:06 發表。

AE801 result

•FTEST=0.039 < 0.05      Variance between control and OPMD

•P=0.067 > 0.05               No significant difference  

TOP-OCC and TOP-OCD

2014/11/12 OPMD IRB:

基因檢測是以單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism, SNP）為主，特別是會影響酵素功能的功能性（functional）SNP與在亞洲人當中比較重要的SNP。SNP的檢測將採用Taqman allele discrimination的方式¹。

首先，把DNA的濃度標準化為15ng/µL。然後，在96孔盤裡分別加入84位不同研究對象的DNA與試劑的混合液（2µL=30ng DNA in a 25µL reaction）、8個陽性對照及4個陰性對照，預計共需要24個96孔盤來完成所有研究對象（N=2000）每一個SNP的檢測。接著，把96孔盤放置在Applied Biosystem 7500 real time PCR（Foster City, CA）進行資料的讀取。每一個SNP的檢測將會經過幾個步驟的品質管制：
a.    以對照組的檢測資料來評估Hardy-Weinberg disequilibrium，p值<0.01的SNP將被排除。
b.    Allele 的頻率將與the International Hapmap Project（www.hapmap.org)² 的中國人的基因資料來做比較。
c.    偵測頻率（call rate）< 95%的SNP將被排除。
d.    10%的DNA樣本將被重覆檢測來評估檢測的準確度。

1.    de Kok JB, Wiegerinck ET, Giesendorf BA, Swinkels DW. Rapid genotyping of single nucleotide polymorphisms using novel minor groove binding DNA oligonucleotides (MGB probes). Hum Mutat. 2002;19:554-559.
2.    The International HapMap Consortium. (2003) The International HapMap Project. Nature;426:789-796.

#1由 sufang 在 二, 10/06/2015 - 10:43 發表。

Genetic variants in one-carbon metabolism genes and breast

LabLog-奕宏篇

#1由 sufang 在 一, 08/03/2015 - 15:34 發表。 請修改一下AE443題目, 謝謝 Prepare 90 pairs(T/N) DNA and 48 pairs(T/N) RNA samples  應改成  Aliquot TLCN samples (90 T/N DNA and 48 T RNA) to KMUH 刪除   編輯   回應

	#2由 EVKVLIN 在 二, 05/12/2015 - 09:19 發表。 2014/10/6 Ideogram results Ideograms ppt file can be downloaded from here. 刪除   編輯   回應

	#3由 sufang 在 二, 02/24/2015 - 16:37 發表。 103年第二學期課表 刪除   編輯   回應

	#4由 yhl 在 一, 10/13/2014 - 16:22 發表。 AE439結果 2014/10/13 AE439_comparative genomic assay_1013 2014/10/23 SFL note: IDO1在chromosome 8, 在40對病人的ideogram上copy number 情形: TDO2在chromosome 4, 在40對病人的ideogram上copy number 情形:

心得彙整暫存區

2008/09/03 Lab Meeting心得彙整

1.一週三天有固定時間不能做實驗,會不會太沒效率了?來和與星期二下午的大瞇合辦怎麼樣? 就是說當天不在大瞇報的二個人就在小瞇報. 小瞇就排在大瞇前一小時,也就是一點或一點半和SFL討論.這樣一來平均每種meeting(被瞇得昏昏欲睡了吧)就是二個星期報一次. SFL昨天確實有被擊垮的感覺 （還是太久沒好好靜坐了?）2. RAZ 最早是小Kenney和飄魄的Pagano發現的.這個實驗室和英俊的Sergeant有進一步探討 3. Transcriptional activation 與 轉錄因子phosphorylation 正相關之例子搜尋4. 低溫長時或高溫短時對GST-N600/GST-Q658之水溶性影響, KR OGlcNAc 最後一張圖待補5. CKI與老化 (ERKV與PI3Ki/CKI) 6. Failure in 293/green EBV (DNA from ingrid or CGU)

LabLog-Ingrid篇

#1由 ingrid 在 三, 01/14/2015 - 16:52 發表。

RT-qPCR protocol

#2由 ingrid 在 一, 01/05/2015 - 16:57 發表。

用GAPDH當internal control

#3由 ingrid 在 一, 12/22/2014 - 16:18 發表。

arecoline-oral keratinocytes RT-qPCR相關的結果

03/18 Lab Meeting

Research Day Week, 實驗報告暫停一回。

另外、恭喜小丸又得獎了!!!

Biomax tissue microarray informations

Dear老闆:

這是tissue microarray的網址

http://www.biomax.us/tissue-arrays/Head_and_Neck/

我挑了一下 (case多及有附normal control的)

Bladder:

BL2081 (203 cases) US. 455

BL802 (80 cases) US. 255

(兩片有60個cases重複)

建議買BL2081

Head and neck, oral cavity:

Old:

OR2081 (98 cases) US.455 (仍有trial等級 US.150)

BC34011 (24 cases) US.140,

HN811 (27 cases) US.215

New:

HN483 (48 cases) US.165  (與OR2081有1個cases重複)

HN803a (80 cases) US.255  (與OR2081有4個cases重複)

建議OR2081 trial等級+ HN803a

給你參考               宛樺 敬上

20140115 Lab meeting-小丸子

1. 整理與Harvard Skin Disease Research Center Dr.Rheinwald購買之細胞株培養方法 2. 試著釐清Src與DDR1的活性之關聯性: 過去研究指出(1)Src innibitor會抑制collagen I induced DDR1的活性(2)Src會與p-DDR1有交互作用 我的結果指出(1)imatinib處理會抑制Src的活性 (2)比較不同株細胞Src的活性與DDR1的活性似乎有相關 (3)加入Src innibitor會影響OEC-M1中DDR1與Src的交互作用(此現象在TW2.6不明顯) (4)加入Src innibitor 對於OSCC細胞生長的抑制影響不是很明顯(1uM濃度, 48小時) 3. 整理過去發現Collagens處理後DDR1,ITG..等mRNA level增加的例子, 結論為大多條件均在serum free下進行, 因此會嘗試改變為這樣條件去觀察在keratinocytes中處理Collagens對DDR1及ITGs mRNA level的影響 4. QPCR的CT值差異約要載1.5-2以上 以終產物跑agarose gel 才看的出來差異

2013/12/11 Lab Meeting- 小夏

A. IP結果
1. AE316: 1) KR跟DNMT3b有很強的interaction; 2) ER/gZ跟三個DNMT都有interaction。
2. AE326: KR跟DNMT3b有interaction, ER沒有; ER與KR和DNMT3a都有interaction (雖然ER大於KR, 但KR本身的量也較少, 若補回來可能差不多)。
3. IP將Focus在DNMT3a與Flag-Luc, ER, KR間的Interaction情形。

B. To screen IFNG induced-IDO1 expression
1. 各個OSCC細胞間的IDO1表現應好好的跑在一起公平比較，在AE324中無法下定論。
2. AE324: IFNG can induce IDO1 expression in OSCC cells.
3. AE342: 參考Dr.洪明秀實驗室Wenchy的實驗方法，觀察OSCC在IFNG處理之下的細胞狀況(e.g., Cell rounding, Cell arrest, Cellular senescence, Cell death).

11/06 Lab Meeting

參加【第八屆亞太表觀遺傳年會暨第二屆台北表觀遺傳及染色質研討會】
Lab Meeting 順延一次。

10/16 Lab Meeting

參加中研院NRPB/NGS研討會，Lab Meeting暫停ㄧ次。

10/02 Lab Meeting

小羊畢業口試預演二。

進步很多、祝一切順利!