10/02 Journal Club Paper

Dear all:

附檔是我下禮拜要報告的paper，題目是: Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma。

請大家多多指教了，謝謝各位。

0919 Lab Meeting-YJC

Progress Report

1. 欲觀察CTCF是否在EBV/KSHV的潛伏期中扮演repressor的角色:
a) 利用shRNA-lentivirus infection方式knockdown CTCF expression五天之後, 發現病毒RNA/protein表現量上升, 存在於細胞中及release到上清液的的病毒DNA copies也變多.
 --> shCTCF clone B情況較特殊, 將mix其他三個clone的病毒液再觀察一次結果
 --> viral transcripts/protein可多看BMRF1, K-bZIP
b) 將CTCF表現質體送入細胞中表現3天, 發現病毒RNA/protein表現量沒有變化, 存在於細胞中及release到上清液的病毒DNA copies變化也不大
 --> 調整細胞濃度做DNA transfection再觀察一次

2. 利用ChIP方式觀察EBV Rta表現是否影響CTCF結合於病毒基因體的能力. 初步結果可觀察到Dox-48hr細胞中, CTCF binding量比non-induction少; 而Rta除了binding在已知的RRE之外, 在目前所偵測的DNA片段上也都有Rta的訊號.
 --> EREV8的ChIP訊號都比ERKV弱, 需要多加確認
 --> ChIP所得DNA量太少, 將做些調整以提高所得DNA濃度

Dear all

附檔是我9/18想要報告的paper

請大家過目

謝謝


DATO