Sep 17, 2010
Sep 1, 2010
09/01Lab meeting 小丸子
整理抑制DDR1的表達對於四組oral cancer cells生長的影響。初步結果發現DDR1 mediated oral cancer cells生長是collagen independently。
Aug 26, 2010
Aug 18, 2010
Aug 13, 2010
08/11 LabMeeting Ingrid
下個月至英國開會Poster內容預演: (1) 簡述 Virapower System。(2) TW01Tet。(3) TW01TetER-7 and -19。(4) TW01-EREVp2089。
Aug 5, 2010
DDR1這個傢伙
細胞飄到有coating collagen的地方, 會依次進行adhesion, spreading, migration三件事。其中collagen的主要對應receptor有ITGA2B1及DDR1兩種, 而且collagen-ITGA2B1之結合與collagen-DDR1之結合是互相獨立的事件,並不會互相競爭或抑制。可是、結合後傳到細胞內的傳遞訊息就會有交互作用:ITGA2B1-collagen走的是FAK signaling這個pathway、讓細胞長出filopodia、攤平。而這個pathway的一些訊息傳遞會受到DDR1-collagen的抑制(Vogel, Wang), 接著發現這個抑制會導致細胞攤不平(Yeh)。
經過一番仔細研究後, 2009年Vogel Group提出, 細胞接觸collagen要adhesion的那一刻, 細胞內actin filament會remodelling、myosin會和actin暫時解離開來,這時如有DDR1在,DDR1的C-terminus會和myosin緊密結合,於是細胞骨架的收縮力(contraction)大於伸張力(protrusion),所以spreading變少、migration變強。這篇文章在討論部份把Wang/Tang的發現安插在: DDR1還有一個功能就是透過抑制細胞內Cdc42的活性,使得ITGA2B1-collagen mediated spreading降低。另一方面,2010年Wang/Tang將昨天小夏報的paper進一步修正為DDR1的N-terminus把E-cadherin緊緊地拴在細胞表面上(與collagen和細胞density均無關),所以細胞-細胞間aggregate得很好,但同時DDR1 kinase的活性也被block住,無法傳signal下去。但是這個結合怎樣被去除掉,以及和細胞spreading, migration間的關連作者則未進一步做說明。
另外哈佛大學韓國人Lee Lab則發表了DDR1是p53活化MAPK/AKT pathways的重要媒介(2003),以及DDR1的表現可增加癌細胞的 chemoresistance (2006)。再來就是oncogene addiction理論, 我們要找個藥抑制DDR1 (這個及這個)。
經過一番仔細研究後, 2009年Vogel Group提出, 細胞接觸collagen要adhesion的那一刻, 細胞內actin filament會remodelling、myosin會和actin暫時解離開來,這時如有DDR1在,DDR1的C-terminus會和myosin緊密結合,於是細胞骨架的收縮力(contraction)大於伸張力(protrusion),所以spreading變少、migration變強。這篇文章在討論部份把Wang/Tang的發現安插在: DDR1還有一個功能就是透過抑制細胞內Cdc42的活性,使得ITGA2B1-collagen mediated spreading降低。另一方面,2010年Wang/Tang將昨天小夏報的paper進一步修正為DDR1的N-terminus把E-cadherin緊緊地拴在細胞表面上(與collagen和細胞density均無關),所以細胞-細胞間aggregate得很好,但同時DDR1 kinase的活性也被block住,無法傳signal下去。但是這個結合怎樣被去除掉,以及和細胞spreading, migration間的關連作者則未進一步做說明。
另外哈佛大學韓國人Lee Lab則發表了DDR1是p53活化MAPK/AKT pathways的重要媒介(2003),以及DDR1的表現可增加癌細胞的 chemoresistance (2006)。再來就是oncogene addiction理論, 我們要找個藥抑制DDR1 (這個及這個)。
Jun 11, 2010
qPCR primer設計相關
發現幾個好site:
1. Invitrogen/ABI.(Click). + NCBI PrimerBlast. (Click)
2. OriGene. (Click)
簡單介紹步驟如下:
1.在NCBI找出gene symbol (e.g. beta actin AND homo應該查到ACTB).
2.到ABI TaqMan gene expression assays 輸入欲查之gene symbol及 limit物種在homo sapiens.
3.Assay search的結果會給你數個result.其中“inventoried"是優先考慮的assay.
4.在任何一個考慮的assay中以新視窗打開"Alignment Map", 其中星號部分即是inventoried assay.右上方有NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再以新視窗打開它.然後會出現此assay的詳細資料.讀完後記住assay location 位點,並且找到下方NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再次以新視窗打開它,以連到NCBI site.
5.在NCBI網頁上每一筆NM_xxxyyxxx都可自動做Primer3的引子設計工作(on the right "Pick Primers)
6.以assay location位點為中心,左右各減/加100,放入Forward 及 Reverse中.
7.輸入其它條件 and get your primers.
1. Invitrogen/ABI.(Click). + NCBI PrimerBlast. (Click)
2. OriGene. (Click)
簡單介紹步驟如下:
1.在NCBI找出gene symbol (e.g. beta actin AND homo應該查到ACTB).
2.到ABI TaqMan gene expression assays 輸入欲查之gene symbol及 limit物種在homo sapiens.
3.Assay search的結果會給你數個result.其中“inventoried"是優先考慮的assay.
4.在任何一個考慮的assay中以新視窗打開"Alignment Map", 其中星號部分即是inventoried assay.右上方有NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再以新視窗打開它.然後會出現此assay的詳細資料.讀完後記住assay location 位點,並且找到下方NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再次以新視窗打開它,以連到NCBI site.
5.在NCBI網頁上每一筆NM_xxxyyxxx都可自動做Primer3的引子設計工作(on the right "Pick Primers)
6.以assay location位點為中心,左右各減/加100,放入Forward 及 Reverse中.
7.輸入其它條件 and get your primers.
Jun 1, 2010
-80度冰箱沒辦法長久保存細胞株
為了釐清-80度冰箱是否可以長久保存細胞株
分別解凍
1. 2007/11 293TREx_Flag_KRTA pool
2. 2008/02 HEK293(p5)
3. 2008/03 HONE-1
4. 2008/05 293FT/rKSHV.219(p8)
5. 2008/08 NP460TetR pool
隔天觀察
發現貼附的細胞極少
所以儲存2-3年以上的細胞株解凍效率極差
今天會將上列5株細胞丟棄
呼籲大家
重要的細胞株還是要留1-2管在液態氮儲存
以免滅種
分別解凍
1. 2007/11 293TREx_Flag_KRTA pool
2. 2008/02 HEK293(p5)
3. 2008/03 HONE-1
4. 2008/05 293FT/rKSHV.219(p8)
5. 2008/08 NP460TetR pool
隔天觀察
發現貼附的細胞極少
所以儲存2-3年以上的細胞株解凍效率極差
今天會將上列5株細胞丟棄
呼籲大家
重要的細胞株還是要留1-2管在液態氮儲存
以免滅種
May 13, 2010
垃圾分類-by小夏
以後實驗室垃圾分四類:
1. C-0504 (廢尖銳器具、針頭) 非感染性的尖銳物質，要裝在盒子給阿姨處理(我們一定要裝好不要讓阿姨有受傷疑慮)
2. C-0505 (受污染動物屍體、殘肢及墊料) 我們實驗室不會有所以不討論。
3. C-0507 (口罩、手套、拋棄式實驗衣等) 一般實驗室的垃圾，手套、Tip…… 自己知道沒有感染性，此類不會拿去滅菌。
4. C-0599 (感染性廢棄物混合物) CULTURE ROOM或養菌所產生感染性的垃圾。黃博士說依規定感染性廢棄物24小時內要滅菌。其中玻璃、針頭、刀片等尖銳感染性物質的要好好包好，不可以直接丟垃圾筒，阿姨會收集起來裝在鐵盒裡拿去滅菌在丟掉。Pasteur pipette像我們現在這樣就可以了，但是不要丟進垃圾桶，一樣要整捆包好，讓阿姨可以安全的拿去滅菌，阿姨會將整袋Pasteur pipette裝在她的滅菌鐵盒中滅菌處理。長條型的塑膠PIPPE也要分類排列整齊(我們也有分類了☺)，讓阿姨好處理。
以上四類，撇開第二類，只有第四類是會經過滅菌處理的。還有不管一般還是感染性圾垃桶都要蓋蓋子。 以後阿姨處理完的所有垃圾，還都會蓋上癌研所的章，以示負責!
1. C-0504 (廢尖銳器具、針頭) 非感染性的尖銳物質，要裝在盒子給阿姨處理(我們一定要裝好不要讓阿姨有受傷疑慮)
2. C-0505 (受污染動物屍體、殘肢及墊料) 我們實驗室不會有所以不討論。
3. C-0507 (口罩、手套、拋棄式實驗衣等) 一般實驗室的垃圾，手套、Tip…… 自己知道沒有感染性，此類不會拿去滅菌。
4. C-0599 (感染性廢棄物混合物) CULTURE ROOM或養菌所產生感染性的垃圾。黃博士說依規定感染性廢棄物24小時內要滅菌。其中玻璃、針頭、刀片等尖銳感染性物質的要好好包好，不可以直接丟垃圾筒，阿姨會收集起來裝在鐵盒裡拿去滅菌在丟掉。Pasteur pipette像我們現在這樣就可以了，但是不要丟進垃圾桶，一樣要整捆包好，讓阿姨可以安全的拿去滅菌，阿姨會將整袋Pasteur pipette裝在她的滅菌鐵盒中滅菌處理。長條型的塑膠PIPPE也要分類排列整齊(我們也有分類了☺)，讓阿姨好處理。
以上四類，撇開第二類，只有第四類是會經過滅菌處理的。還有不管一般還是感染性圾垃桶都要蓋蓋子。 以後阿姨處理完的所有垃圾，還都會蓋上癌研所的章，以示負責!
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