Nov 11, 2010

11/10 Lab Meeting- ingrid

1. 想要測試Dox對TW01Tet的生長是否有所影響，結果失敗。下次要收短時間測試(如1、2、3天)。

2. 篩選TW03Tet及TW05Tet細胞株。TW03Tet：24株裡有19株長起來；TW05Tet：24株裡有12株長起來。目前皆放在6 well內等待Western blot測試TetR。

3. OGT抗體無法辨認抗原，已重新購買。另外要解決internal control在每個sample中的量皆不相同的問題。

4. 將shMGEA5送入ERKV細胞中，”似乎”可以使發紅光的細胞比例上升，要再進一步詳細確認。
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Nov 7, 2010

33 Lines

33 Lines
由 sufang 在 日, 11/07/2010 - 00:00 發表 Pre-published 33 Lines Cell Lines Dan Robinson PAPA PTK profiling RAGE

Cell DesignationTissue 1Tissue 2Morphology　
SW-13Adrenal glandcortex, primary small cell carcinoma  Epithelial 
T24Bladdertransitional cell carcinoma Epithelial 
SW-1353Bonechondrosarcoma Fibroblast 
Saos-2BoneOsteosarcoma Epithelial 
K-562Bone MarrowChronic myelogenous leukemia Lymphoblast 
DaoyBraindesmoplastic cerebellar medulloblastoma polygonal  
SK-N-SHBrainMeta: bone marrow neuroblastoma Epithelial 
SK-BR-3BreastMeta: pleural effusion adenocarcinoma Epithelial 
SW620ColonMeta: lymph node colorectal adenocarcinoma Epithelial 
HT-1080Connective tissueFibrosarcoma   
U251Glioma AdherentFibroblast 
Caki1KidneyMeta: skin clear cell carcinoma Epithelial 
MOLT-4LeukemiaALLT LymphoblastITK
JurkatLeukemiaALLT LymphoblastITK
CEMLeukemiaALLT LymphoblastITK
MEG-01LeukemiaCMLmegakaryoblast, LymphoblastABL1
HL-60Leukemiapromyeloblas, acute promyelocytic leukemia myeloblastic 
HepG2Liverhepatocellular carcinoma Epithelial 
A549LungCarcinomaEpithelial 
NCI-H69LungSm Cell Lung Cancerfloating aggregates 
RamosLymphomaBurkitt's lymphoma, EBV -Lymphoblast 
U-937LymphomaHistiocytic, EBV -Monocyte 
RDMusclerhabdomyosarcoma spindle cells and large multinucleated cells
SK-OV-3OvaryMeta: ascites adenocarcinoma Epithelial 
Capan-1PancreasMeta: liver adenocarcinoma Epithelial 
LNCaPProstateMeta: left supraclavicular lymph node carcinoma Epithelial 
SW837Rectumadenocarcinoma Epithelial 
A-431SkinEpidermoid carcinoma EpithelialEGFR
SK-MEL-28Skinmalignant melanoma polygonal 
AGSStomachgastric adenocarcinoma Epithelial 
SW-982Synoviumsynovial sarcoma Mixed 
HEC-1-AUterusendometrium; adenocarcinoma Epithelial 
HUVECVeinUmbilical Vein Endothelial Cells  BMX, KDR, TEK
     
Path at iMac: SORTED/2010/2010_PAPA_33Lines.xlsx


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Nov 4, 2010

11/3 Lab Meeting- 小夏

1. EBV Rta induces growth arrest in the G1 phase of cell cycle in TW01TetER cell lines (the effect is #19＞#7).
2. Counting the viable cell by trypan blue exclusion method show that there is no difference between TW01TetER #7 and #19 in the growth rate for the period of 4 days.
3. Briefly introduce the NPC cell lines established from Dr. Chin-Tarng Lin and published in 1990 and 1993.
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Nov 3, 2010

10/27 Lab meeting 蔡小丸

整理departmental seminar時 大家的問題與建議
接下來要進行的部分:
1. DDR1是否是constutively active form
2. 延長shDDR1給予時間 觀察細胞反應
3. 不同稀釋之病毒液 是否能有dose的抑制效果 或要選擇不同的shDDR1 clone
4. 加入其他oral cancer cells
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Nov 1, 2010

10/27 Lab Meeting- ingrid

測試從中研院買來針對OGT及MGEA5的shRNA系統
1. 簡單以質體轉染送入細胞，再做Q-PCR，發現二者都可以成功抑制RNA的表現
2. 包lentivirus感染送入細胞，再做Western blot analysis，發現可以成功抑制MGEA5蛋白質的表現。但OGT抗體尚未抓到條件，所以還未得知是否也有抑制。
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Oct 29, 2010

10/27 Lab Meeting- 小夏

1. The RNAs of TW02, TW03, TW04, TW05, TW06 are ready. The RNAs of HONE1 and TWO1 will be purified on next week.
2. EBV Rta can induce G1 arrest in TW01TetERTA #7, #16 and #19 in my 1st trial (19≧16＞7).
3. So far, to test the inhibition effect of U0126 in ERTA-induced EBV reactivation.
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Oct 28, 2010

10/27 Lab Meeting- 小嬿

1. Establishment of several stable cell lines: Akata-p2089, TW01EREV-Akata/EGFP, TW03Tet, and TW05Tet. I need YCK's help to screen TW03Tet and TW05 Tet cells. I'll transfer these clones to YCK tomorrow.

2. To test sonication condition of ChIP.
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Oct 25, 2010

10/21 Lab meeting-蔡小丸

繼續報告DDR1 對於台灣的oral cancer cell lines的重要性
並再討論 DDR1 mediated cell growth可能會經由 MAPK surivial pathway
及嚼檳榔和 OSCC大量表達DDR1的關聯性

再度謝謝大家
連三周 被我疲勞轟炸 及給我的寶貴建議
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Oct 14, 2010

10/14 Lab meeting-蔡小丸

報告DDR1 對於 台灣oral cancer cells扮演的角色之相關實驗整理．．
須在加強的部分包含：
導言強調台灣地區口腔癌的特異性．．
Glivec所抑制的一群PTKs 在Glivec使用濃度上的相關性．．
並再討論DDR1在oral cancer cell裡所mediated survival pathway
討論　檳榔對於collagen及DDR1　是否有扮演什麼樣的角色．．
還有　要再有自信一點　講出來！！
下週再繼續．．辛苦大家了．．
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Oct 8, 2010

10/06 Lab meeting-蔡小丸

整理silence DDR1對於四株口腔癌細胞生長之影響及發現臨床用藥Glivec(an inhibitor of DDR1)會抑制口腔癌細胞之生長...
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09/29 LabMeeting ingrid

報告去英國參加EBV研討會的感想

針對我的POSTER
Dr. Tsao提出以下的問題
1. TW01TetEREVp2089是否產生具有感染性病毒顆粒?(目前無)
2. 有考慮送入Zta做stable clone嗎?(Rta在epithelial cell內比Zta更能夠活化EBV溶裂期)
3. senescence與lytic cycle的關連?
(以下簡述SEL在噗浪的發言 謝謝SFL:)
Senescence大致分兩類,一種是replicative senescence就是telomere越來越短的"自然老化"; 另一類是oncogene-induced的senescence簡稱OIS.我們Rta造成的senescence屬第二型.)

另外報告
1. Dr. Shannon C. Kenny的海報中，提出Na在上皮細胞中會與p53一同誘導lytic protein表現
2. Dr. Tsao的海報中，他們建立了HONE1-EBV、HK1-EBV及NP460htert-EBV細胞株，其中前二者可以產出有感染力的病毒顆粒。送入EBV的方式則是用Akata 細胞株進行cell-to-cell contact方式進行，成功送入EBV的細胞會發綠光，再以TPA加以誘導使其進入lytic cycle以產生病毒。還有說明加入TPA，雖然細胞的綠光會變強，但並不表示一定會產生相對應多的病毒。
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Oct 7, 2010

10/06 Lab meeting 小嬿

介紹在英國看到的兩篇post (from Dr. Tsao)
1. HONE1-EBV可不受外物刺激就自動產生病毒, HK1-EBV 需要外物刺激, NP460hTert-EBV推測是abortive reactivation(未知停在哪). 在TNF-alpha刺激的HK1-EBV, BMRF1的表現量與Qp相反, 似乎與BZLF1的量不成正相關.
2. 有EBV存在的細胞株在營養缺乏的環境下較有利生存
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