上週末Bioruptor業務幫我們把儀器fix好的同時，也提及許多Lab在置備protein extract的同時，現在都會加一步sonication的步驟。
set at "Low", 5 cycles.
據說這樣才可以充分地把胞膜上面的蛋白質都萃取出來。有做膜蛋白的人要注意一下! 非膜蛋白的人也可以試試看多加這一步驟，protein是不是萃取得更完全。
Jun 7, 2011
Jun 1, 2011
06/01 Lab Meeting-小嬿
1. 設計12個target gene的CTCF binding site primers. 初步用ERKV及Raji的genomic DNA測試primer, 九組較佳, 三組較弱, 一組沒有p出來. -->後面這四組primer會再做進一步確認condition
2. 利用IP觀察CTCF是否跟Rta有interaction. IP CTCF後有抓到Rta, 但其抓到的量與Dox induction與否沒有關係(偽Rta?). (使用ICON的blocking reagent後, IgG的band有比較乾淨.)
3. 利用Thermo的fraction kit區分TW01TetER-19細胞的cytosol及nuclear protein. PARP1及CTCF乾淨地位於核內; Rta, p53, H3在cytosol有殘留; GAPDH及a-tubulin主要在質; 怪的是PCNA大部分在細胞質.
-->1. 這篇paper指出位於質內的PCNA具有anti-apoptosis的效用(in neutrophil), 或許這是TW01細胞可以serum starvation還如此快樂的原因之一. (而一點點的PCNA在核內就夠DNA replication 用?或大部分細胞在G1 phase, PCNA不用進核工作)
-->2. 試試沛文的fractionation方法
-->3. 試試IP Flag, 看CTCF是否會被抓下來
2. 利用IP觀察CTCF是否跟Rta有interaction. IP CTCF後有抓到Rta, 但其抓到的量與Dox induction與否沒有關係(偽Rta?). (使用ICON的blocking reagent後, IgG的band有比較乾淨.)
3. 利用Thermo的fraction kit區分TW01TetER-19細胞的cytosol及nuclear protein. PARP1及CTCF乾淨地位於核內; Rta, p53, H3在cytosol有殘留; GAPDH及a-tubulin主要在質; 怪的是PCNA大部分在細胞質.
-->1. 這篇paper指出位於質內的PCNA具有anti-apoptosis的效用(in neutrophil), 或許這是TW01細胞可以serum starvation還如此快樂的原因之一. (而一點點的PCNA在核內就夠DNA replication 用?或大部分細胞在G1 phase, PCNA不用進核工作)
-->2. 試試沛文的fractionation方法
-->3. 試試IP Flag, 看CTCF是否會被抓下來
May 31, 2011
5/25 Lab Meeting-ingrid
(1) 以shLuc、shOGT、shMGEA5的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (6x10^5/2ml/well/6well*6) 中，48小時後加Dox，再48小時收lysates進行WB確認，發現shOGT-A1及shMGEA5-B2皆比shLuc引起更多的lytic reactivation。且送入shOGT的細胞樣本中，除了OGT蛋白質減少，MGEA5蛋白質也減少，送入shMGEA5的細胞樣本中，除了MGEA5蛋白質減少，OGT蛋白質也減少。重複之前收集的2次實驗樣本，也得到一樣的結果。進行Q-PCR檢查送入shOGT的細胞樣本中，MGEA5的mRNA是否有減少，避免shRNA有認錯目標的效用。且用IP將KR抓下，用WB來確認O-GlcNAc變化程度。
(2) 將TW05TetER的＃7+9+10+12 (Flag Positive ratio=87~-96％) pool成一個clone。
(3) 重新建立TW01TetLuc及TW05TetLuc，目前正在用Zeocin篩選clones。
(4) TW05TetER/gZ有28clones進行WB篩選，Rta alone、gZ alone和Rta+gZ皆有篩出，接下來進行IFA確認。
(2) 將TW05TetER的＃7+9+10+12 (Flag Positive ratio=87~-96％) pool成一個clone。
(3) 重新建立TW01TetLuc及TW05TetLuc，目前正在用Zeocin篩選clones。
(4) TW05TetER/gZ有28clones進行WB篩選，Rta alone、gZ alone和Rta+gZ皆有篩出，接下來進行IFA確認。
May 23, 2011
05/18 Lab meeting-蔡小丸
1. 利用黃老師家學姊提供之unknown cancer tissue sample進行DDR1之IHC練習
2. 試著釐清Pin1對於K-RTA蛋白質穩定性的角色及對於K-RTA transactivation ability的影響
~~但結論仍在一片渾沌中~~
3. DNCDK9對於K-RTA transactivation ability有抑制的效果 但仍不能排除 DNCDK9是全面性抑制了transcription
2. 試著釐清Pin1對於K-RTA蛋白質穩定性的角色及對於K-RTA transactivation ability的影響
~~但結論仍在一片渾沌中~~
3. DNCDK9對於K-RTA transactivation ability有抑制的效果 但仍不能排除 DNCDK9是全面性抑制了transcription
May 11, 2011
05/11 Lab Meeting- 小夏
報告：
1. The expression kinetics (0-72 h) of cell cycle regulators and viral immediate-early proteins in Dox-treated TW01EREV-2716. (Rta, EAD, p53, SFN)
2. The cytotoxicity of U0126 on TW01EREV-2716: 72hr, IC50=45.76uM
3. Pretreat 20uM U0126 1hr before dox treatment can inhibit activation of MAPK (ERK 1/2), but don’t inhibit EBV reaction in 2716.
討論：
首先先釐清
1. Cell density與cell growth/senescence/death以及 viral reactivation有關
2. Dox conc.還可以降低嗎?
3. TW01TetER senescence的程度? (#16待做….)
3. 將以前做Rapa的實驗找出來看，綠染似乎有較淡，細胞數似乎有多一些，可以看看Rapamycin, LY其他抑制劑也許在Cell background不同的TW01上會有效。
4. 將MB教授的文章好好讀一讀。
1. The expression kinetics (0-72 h) of cell cycle regulators and viral immediate-early proteins in Dox-treated TW01EREV-2716. (Rta, EAD, p53, SFN)
2. The cytotoxicity of U0126 on TW01EREV-2716: 72hr, IC50=45.76uM
3. Pretreat 20uM U0126 1hr before dox treatment can inhibit activation of MAPK (ERK 1/2), but don’t inhibit EBV reaction in 2716.
討論：
首先先釐清
1. Cell density與cell growth/senescence/death以及 viral reactivation有關
2. Dox conc.還可以降低嗎?
3. TW01TetER senescence的程度? (#16待做….)
3. 將以前做Rapa的實驗找出來看，綠染似乎有較淡，細胞數似乎有多一些，可以看看Rapamycin, LY其他抑制劑也許在Cell background不同的TW01上會有效。
4. 將MB教授的文章好好讀一讀。
May 3, 2011
05/03 Lab Meeting-小嬿
1. 比較Dox- 和TPA/NaB-treated TW01-EREV-26(ER-high)/2716(ER-medium):
a. the amount of spontaneous lytic and the responses to inducers: 2716 > 26
b. Dox在2716的反應比TS佳, 但在26的反應比TS差
c. 未比較protein expression level
2. 比較Dox-treated TW01-EREV-26/2716(0-6天):
a. viral proteins: Flag-Rta/total Rta與之前結果相同: 26>2716; BZLF1, BMRF, BLLF1在兩細胞株都以類似EREV8的cascade pattern出現, 但表現量2716>26; latent protein, EBNA1在Dox處理後也有稍稍增多的現象, 2716較為明顯
b. viral particles: 24小時未有病毒量的變化, 48小時開始induce出病毒, 26細胞株所產病毒量約在5-10x 10^4/ml, 而2716的72小時約為10^6/ml, 72-144小時的病毒量相差不大
c. cell death associated markers: 目前試了caspase-3及PARP-1. caspase-3的cleavage form在26較多, 但在induce 3天之後便減少(in both cells); PARP-1的pattern類似於caspase-3.
d. cell cycle associated proteins: (G1) CDK4/6, CCND1, CCND3下降; p21, p27, p53, SFN上升; CCNE1變化不明顯; (S) CCNA, E2F1, p-pRb, pRb下降
Future work:
1. 釐清cell death與viral reactivation之間的順序 (by TUNEL assay?)
2. 除了apoptosis之外, 可觀察其他如autophagy相關markers
a. the amount of spontaneous lytic and the responses to inducers: 2716 > 26
b. Dox在2716的反應比TS佳, 但在26的反應比TS差
c. 未比較protein expression level
2. 比較Dox-treated TW01-EREV-26/2716(0-6天):
a. viral proteins: Flag-Rta/total Rta與之前結果相同: 26>2716; BZLF1, BMRF, BLLF1在兩細胞株都以類似EREV8的cascade pattern出現, 但表現量2716>26; latent protein, EBNA1在Dox處理後也有稍稍增多的現象, 2716較為明顯
b. viral particles: 24小時未有病毒量的變化, 48小時開始induce出病毒, 26細胞株所產病毒量約在5-10x 10^4/ml, 而2716的72小時約為10^6/ml, 72-144小時的病毒量相差不大
c. cell death associated markers: 目前試了caspase-3及PARP-1. caspase-3的cleavage form在26較多, 但在induce 3天之後便減少(in both cells); PARP-1的pattern類似於caspase-3.
d. cell cycle associated proteins: (G1) CDK4/6, CCND1, CCND3下降; p21, p27, p53, SFN上升; CCNE1變化不明顯; (S) CCNA, E2F1, p-pRb, pRb下降
Future work:
1. 釐清cell death與viral reactivation之間的順序 (by TUNEL assay?)
2. 除了apoptosis之外, 可觀察其他如autophagy相關markers
4/27 Lab Meeting-ingrid
(1) 以shLuc、shOGT的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，24、48、72小時後，收lysates進行WB確認目標蛋白質的確有減少，A1效果比D1好。shLuc的lysates中，OGT的表現隨著時間增加而增加(?)(但Tubulin也隨之增加?)。
(2) 以shLuc、shOGT的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，48小時後加Dox，再48小時收lysates進行WB確認，因結果難以得出結論，故重新hybridize with OGT Ab。
(3)以shLuc、shMGEA5、shOGT的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，24小時後加Dox，再72小時收lysates進行WB確認，似乎引起的lytic reactivation沒有差異或看不出關聯性(與之前做的結果不一樣)。
(2) 以shLuc、shOGT的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，48小時後加Dox，再48小時收lysates進行WB確認，因結果難以得出結論，故重新hybridize with OGT Ab。
(3)以shLuc、shMGEA5、shOGT的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，24小時後加Dox，再72小時收lysates進行WB確認，似乎引起的lytic reactivation沒有差異或看不出關聯性(與之前做的結果不一樣)。
Apr 27, 2011
20110420 Lab meeting-蔡小丸
1. 利用 Nu-PAGE gel跑出的IP結果不佳
2. 整理K-RTA 磷酸化paper投稿至JV後reviewers的意見
3. 結果發現CDK9會磷酸化K-RTA 而 S634/S636是可能的位點 但是加入DRB 不會影響K-RTA的分子量 期望能找到合理的解釋
4. 大量表達Pin1會造成K-RTA蛋白量降低 而Pin1 inhibitor與 shPin1似乎也會影響K-RTA的表達 量 因此Pin1對於K-RTA stability的影響 需要進一步探討 才能定論(不知道是否因為Pin1 inhibitor或shPin1影響polII的activity呢?)
2. 整理K-RTA 磷酸化paper投稿至JV後reviewers的意見
3. 結果發現CDK9會磷酸化K-RTA 而 S634/S636是可能的位點 但是加入DRB 不會影響K-RTA的分子量 期望能找到合理的解釋
4. 大量表達Pin1會造成K-RTA蛋白量降低 而Pin1 inhibitor與 shPin1似乎也會影響K-RTA的表達 量 因此Pin1對於K-RTA stability的影響 需要進一步探討 才能定論(不知道是否因為Pin1 inhibitor或shPin1影響polII的activity呢?)
Apr 24, 2011
Apr 15, 2011
04/13 Lab Meeting- 小夏
To test the effect of U0126 on EBV Rta-induced EBV reactivation on TW01EREV-2716
1. 初步結果72hr 20uM U0126死了一半的細胞 (WST-1 assay)
2. 感覺Dox 48小時活細胞有隨著U0126濃度的增加而增加
3. Dox 72小時細胞全部懸浮於medium，感覺72小時Dox作用效果遠大於U0126。(這樣可以說U0126是擋不住ER的Function? 也許可以像學姊早上說的降低Dox的量)
Next work will
1. Determine the cytotoxicity of U0126 on TW01EREV-2716 by WST-1 assay.
2. Confirm the expression kinetics (0-72hrs) of cell cycle regulators and viral proteins in Dox-treated TW01EREV-2716. (ex. SFN,p53)
1. 初步結果72hr 20uM U0126死了一半的細胞 (WST-1 assay)
2. 感覺Dox 48小時活細胞有隨著U0126濃度的增加而增加
3. Dox 72小時細胞全部懸浮於medium，感覺72小時Dox作用效果遠大於U0126。(這樣可以說U0126是擋不住ER的Function? 也許可以像學姊早上說的降低Dox的量)
Next work will
1. Determine the cytotoxicity of U0126 on TW01EREV-2716 by WST-1 assay.
2. Confirm the expression kinetics (0-72hrs) of cell cycle regulators and viral proteins in Dox-treated TW01EREV-2716. (ex. SFN,p53)
Apr 6, 2011
04/06 Lab Meeting 小嬿
1. 降低細胞數至7.5 x 10^6/ml做sonication的效果仍未達百分百, 將試5 x 10^6/ml的效果
2. 比較TW01TetER(19) Ctrl-24hrs及Dox-24hrs, (1) CTCF bind在H19及SFN promoter的能力似乎相當, 一般PCR及Q-PCR所看到的差距不大 (2) 初步測試Rta也可bind在H19(weak)及SFN promoter上, Q-PCR 確認中
Apr 5, 2011
0330 Lab meeting-蔡小丸
1. 利用coexpress Flag-K-RTA及Flag-CDK9的lysates 進行CDK9 IP實驗 結果發現K-RTA, S634A/S636A, NLSm均與CDK9有interaction, K-RTA與CDK9的association較S634A/S636A強 2. Pin1 isomerase mutant K34A與K-RTA大量共同表達 K-RTA的molecular weight並沒有改變, 初步推測 Pin1的isomerase的活性並不會影響K-RTA的molecular weight
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