參加【第八屆亞太表觀遺傳年會暨第二屆台北表觀遺傳及染色質研討會】
Lab Meeting 順延一次。
Nov 6, 2013
Nov 4, 2013
Primary and immortal oral keratinocyte cells
從paper翻到
Rheinwald JG 有建立Primary and immoral Oral keratinocyte (OKF)
然後逛他的網頁突然發現
他們有在販售
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/cell.html
cell list如下
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/Cell%20lines%20in%20Core%20collection.pdf
也有配送國外
或許這會是另外的OSCC control 來源
原始paper&culture condition
https://www.dropbox.com/s/9hutmyzp7jk77um/OKF6-paper.pdf
Rheinwald JG 有建立Primary and immoral Oral keratinocyte (OKF)
然後逛他的網頁突然發現
他們有在販售
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/cell.html
cell list如下
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/Cell%20lines%20in%20Core%20collection.pdf
也有配送國外
或許這會是另外的OSCC control 來源
原始paper&culture condition
https://www.dropbox.com/s/9hutmyzp7jk77um/OKF6-paper.pdf
Oct 16, 2013
Oct 8, 2013
09/25 Lab Meeting- 小嬿
Progress report
1. 比對RRE與CBS的差異. RRE的序列可能為16~18 bp, 主要由兩個core element(GNCC和GGNG)和中間間隔的8~10個nucleotides所組成. 若以分析RRE方式分析CBS, 可發現CBS與RRE的序列組合有高度相似性, CBS也有兩個core element, 差別在於隔開core element的序列只有7個nucleotide.
--> Rta是否可能透過結合在類似CBS的DNA序列干擾CTCF對基因表現的調控.
-->> 注意CpG, RRE, CBS相對位置
2. 觀察在EREV8和ERKV細胞中, Rta所調控基因的蛋白及RNA表現量的改變. EBV Rta在Dox誘導表現之下, 可在3小時被偵測到; 而細胞週期調控蛋白c-Myc和CCND1在Rta表現3-6小時表現量下降; p21及14-3-3σ在6小時表現量上升; 病毒溶裂期蛋白則在12-24小時才有明顯的表現量產生.
--> Rta表現後改變許多細胞周期相關基因的表現, 而這些基因的promoter或intron上有CBS存在.
3. CTCF 可能扮演壓制EBV或KSHV不能進入lytic cycle複製的角色. 若外送質體表現較多的CTCF於細胞中, 可以發現EBV和KSHV的溶裂期蛋白表現被抑制, 細胞中的病毒DNA套數減少; 相反地, 以shRNA方式減低CTCF表現量時, 可以發現EBV和KSHV病毒的溶裂期蛋白表現, 並且細胞中的病毒DNA有增加的趨勢.
4. Rta結合於DNA上的功能對於基因的調控是重要的. 外送EBV Rta的DNA binding mutant(K156A)進入細胞中, 可以發現Rta原來調控的基因, 在K156A組別中的反應都較小.
5. EBV Rta結合到DNA上讓CTCF無法穩定地坐落於DNA上. 以ChIP assay觀察目標DNA片段, 可以看到大約在Rta表現6-12小時就可看到Rta結合在DNA上, 而CTCF的訊號則在較後面的時間點(24小時)變弱.
-->> 病毒DNA結構圖, 統計圖/趨勢圖未完成
6. EBV Rta對於基因的調控與DNA的甲基化有關. 以methylation-blocked restriction enzyme處裡細胞DNA後用PCR方式觀察DNA的甲基化情況, 可以在c-Myc和CCND1的promoter上偵測到逐漸增加的甲基化情況, 且其發生的時間點介於Rta結合於DNA和CTCF坐落在DNA訊號減低之間.
-->> 統計圖/趨勢圖未完成
7. 測試EBV Rta是否與DNMTs蛋白交互作用. 以co-IP的方式偵測其交互作用.
--> 初步結果顯示, EBV Rta可能與DNMT3a/3b有interaction, 但仍須多加證實.
-->> 未完成
1. 比對RRE與CBS的差異. RRE的序列可能為16~18 bp, 主要由兩個core element(GNCC和GGNG)和中間間隔的8~10個nucleotides所組成. 若以分析RRE方式分析CBS, 可發現CBS與RRE的序列組合有高度相似性, CBS也有兩個core element, 差別在於隔開core element的序列只有7個nucleotide.
--> Rta是否可能透過結合在類似CBS的DNA序列干擾CTCF對基因表現的調控.
-->> 注意CpG, RRE, CBS相對位置
2. 觀察在EREV8和ERKV細胞中, Rta所調控基因的蛋白及RNA表現量的改變. EBV Rta在Dox誘導表現之下, 可在3小時被偵測到; 而細胞週期調控蛋白c-Myc和CCND1在Rta表現3-6小時表現量下降; p21及14-3-3σ在6小時表現量上升; 病毒溶裂期蛋白則在12-24小時才有明顯的表現量產生.
--> Rta表現後改變許多細胞周期相關基因的表現, 而這些基因的promoter或intron上有CBS存在.
3. CTCF 可能扮演壓制EBV或KSHV不能進入lytic cycle複製的角色. 若外送質體表現較多的CTCF於細胞中, 可以發現EBV和KSHV的溶裂期蛋白表現被抑制, 細胞中的病毒DNA套數減少; 相反地, 以shRNA方式減低CTCF表現量時, 可以發現EBV和KSHV病毒的溶裂期蛋白表現, 並且細胞中的病毒DNA有增加的趨勢.
4. Rta結合於DNA上的功能對於基因的調控是重要的. 外送EBV Rta的DNA binding mutant(K156A)進入細胞中, 可以發現Rta原來調控的基因, 在K156A組別中的反應都較小.
5. EBV Rta結合到DNA上讓CTCF無法穩定地坐落於DNA上. 以ChIP assay觀察目標DNA片段, 可以看到大約在Rta表現6-12小時就可看到Rta結合在DNA上, 而CTCF的訊號則在較後面的時間點(24小時)變弱.
-->> 病毒DNA結構圖, 統計圖/趨勢圖未完成
6. EBV Rta對於基因的調控與DNA的甲基化有關. 以methylation-blocked restriction enzyme處裡細胞DNA後用PCR方式觀察DNA的甲基化情況, 可以在c-Myc和CCND1的promoter上偵測到逐漸增加的甲基化情況, 且其發生的時間點介於Rta結合於DNA和CTCF坐落在DNA訊號減低之間.
-->> 統計圖/趨勢圖未完成
7. 測試EBV Rta是否與DNMTs蛋白交互作用. 以co-IP的方式偵測其交互作用.
--> 初步結果顯示, EBV Rta可能與DNMT3a/3b有interaction, 但仍須多加證實.
-->> 未完成
Oct 2, 2013
Sep 28, 2013
2013-10-01 Journal Club
大家好，
這篇是蕃茄10/01要報告的paper，請查收，謝謝!
(Elevation of S100A4 expression in buccal mucosal fibroblasts by arecoline--involvement in the pathogenesis of oral submucous fibrosis-PLoS One 2013)
大家好，
這一篇是2號版主附贈的相關paper，請查收，謝謝!
(Identification of two distinct carcinoma-associated fibroblast subtypes with differential tumor-promoting abilities in oral squamous cell carcinoma.)
這篇是蕃茄10/01要報告的paper，請查收，謝謝!
(Elevation of S100A4 expression in buccal mucosal fibroblasts by arecoline--involvement in the pathogenesis of oral submucous fibrosis-PLoS One 2013)
大家好，
這一篇是2號版主附贈的相關paper，請查收，謝謝!
(Identification of two distinct carcinoma-associated fibroblast subtypes with differential tumor-promoting abilities in oral squamous cell carcinoma.)
Sep 18, 2013
09/18 Lab Meeting
小羊畢業口試rehearsal!
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意見彙整:
Major Comment:
1. 不要對著螢幕解釋抄來的英文內容，這是論文口試、不是即席英文翻譯。試著把英文二行以上的句子縮短微小於二行、或是直接改成中文。另外要時時看一下聽眾的反應。
2. 要打講稿，注意大約一分鐘一張slide。
3. 覺得不好講的地方要用圖表幫忙。
4. Introduction 是不是改成 口腔癌--> Gene Fusion--> FGFR3 --> TACC3 會不會比較順? (或許論文也應該這樣子編排比較好。不過別擔心，有了「Insert目錄後」，改那個很快)
5. Cell Line 名稱要做個簡單的表格、在需要的地方帶出來，因為不做這個題目的不熟這些cell line, 會不知所云。
Specific Comments (slide number 可能會差一、二號):
Slide 1 :頭頸癌的skin若發生病變應屬皮膚癌而非HNSCC. 1982到2013才上升一位，不能叫做一路攀升。應強調男性發生率及癌症死亡率即可
Slide 3 (cartoon of FGFR3 signalling pathways): 明明是五個箭頭、為什麼你卻說四個pathway?
Slides 3 & 4: tyrosine kinase domain 要指對地方。
Slide 8: 英文有錯，考慮用中文。
Slide 10: 圖扭曲得很難看. TMPRSS2 是 protease? 那保留甚麼功能區? 圖A和C不同點在哪裡?
Slide X (結果第一張) 要附 F3-T3、抗體、shRNA位點的示意圖，而不是一直對著空中指指點點。
Slide 15、Slide 19 胺基酸數目(758, 974) 與內文(760, 976)不合。
Slide 21: gDNA 圖太亮 cDNA 圖又太暗
Slide 29: Fluorescence scope 是甚麼? 請比較 RT -PCR 與 IHC; 不是比較IHC和FISH. 我們這邊F3T3都在同一條chromosome上，FISH無法告訴我們它們有無translocation.
Slide 32: Science paper上那一個圖, cytoplasma的 FGFR3 染在那裡?
以中文致謝較有誠意。
SFL note: 有比前兩次進步，再加油!!
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意見彙整:
Major Comment:
1. 不要對著螢幕解釋抄來的英文內容，這是論文口試、不是即席英文翻譯。試著把英文二行以上的句子縮短微小於二行、或是直接改成中文。另外要時時看一下聽眾的反應。
2. 要打講稿，注意大約一分鐘一張slide。
3. 覺得不好講的地方要用圖表幫忙。
4. Introduction 是不是改成 口腔癌--> Gene Fusion--> FGFR3 --> TACC3 會不會比較順? (或許論文也應該這樣子編排比較好。不過別擔心，有了「Insert目錄後」，改那個很快)
5. Cell Line 名稱要做個簡單的表格、在需要的地方帶出來，因為不做這個題目的不熟這些cell line, 會不知所云。
Specific Comments (slide number 可能會差一、二號):
Slide 1 :頭頸癌的skin若發生病變應屬皮膚癌而非HNSCC. 1982到2013才上升一位，不能叫做一路攀升。應強調男性發生率及癌症死亡率即可
Slide 3 (cartoon of FGFR3 signalling pathways): 明明是五個箭頭、為什麼你卻說四個pathway?
Slides 3 & 4: tyrosine kinase domain 要指對地方。
Slide 8: 英文有錯，考慮用中文。
Slide 10: 圖扭曲得很難看. TMPRSS2 是 protease? 那保留甚麼功能區? 圖A和C不同點在哪裡?
Slide X (結果第一張) 要附 F3-T3、抗體、shRNA位點的示意圖，而不是一直對著空中指指點點。
Slide 15、Slide 19 胺基酸數目(758, 974) 與內文(760, 976)不合。
Slide 21: gDNA 圖太亮 cDNA 圖又太暗
Slide 29: Fluorescence scope 是甚麼? 請比較 RT -PCR 與 IHC; 不是比較IHC和FISH. 我們這邊F3T3都在同一條chromosome上，FISH無法告訴我們它們有無translocation.
Slide 32: Science paper上那一個圖, cytoplasma的 FGFR3 染在那裡?
以中文致謝較有誠意。
SFL note: 有比前兩次進步，再加油!!
Sep 16, 2013
2013-09-17 Journal Club
Title: EGFR Inhibition Promotes an Aggressive Invasion Pattern Mediated by Mesenchymal-like Tumor Cells within Squamous Cell Carcinomas.
(PubMed) (Accepted MS下載)
(PubMed) (Accepted MS下載)
Sep 3, 2013
Sep 2, 2013
20130828 Lab meeting_Ingrid
(一) Lessons learned from next-generation sequencing in head and neck cancer. Head Neck. 2013 Mar;35(3):454-63.
主要是利用NGS技術分析頭頸部癌症臨床檢體，發現突變頻率比較高的基因依序為TP53、NOTCH1、HRAS、PIK3CA、CDKN2A。
(二) HPV與頭頸部癌症的關聯
1. HPV陽性感染的頭頸部癌症病人預後比較好。
2. HPV陽性感染的頭頸部癌症病人的基因突變率比陰性的還要少。
3. HPV陽性感染的頭頸部癌症的腫瘤基因表現比較近似其他種.HPV陽性感染癌症，HPV陰性感染的頭頸部癌症的腫瘤基因表現比較近似肺部鱗狀上皮細胞癌。
4. 頭頸部癌症有多種病毒感染，主要是HPV-16，其他包括HPV(18、92、10、26、53、32、6b)、Herpes virus(HSV-1)、HepB virus與polyoma virus。
Sep 1, 2013
MB Professor New Papers
Prof Blagosklonny:
CDK4/6-inhibiting drug substitutes for p21 and p16 in senescence: Duration of cell cycle arrest and MTOR activity determine geroconversion.
MEK drives cyclin D1 hyperelevation during geroconversion.
M(o)TOR of aging: MTOR as a universal molecular hypothalamus.
Rapamycin extends life- and health span because it slows aging.
Damage-induced aging and perpetual motion
Judi Campsi:
p53-dependent release of Alarmin HMGB1 is a central mediator of senescent phenotypes.
Senescence-Inflammation Switch:
A senescence-inflammatory switch from cancer-inhibitory to cancer-promoting mechanism.
CDK4/6-inhibiting drug substitutes for p21 and p16 in senescence: Duration of cell cycle arrest and MTOR activity determine geroconversion.
MEK drives cyclin D1 hyperelevation during geroconversion.
M(o)TOR of aging: MTOR as a universal molecular hypothalamus.
Rapamycin extends life- and health span because it slows aging.
Damage-induced aging and perpetual motion
Judi Campsi:
p53-dependent release of Alarmin HMGB1 is a central mediator of senescent phenotypes.
Senescence-Inflammation Switch:
A senescence-inflammatory switch from cancer-inhibitory to cancer-promoting mechanism.
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