Dec 5, 2013
Nov 19, 2013
關於 11/26 的 journal club -->12/3
大家好,我是松濤,因為我12/10學校剛好有事無法參加報告,所以我跟 janice 交換報告時間到11/26,但是11/26我臨時有事得到台南一趟,所以想將journal club的時間往後順延一個星期到12/03,而原本12/10那週則照常,若造成大家的不便還請多多包含,這是我這次要報告的paper.
http://cancerres.aacrjournals.org/content/73/2/953.long
Tau
http://cancerres.aacrjournals.org/content/73/2/953.long
Tau
Nov 6, 2013
20131112 journal club paper
Nov 4, 2013
Primary and immortal oral keratinocyte cells
從paper翻到
Rheinwald JG 有建立Primary and immoral Oral keratinocyte (OKF)
然後逛他的網頁突然發現
他們有在販售
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/cell.html
cell list如下
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/Cell%20lines%20in%20Core%20collection.pdf
也有配送國外
或許這會是另外的OSCC control 來源
原始paper&culture condition
https://www.dropbox.com/s/9hutmyzp7jk77um/OKF6-paper.pdf
Rheinwald JG 有建立Primary and immoral Oral keratinocyte (OKF)
然後逛他的網頁突然發現
他們有在販售
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/cell.html
cell list如下
http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/Cell%20lines%20in%20Core%20collection.pdf
也有配送國外
或許這會是另外的OSCC control 來源
原始paper&culture condition
https://www.dropbox.com/s/9hutmyzp7jk77um/OKF6-paper.pdf
Oct 16, 2013
Oct 8, 2013
09/25 Lab Meeting- 小嬿
Progress report
1. 比對RRE與CBS的差異. RRE的序列可能為16~18 bp, 主要由兩個core element(GNCC和GGNG)和中間間隔的8~10個nucleotides所組成. 若以分析RRE方式分析CBS, 可發現CBS與RRE的序列組合有高度相似性, CBS也有兩個core element, 差別在於隔開core element的序列只有7個nucleotide.
--> Rta是否可能透過結合在類似CBS的DNA序列干擾CTCF對基因表現的調控.
-->> 注意CpG, RRE, CBS相對位置
2. 觀察在EREV8和ERKV細胞中, Rta所調控基因的蛋白及RNA表現量的改變. EBV Rta在Dox誘導表現之下, 可在3小時被偵測到; 而細胞週期調控蛋白c-Myc和CCND1在Rta表現3-6小時表現量下降; p21及14-3-3σ在6小時表現量上升; 病毒溶裂期蛋白則在12-24小時才有明顯的表現量產生.
--> Rta表現後改變許多細胞周期相關基因的表現, 而這些基因的promoter或intron上有CBS存在.
3. CTCF 可能扮演壓制EBV或KSHV不能進入lytic cycle複製的角色. 若外送質體表現較多的CTCF於細胞中, 可以發現EBV和KSHV的溶裂期蛋白表現被抑制, 細胞中的病毒DNA套數減少; 相反地, 以shRNA方式減低CTCF表現量時, 可以發現EBV和KSHV病毒的溶裂期蛋白表現, 並且細胞中的病毒DNA有增加的趨勢.
4. Rta結合於DNA上的功能對於基因的調控是重要的. 外送EBV Rta的DNA binding mutant(K156A)進入細胞中, 可以發現Rta原來調控的基因, 在K156A組別中的反應都較小.
5. EBV Rta結合到DNA上讓CTCF無法穩定地坐落於DNA上. 以ChIP assay觀察目標DNA片段, 可以看到大約在Rta表現6-12小時就可看到Rta結合在DNA上, 而CTCF的訊號則在較後面的時間點(24小時)變弱.
-->> 病毒DNA結構圖, 統計圖/趨勢圖未完成
6. EBV Rta對於基因的調控與DNA的甲基化有關. 以methylation-blocked restriction enzyme處裡細胞DNA後用PCR方式觀察DNA的甲基化情況, 可以在c-Myc和CCND1的promoter上偵測到逐漸增加的甲基化情況, 且其發生的時間點介於Rta結合於DNA和CTCF坐落在DNA訊號減低之間.
-->> 統計圖/趨勢圖未完成
7. 測試EBV Rta是否與DNMTs蛋白交互作用. 以co-IP的方式偵測其交互作用.
--> 初步結果顯示, EBV Rta可能與DNMT3a/3b有interaction, 但仍須多加證實.
-->> 未完成
1. 比對RRE與CBS的差異. RRE的序列可能為16~18 bp, 主要由兩個core element(GNCC和GGNG)和中間間隔的8~10個nucleotides所組成. 若以分析RRE方式分析CBS, 可發現CBS與RRE的序列組合有高度相似性, CBS也有兩個core element, 差別在於隔開core element的序列只有7個nucleotide.
--> Rta是否可能透過結合在類似CBS的DNA序列干擾CTCF對基因表現的調控.
-->> 注意CpG, RRE, CBS相對位置
2. 觀察在EREV8和ERKV細胞中, Rta所調控基因的蛋白及RNA表現量的改變. EBV Rta在Dox誘導表現之下, 可在3小時被偵測到; 而細胞週期調控蛋白c-Myc和CCND1在Rta表現3-6小時表現量下降; p21及14-3-3σ在6小時表現量上升; 病毒溶裂期蛋白則在12-24小時才有明顯的表現量產生.
--> Rta表現後改變許多細胞周期相關基因的表現, 而這些基因的promoter或intron上有CBS存在.
3. CTCF 可能扮演壓制EBV或KSHV不能進入lytic cycle複製的角色. 若外送質體表現較多的CTCF於細胞中, 可以發現EBV和KSHV的溶裂期蛋白表現被抑制, 細胞中的病毒DNA套數減少; 相反地, 以shRNA方式減低CTCF表現量時, 可以發現EBV和KSHV病毒的溶裂期蛋白表現, 並且細胞中的病毒DNA有增加的趨勢.
4. Rta結合於DNA上的功能對於基因的調控是重要的. 外送EBV Rta的DNA binding mutant(K156A)進入細胞中, 可以發現Rta原來調控的基因, 在K156A組別中的反應都較小.
5. EBV Rta結合到DNA上讓CTCF無法穩定地坐落於DNA上. 以ChIP assay觀察目標DNA片段, 可以看到大約在Rta表現6-12小時就可看到Rta結合在DNA上, 而CTCF的訊號則在較後面的時間點(24小時)變弱.
-->> 病毒DNA結構圖, 統計圖/趨勢圖未完成
6. EBV Rta對於基因的調控與DNA的甲基化有關. 以methylation-blocked restriction enzyme處裡細胞DNA後用PCR方式觀察DNA的甲基化情況, 可以在c-Myc和CCND1的promoter上偵測到逐漸增加的甲基化情況, 且其發生的時間點介於Rta結合於DNA和CTCF坐落在DNA訊號減低之間.
-->> 統計圖/趨勢圖未完成
7. 測試EBV Rta是否與DNMTs蛋白交互作用. 以co-IP的方式偵測其交互作用.
--> 初步結果顯示, EBV Rta可能與DNMT3a/3b有interaction, 但仍須多加證實.
-->> 未完成
Oct 2, 2013
Subscribe to:
Posts (Atom)