20140107 Journal Club paper

Dear all:
這個是下週我想分享的PAPER，題目為 The EBV oncogene LMP1 protects lymphoma cells from cell death through the collagen-mediated activation of DDR1。
Supplemental materials在此。
最後祝大家新年快樂唷^^

CRISPR/Cas9 Plasmids

https://www.addgene.org/CRISPR/

Addgene最近在賣的一系列有趣的plasmid
(addgene的另外意思就是 不貴)

目的是辨識特定DNA序列，去切斷、造成Nick、抑制基因表現或是促進基因表現。

最早能辨識DNA序列的 是Zinc finger，後來出現TALEN，這兩個都是protein為主的數位編碼。

後來又有人發現CRISPR/Cas系統

CRISPR/Cas9本來是用在抵禦外來DNA，辨識序列、切斷。

整個原理

簡單的說 Cas9會利用guide RNA (特定序列+一個二級結構的RNA)去辨識DNA序列

再將雙股DNA切斷 (去防禦外來DNA入侵)

一開始被利用其實是拿來做transgene ES，增加DNA recombination 的效率。

這幾年陸續有人將enzyme activty移除，甚至做成fusion protein，

接上抑制性domain HP1/KABP)或是活化domain (VP64)，去專一性的抑制或表現特定基因。

跟Zinc finger跟TALEN比起來，其辨識主要是gRNA 序列而不是protein的排列順序(編碼)

所以可以利用合成oligo-nucletides insert 到gRNA expression plasmid去達成鑑別力，

整個彈性、速度跟CP值，完全大勝前兩項。


CRISPR抑制 (CRISPRi)也可以媲美RNAi，甚至更好。

我看其中一篇reference，他們做CRISPRi後去做Sequence，
發現專一性極高，也無off-target effect。(paper data都是最漂亮的! 哈)

然後合成DNA primer的價錢，也遠比RNA 便宜很多，所以CP值跟彈性都更高。


activation部分，也可以去操作特定基因﹐的表現。
可以用來證明某些未知的transcript 是來自於同一個還是獨立的。

其實在Zinc finger/TALEN的部分，
也是有人將epigentic enzyme，DNMT, PRC Complex or Tet去做fusion，
去達成特地區域的epigentic change。

CRISPR應該也可以做到。

以上資訊分享給大家囉。(就當作我journal club的報告吧!!超敷衍!! 哈)

20131224 Journal Club Paper

Hi
attached is an article presented on 20131224

cheers, Hui

2013/12/11 Lab Meeting- 小夏

A. IP結果
1. AE316: 1) KR跟DNMT3b有很強的interaction; 2) ER/gZ跟三個DNMT都有interaction。
2. AE326: KR跟DNMT3b有interaction, ER沒有; ER與KR和DNMT3a都有interaction (雖然ER大於KR, 但KR本身的量也較少, 若補回來可能差不多)。
3. IP將Focus在DNMT3a與Flag-Luc, ER, KR間的Interaction情形。

B. To screen IFNG induced-IDO1 expression
1. 各個OSCC細胞間的IDO1表現應好好的跑在一起公平比較，在AE324中無法下定論。
2. AE324: IFNG can induce IDO1 expression in OSCC cells.
3. AE342: 參考Dr.洪明秀實驗室Wenchy的實驗方法，觀察OSCC在IFNG處理之下的細胞狀況(e.g., Cell rounding, Cell arrest, Cellular senescence, Cell death).

20131210 journal club

連結是20131210 journal club的paper

好久沒用our mission了

已經忘記該怎麼弄了

如果有錯 麻煩通知我囉 !!



Janice

大家好

笨蛋珍奈爾請毛怪指導如何標籤與留文
以後請多指教

各位前輩大家好

Hello~

我是CCK lab的承祐

Dr.林說要狂野一點的小名

那大家就叫我....毛怪

我大學綽號

未來請大家多多指教

關於 11/26 的 journal club -->12/3

大家好,我是松濤,因為我12/10學校剛好有事無法參加報告,所以我跟 janice 交換報告時間到11/26,但是11/26我臨時有事得到台南一趟,所以想將journal club的時間往後順延一個星期到12/03,而原本12/10那週則照常,若造成大家的不便還請多多包含,這是我這次要報告的paper.
 http://cancerres.aacrjournals.org/content/73/2/953.long

Tau

多吃堅果類和花生可降低罹癌風險?

Lancet Oncology: Nuts and cancer: where are we now?

20131112 journal club paper

Dear all

這篇是我要在下星期二與大家分享的論文，請查收，謝謝!

會後補充：Bmi1會增加telomerase activity，是藉由增加hTERT promoter表現的調控，但是與在hTERT promoter上的c-myc binding sequences無關。 引用於這篇 與這篇 。                                   
                                                                                                        ingrid

11/06 Lab Meeting

參加【第八屆亞太表觀遺傳年會暨第二屆台北表觀遺傳及染色質研討會】
Lab Meeting 順延一次。

Primary and immortal oral keratinocyte cells

從paper翻到

Rheinwald JG 有建立Primary and immoral Oral keratinocyte (OKF)

然後逛他的網頁突然發現

他們有在販售

http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/cell.html

cell list如下

http://rheinwaldlab.bwh.harvard.edu/Cell%20lines%20in%20Core%20collection.pdf

也有配送國外

或許這會是另外的OSCC control 來源

原始paper&culture condition
https://www.dropbox.com/s/9hutmyzp7jk77um/OKF6-paper.pdf