Jul 10, 2009
想要少病長壽?請減食
前面提到Misha教授以rapamycin減緩細胞老化,在6月15日的Cell Cycle發表四篇文章說明mechanism. Science今天也有一篇長達20年在76隻恆河猴身上做的實驗,證實吃少些(30% reduction)可減緩老化、以及老化相關之疾病的產生(癌症、心血管、糖尿病).下週Nature也會有類似報導,再補上來供大家做參考。
Jun 22, 2009
每天開工前請務必確認是否有已有AB number!
來問問大家的意見→為什麼不愛取AB number?
這包括下列兩種情形:(A)有在寫實驗記錄,但累積至一定量才要去登錄;(B)只靠腦袋在記,並沒有在寫記錄。這是我們Lab必守規矩之一(正在操作中的實驗一定要有一個AB#),希望大家都能共襄盛舉!
每天不把目標確定好,就奮力地往前衝,形同沒有行程、沒有目的地的旅行,出差錯、顧此失彼、原地繞圈子的機率非常高。另外,好的遊記一定來自每分每秒的悸動與想法,要等都玩回來了才逐步去描述,許多感覺早已失真了。作為科學家,頭腦清楚,認真誠實地做記錄、寫報告是我們的本份。能把這項份內工作培養成興趣/習慣會更好。勉勵大家要盡忠職守,把實驗室LogBook當作是我們整體的成長寫真集,不要馬虎掉取AB#這個重要步驟。
這包括下列兩種情形:(A)有在寫實驗記錄,但累積至一定量才要去登錄;(B)只靠腦袋在記,並沒有在寫記錄。這是我們Lab必守規矩之一(正在操作中的實驗一定要有一個AB#),希望大家都能共襄盛舉!
每天不把目標確定好,就奮力地往前衝,形同沒有行程、沒有目的地的旅行,出差錯、顧此失彼、原地繞圈子的機率非常高。另外,好的遊記一定來自每分每秒的悸動與想法,要等都玩回來了才逐步去描述,許多感覺早已失真了。作為科學家,頭腦清楚,認真誠實地做記錄、寫報告是我們的本份。能把這項份內工作培養成興趣/習慣會更好。勉勵大家要盡忠職守,把實驗室LogBook當作是我們整體的成長寫真集,不要馬虎掉取AB#這個重要步驟。
Jun 8, 2009
DLR 更新 (from 9/30/08 Lab Meeting 心得彙整)
小嬿的私房菜:
1)ER對CMV-RL有50%抑制、對SV40-RL有66%抑制、對TK-RL有5倍活化能力,因此推薦EF1-RL為internal ctrl。
2)gZ對SV40-RL有2倍活化、對TK-RL有4~5倍活化能力。
3)KR對SV40-RL有80%抑制、對EF1-RL有異常高倍活化能力,因此推薦TK-RL或-hRL為internal ctrl。
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09/30/2008 Lab Meeting心得彙整
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下.(1) Internal control: pFA-GAL4系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,而vector control pFc-dbd當初卻沒有clone進去這段活性,所以最後選擇以值最高的pEF1-RL為internal control(約一萬)來蓋過KRTA/TA的basal level.(2)pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control.(3)以後操作DLR的SOP:第一步,找出哪個internal control不會被你的activator影響,這個數值代表的是你的每個well間transfection,passive lysis,到DLR assay這些步驟的一致性.當這個值高高低低(加減10%以上)的時候代表若非技術還待磨鍊,就是其它東西會影響這個internal control的表現量或活性,而這時候去思考firefly/renilla是...愚蠢的.第二步,activator/repressor對responsive elements常有bi-phasic mode,就是量在一個區域內是線性上升,可是在另一個高一點的區域內又會成線性壓抑(好像小富翁與大富翁對照快樂係數的比例,個人覺的一億台幣是那個分界點...ㄟ怎麼會談到這個?)所以像這次Maruko和YCK做的不同比例測試的前置實驗是需要的.
Maruko:全長KR之DLR以TK-RL或TK-hRL作為internal control均可(ps.SV40-RL會被KR抑制80%活性,而EF1-RL似乎被瘋狂活化);IP進行中;latency disruption籌劃中.
小嬿:(1)之前結果顯示EBV Z對SV40 promoter會有二倍活化,對TK-RL(or)TK-hRL有4~5倍活化.(2)以SV40-RL為internal control下,證實gZ,cZ可活化BHLF1-Luc,tZ is non-functional.(3)以electroporation方法證實gZ,cZ可活化p3HR1中EAD,但是endogenous Z好像沒出來(a梗?). (4)293Tet_gZ(3 clones), 293Tet_cZ(2 clones), and 293Tet_tZ持續放大篩選中.(5)下星期被吩咐要報RNA pol II pausing的paper所以(實驗進度就免了).建議實驗:(1)EBV Rta與Zta的transient-transfection實驗,仿小丸子和YCK上週做的2:1, 1:1, 1:5, 1:11條件,看看EBV Rta與Zta對其direct-binding promoter之behaviour是否相似?(2)P3HR1那一組blots,雖亂,考慮檢查endogenous Rta是否有被叫出?(用NTU ascites那一管)
Ingrid:Protein purification進行中;DLR western blot analysis 進行中;pFA-GAL4活性測試條件決定,其中366AA絲毫不差地repeat了PWW結果,366EE亦上升,暗示OGlcNAc修飾會壓低TA活性.另外,全長,各clone表現量與latency disruption等實驗則待測.
CCL:是不是induction當天泡個15~25-ml含Dox的medium,然後以換medium方式加Dox在細胞中.EREV8是293系列細胞,所以passage時每一步都要考慮淋上細胞的液體會不會太冷,讓細胞漂起來.
小蓮: Per has been discussed last Fri, cut down the transfection reagent to the lowest amount, replace cultures with fresh medium 24 h after transfection, and try L2k.
1)ER對CMV-RL有50%抑制、對SV40-RL有66%抑制、對TK-RL有5倍活化能力,因此推薦EF1-RL為internal ctrl。
2)gZ對SV40-RL有2倍活化、對TK-RL有4~5倍活化能力。
3)KR對SV40-RL有80%抑制、對EF1-RL有異常高倍活化能力,因此推薦TK-RL或-hRL為internal ctrl。
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09/30/2008 Lab Meeting心得彙整
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下.(1) Internal control: pFA-GAL4系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,而vector control pFc-dbd當初卻沒有clone進去這段活性,所以最後選擇以值最高的pEF1-RL為internal control(約一萬)來蓋過KRTA/TA的basal level.(2)pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control.(3)以後操作DLR的SOP:第一步,找出哪個internal control不會被你的activator影響,這個數值代表的是你的每個well間transfection,passive lysis,到DLR assay這些步驟的一致性.當這個值高高低低(加減10%以上)的時候代表若非技術還待磨鍊,就是其它東西會影響這個internal control的表現量或活性,而這時候去思考firefly/renilla是...愚蠢的.第二步,activator/repressor對responsive elements常有bi-phasic mode,就是量在一個區域內是線性上升,可是在另一個高一點的區域內又會成線性壓抑(好像小富翁與大富翁對照快樂係數的比例,個人覺的一億台幣是那個分界點...ㄟ怎麼會談到這個?)所以像這次Maruko和YCK做的不同比例測試的前置實驗是需要的.
Maruko:全長KR之DLR以TK-RL或TK-hRL作為internal control均可(ps.SV40-RL會被KR抑制80%活性,而EF1-RL似乎被瘋狂活化);IP進行中;latency disruption籌劃中.
小嬿:(1)之前結果顯示EBV Z對SV40 promoter會有二倍活化,對TK-RL(or)TK-hRL有4~5倍活化.(2)以SV40-RL為internal control下,證實gZ,cZ可活化BHLF1-Luc,tZ is non-functional.(3)以electroporation方法證實gZ,cZ可活化p3HR1中EAD,但是endogenous Z好像沒出來(a梗?). (4)293Tet_gZ(3 clones), 293Tet_cZ(2 clones), and 293Tet_tZ持續放大篩選中.(5)下星期被吩咐要報RNA pol II pausing的paper所以(實驗進度就免了).建議實驗:(1)EBV Rta與Zta的transient-transfection實驗,仿小丸子和YCK上週做的2:1, 1:1, 1:5, 1:11條件,看看EBV Rta與Zta對其direct-binding promoter之behaviour是否相似?(2)P3HR1那一組blots,雖亂,考慮檢查endogenous Rta是否有被叫出?(用NTU ascites那一管)
Ingrid:Protein purification進行中;DLR western blot analysis 進行中;pFA-GAL4活性測試條件決定,其中366AA絲毫不差地repeat了PWW結果,366EE亦上升,暗示OGlcNAc修飾會壓低TA活性.另外,全長,各clone表現量與latency disruption等實驗則待測.
CCL:是不是induction當天泡個15~25-ml含Dox的medium,然後以換medium方式加Dox在細胞中.EREV8是293系列細胞,所以passage時每一步都要考慮淋上細胞的液體會不會太冷,讓細胞漂起來.
小蓮: Per has been discussed last Fri, cut down the transfection reagent to the lowest amount, replace cultures with fresh medium 24 h after transfection, and try L2k.
May 22, 2009
May 18, 2009
Apr 23, 2009
實驗室工作分配 (定稿)
小丸子:OrionL、PCR儀器前公用區域、細胞間、咨詢。
Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。
小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。
小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。
以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。
各區域負責人有任何"規矩"希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Ingrid:管帳、庫存採買、CO2/LqN2、化安、團購、同事間感情維繫。
小蓮:生安、lightbox前公用區域、協助管帳及庫存採買。
小嬿:藥品間、protein bench、new idea引進、發問。
以上分配是可以喬的,若覺得太多或沒有分配到你的天生強項,請務必留言告知。買東西方面還是跟往常一樣,多問、多想。購買時的登錄、貨到達時的簽收、datasheet歸檔等好習慣,大家要繼續保持。
各區域負責人有任何"規矩"希望大家遵守的,請隨時提出來,謝謝。
Apr 22, 2009
公共區域請力求整齊清潔
知道大家都很忙,但是可不可以每天回家前再擠個五分鐘出來,把公共區域你的東西清理一下?一走入我們家一眼望去,水槽旁邊總是滿滿的、有塑膠袋、沾著乾掉牛奶的剪刀、鑷子、碎紙屑、算都算不清的大小量筒、鐵架、文具—還好還沒有臭味。然後幾乎四條bench的公用區域（不清楚自己bench上哪裡屬於公用區的請舉手）也是堆得滿滿的:shaker上有blots、儀器旁邊充著和儀器沒有相關的物品、一堆堆黑漆嗎烏的片子這裡放那裡擺, TC room、電話前的桌面就更慘了﹍
總之呢,自己的書桌、自己的bench你要怎麼處置都可以,但是屬於公用書桌（就是放了電腦/印表機的那一半）、公用bench、公用區域要盡你所能保持整潔,讓他人在使用時是處於最佳狀態(有沒有想過別人沒有辦法像你這麼容易就找到這本資料,會是多麼沮喪?所以用畢記得放回原處,謝謝)。這其實也是一種修行,所得福德很大喔!
小結:依據senescence理論, hyperplasia是老化現象,東西變多使得有你東西的地方變多變大應該不是好現象,但願大家常保年輕慢慢老化...
總之呢,自己的書桌、自己的bench你要怎麼處置都可以,但是屬於公用書桌（就是放了電腦/印表機的那一半）、公用bench、公用區域要盡你所能保持整潔,讓他人在使用時是處於最佳狀態(有沒有想過別人沒有辦法像你這麼容易就找到這本資料,會是多麼沮喪?所以用畢記得放回原處,謝謝)。這其實也是一種修行,所得福德很大喔!
小結:依據senescence理論, hyperplasia是老化現象,東西變多使得有你東西的地方變多變大應該不是好現象,但願大家常保年輕慢慢老化...
Apr 2, 2009
Ubiquitination/Ubiquitylation
Mar 30, 2009
Mar 25, 2009
請大家幫忙
為了4/10~11的review大會中本實驗室之成果簡報,能否請各提供一張以helvetica標示的power-point slide至nas上, respectively regarding:
小蓮:ERKV and E-RTA day 1,2,3,4 (both cell number count and wst-1)
小丸子: flow-cytometry analysis of latency disruption in 293(Tet)/rKSHV by K-RTA WT and phosphorylation mutants.
小嬿:EREV8 day 1,2,3,4,6,8 (cell number and wst-1)
ingrid則請提供上上次lab meeting的power-point即可。
謝謝大家!
小蓮:ERKV and E-RTA day 1,2,3,4 (both cell number count and wst-1)
小丸子: flow-cytometry analysis of latency disruption in 293(Tet)/rKSHV by K-RTA WT and phosphorylation mutants.
小嬿:EREV8 day 1,2,3,4,6,8 (cell number and wst-1)
ingrid則請提供上上次lab meeting的power-point即可。
謝謝大家!
貨
是叫做這個名字嗎?
金田一耕助系列1-犬神家一族
犬神家的悲劇……開始於一封遺產分配極度不公平的遺書。而這件連續兇殺案的死者，都跟傳家寶——斧、琴、菊有關。在事件背後活躍的蒙面男、謎樣的軍人以及留下詛咒消失的女人……一連串令人匪夷所思的可怕真相，將由金田一耕助揭曉！
2004秋季SP《金田一耕助系列2 - 八墓村》
戰國時代，有八位武士帶著三千兩黃金來到一個破落村莊，卻慘遭利欲薰心的村民們殺害，許多怪異事件因而接連發生，人們便稱這個村莊為“八墓村”。曾帶領村民攻擊八位武士的田治見莊左衛門，他的子孫——要藏在大正某年瘋狂地殘殺三十二個村民後，行蹤成謎。二十幾年後，“八墓村”仿佛被下了魔咒一般，再度演出驚悚殺人事件。要藏的石棺裏埋藏了傳說中三千兩黃金的證據——三枚金幣，這三枚金幣卻讓他的兒子辰彌陷入惡魔的詛咒之中——八墓神即將追索他的犧牲者……八墓村村民漏夜追殺辰彌，震天的殺聲將辰彌逼入萬劫不復的鬼火潭中。究竟辰彌能否逃過這次劫難？暗藏幕後的真兇是何人？三千兩黃金到底只是傳說或真有其事？
2006冬季SP《金田一耕助系列3 - 女王蜂》
2007冬季SP《金田一耕助系列4 - 惡魔吹著笛子來》
可是我怎麼沒找到Suzuki Ichiro(是這樣拼的嗎?)?
金田一耕助系列1-犬神家一族
犬神家的悲劇……開始於一封遺產分配極度不公平的遺書。而這件連續兇殺案的死者，都跟傳家寶——斧、琴、菊有關。在事件背後活躍的蒙面男、謎樣的軍人以及留下詛咒消失的女人……一連串令人匪夷所思的可怕真相，將由金田一耕助揭曉！
2004秋季SP《金田一耕助系列2 - 八墓村》
戰國時代，有八位武士帶著三千兩黃金來到一個破落村莊，卻慘遭利欲薰心的村民們殺害，許多怪異事件因而接連發生，人們便稱這個村莊為“八墓村”。曾帶領村民攻擊八位武士的田治見莊左衛門，他的子孫——要藏在大正某年瘋狂地殘殺三十二個村民後，行蹤成謎。二十幾年後，“八墓村”仿佛被下了魔咒一般，再度演出驚悚殺人事件。要藏的石棺裏埋藏了傳說中三千兩黃金的證據——三枚金幣，這三枚金幣卻讓他的兒子辰彌陷入惡魔的詛咒之中——八墓神即將追索他的犧牲者……八墓村村民漏夜追殺辰彌，震天的殺聲將辰彌逼入萬劫不復的鬼火潭中。究竟辰彌能否逃過這次劫難？暗藏幕後的真兇是何人？三千兩黃金到底只是傳說或真有其事？
2006冬季SP《金田一耕助系列3 - 女王蜂》
2007冬季SP《金田一耕助系列4 - 惡魔吹著笛子來》
可是我怎麼沒找到Suzuki Ichiro(是這樣拼的嗎?)?
我的dream counter
Beckman Coulter細胞計數分析儀Z2系列廣泛用於細胞與血球計數實驗室，
而Multisizer 3分析範圍更為廣泛且可以電腦做完整控制與訊號處理的系統;
生藥組上次領我們去走山路的那個老師家有台Multisizer 2 (MS2),
誰去探探看他們用得如何?
而Multisizer 3分析範圍更為廣泛且可以電腦做完整控制與訊號處理的系統;
生藥組上次領我們去走山路的那個老師家有台Multisizer 2 (MS2),
誰去探探看他們用得如何?
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