Aug 28, 2009
所謂的p-Value...
我們一般用的是Student's test. Wiki的介紹在這裡.
用途是在檢定兩組數據間相同的可能性,機率(p)小於o.o5表示這兩組其實是有差別的。 對想看差異性的人、p越小越有意思。
檢定的方式有三種:
(1)若兩組數據sample數相同, 則用成偶檢定 (paired t-test).
(2)若兩組數據sample數不同,但變異數相同,則做一般檢定 (t-test).(例如都是針對有無KR,實驗組有8個檢體,而對照組卻只做了5個). 在excel中,paired t-test參數是1, t-test參數是2. 因為2的條件較寬鬆,所以通常2做出來的p值較小(=相同的可能性較低=很合理嘛,因為兩組連sample數目都不同).
(3)若兩組數據sample數及變異數都不相同,則將參數設為3來作檢定.用今天最夯的話題來作比喻:有兩組人分別位於一條海峽的兩邊,同樣是用excel中TTEST做雙尾,3的測試.如果我們檢定兩組人對黃金的喜好, p值會接近1,看不出這兩組人有什麼分別;但是如果對達賴喇嘛四個字當議題做檢定,那p值會立刻變小,兩組人的差異會顯現出來.
總之,我們的實驗多是在相同條件下操作,應視為變異數相同,所以平常用1或2即可.生統學家則相反,因為他們的sample數目及屬性均超越時空,因此要選3才能見端倪.
用途是在檢定兩組數據間相同的可能性,機率(p)小於o.o5表示這兩組其實是有差別的。 對想看差異性的人、p越小越有意思。
檢定的方式有三種:
(1)若兩組數據sample數相同, 則用成偶檢定 (paired t-test).
(2)若兩組數據sample數不同,但變異數相同,則做一般檢定 (t-test).(例如都是針對有無KR,實驗組有8個檢體,而對照組卻只做了5個). 在excel中,paired t-test參數是1, t-test參數是2. 因為2的條件較寬鬆,所以通常2做出來的p值較小(=相同的可能性較低=很合理嘛,因為兩組連sample數目都不同).
(3)若兩組數據sample數及變異數都不相同,則將參數設為3來作檢定.用今天最夯的話題來作比喻:有兩組人分別位於一條海峽的兩邊,同樣是用excel中TTEST做雙尾,3的測試.如果我們檢定兩組人對黃金的喜好, p值會接近1,看不出這兩組人有什麼分別;但是如果對達賴喇嘛四個字當議題做檢定,那p值會立刻變小,兩組人的差異會顯現出來.
總之,我們的實驗多是在相同條件下操作,應視為變異數相同,所以平常用1或2即可.生統學家則相反,因為他們的sample數目及屬性均超越時空,因此要選3才能見端倪.
Aug 21, 2009
清理完冰箱後...
首先要謝謝大家的通力合作,希望丟掉/收納一些東西後,大家的手氣會更順!
下週我會把新的list一一印出來,例如protein marker/DNA marker現在都只留一兩根在門上,其餘都已放進新的盒子中.在這段過度時間中,若有東西找不到,請不吝在版上留言.有任何建議或不暸解處,也請提出來討論.另外每天最後離開的人,請幫忙確定一下兩個-20是否都已上鎖!謝謝.
下週我會把新的list一一印出來,例如protein marker/DNA marker現在都只留一兩根在門上,其餘都已放進新的盒子中.在這段過度時間中,若有東西找不到,請不吝在版上留言.有任何建議或不暸解處,也請提出來討論.另外每天最後離開的人,請幫忙確定一下兩個-20是否都已上鎖!謝謝.
Aug 15, 2009
0815新聞
這個基因好帥~(新聞在此~請按我)
基因突變 3%人只需日睡6小時
〔編譯張沛元／綜合報導〕美國科學家發現一種突變基因，使人每天晚上只需要睡6小時，依然能獲得充分休息並維持身體健康。不過，僅有3%的人類身上帶有這種突變基因，意味大多數人還是需要睡至少6小時以上。此一發現14日刊載於「科學」期刊。
日夜節律是掌管人類睡眠、飢餓與活動的一種生化循環。研究日夜節律的加州大學專家，發現一對母女每晚睡眠時間都不超過6.5小時；若晚上10點睡覺，69歲的母親隔天清晨4點起床，44歲的女兒則是4點半起床。
DEC2基因突變 不需睡滿8.5小時
驗血發現，這對母女掌管細胞製造與日夜節律的DEC2基因出現突變，似乎導致她們不需要像大多數人一樣，必須睡滿8.5小時才能獲得充分休息。
研究負責人、加州大學舊金山分校的神經學教授傅英惠（譯音）說，這名母親目前年逾70，經常出國旅行，每週有3到4個晚上會去跳舞。
傅英惠團隊研判，帶有這種突變基因者的睡眠比較深沉，所以不需睡太多。傅英惠估計，全人類中可能僅3%帶有這種突變基因，因此大多數睡眠時間少於8小時的人，形同累積對身體健康不利的因子；她正在研究是否能利用藥物來複製這種突變基因的效果，但該研究目前僅處於初步階段。
基因突變 3%人只需日睡6小時
〔編譯張沛元／綜合報導〕美國科學家發現一種突變基因，使人每天晚上只需要睡6小時，依然能獲得充分休息並維持身體健康。不過，僅有3%的人類身上帶有這種突變基因，意味大多數人還是需要睡至少6小時以上。此一發現14日刊載於「科學」期刊。
日夜節律是掌管人類睡眠、飢餓與活動的一種生化循環。研究日夜節律的加州大學專家，發現一對母女每晚睡眠時間都不超過6.5小時；若晚上10點睡覺，69歲的母親隔天清晨4點起床，44歲的女兒則是4點半起床。
DEC2基因突變 不需睡滿8.5小時
驗血發現，這對母女掌管細胞製造與日夜節律的DEC2基因出現突變，似乎導致她們不需要像大多數人一樣，必須睡滿8.5小時才能獲得充分休息。
研究負責人、加州大學舊金山分校的神經學教授傅英惠（譯音）說，這名母親目前年逾70，經常出國旅行，每週有3到4個晚上會去跳舞。
傅英惠團隊研判，帶有這種突變基因者的睡眠比較深沉，所以不需睡太多。傅英惠估計，全人類中可能僅3%帶有這種突變基因，因此大多數睡眠時間少於8小時的人，形同累積對身體健康不利的因子；她正在研究是否能利用藥物來複製這種突變基因的效果，但該研究目前僅處於初步階段。
Aug 9, 2009
Aug 7, 2009
KSHV-2009 Annual Meeting
2009/08/07_KSHV 2009
我們以後出國參加會議,尤其是歐美地區,所有步驟都要提早.才不會像這次一樣,慌慌張張地,處處都驚覺怎麼老是晚別人一部搶到好康的..目前SOP暫擬如下,請大家看看可行嗎?
1)abstract在deadline前一週寫好,24~72小時前寄出.
2)abstract deadline開始十天內是用來報名,詢問機票,旅館,籌劃旅程用的.
3)出發日前六週填寫電子表單,以利行前取得補助款項 (ps.先付的註冊費用,應由老闆代墊).
4)出發日前兩週完成Poster及Oral講稿,前一週完成rehersal（莫大的榮耀啊,恭喜小丸子...）
5)出發日前三天:睡飽、寫完實驗記錄、培養輕鬆愉悅心情、期待學習之旅!
08/05/09 SFL wrote:
旅館search result : 連結於此 (有眉目了呦,這次一定要把握, 大會秘書Leslie回信告知group rate確定已用完). 小丸子、Natsumi san我們今天來填電子表單怎麼樣?（十點左右我會下去先把旅館訂了,接著就來填表!）
(ps有試著找尋下半年度在日本或香港適合各位的會議,結果=0 (殘念).
7/19/09 SFL wrote:
將於九月十三~十六日在美國Charleston, South Carolina舉行.官方網站在這裡. 小嬿及小丸子可考慮競爭這個fellowship(註冊費475美金可waive掉). Due date for abstract submission is June-14.
KSHV 2009
我們以後出國參加會議,尤其是歐美地區,所有步驟都要提早.才不會像這次一樣,慌慌張張地,處處都驚覺怎麼老是晚別人一部搶到好康的..目前SOP暫擬如下,請大家看看可行嗎?
1)abstract在deadline前一週寫好,24~72小時前寄出.
2)abstract deadline開始十天內是用來報名,詢問機票,旅館,籌劃旅程用的.
3)出發日前六週填寫電子表單,以利行前取得補助款項 (ps.先付的註冊費用,應由老闆代墊).
4)出發日前兩週完成Poster及Oral講稿,前一週完成rehersal（莫大的榮耀啊,恭喜小丸子...）
5)出發日前三天:睡飽、寫完實驗記錄、培養輕鬆愉悅心情、期待學習之旅!
08/05/09 SFL wrote:
旅館search result : 連結於此 (有眉目了呦,這次一定要把握, 大會秘書Leslie回信告知group rate確定已用完). 小丸子、Natsumi san我們今天來填電子表單怎麼樣?（十點左右我會下去先把旅館訂了,接著就來填表!）
(ps有試著找尋下半年度在日本或香港適合各位的會議,結果=0 (殘念).
7/19/09 SFL wrote:
將於九月十三~十六日在美國Charleston, South Carolina舉行.官方網站在這裡. 小嬿及小丸子可考慮競爭這個fellowship(註冊費475美金可waive掉). Due date for abstract submission is June-14.
1)abstract在deadline前一週寫好,24~72小時前寄出.
2)abstract deadline開始十天內是用來報名,詢問機票,旅館,籌劃旅程用的.
3)出發日前六週填寫電子表單,以利行前取得補助款項 (ps.先付的註冊費用,應由老闆代墊).
4)出發日前兩週完成Poster及Oral講稿,前一週完成rehersal（莫大的榮耀啊,恭喜小丸子...）
5)出發日前三天:睡飽、寫完實驗記錄、培養輕鬆愉悅心情、期待學習之旅!
08/05/09 SFL wrote:
旅館search result : 連結於此 (有眉目了呦,這次一定要把握, 大會秘書Leslie回信告知group rate確定已用完). 小丸子、Natsumi san我們今天來填電子表單怎麼樣?（十點左右我會下去先把旅館訂了,接著就來填表!）
(ps有試著找尋下半年度在日本或香港適合各位的會議,結果=0 (殘念).
7/19/09 SFL wrote:
將於九月十三~十六日在美國Charleston, South Carolina舉行.官方網站在這裡. 小嬿及小丸子可考慮競爭這個fellowship(註冊費475美金可waive掉). Due date for abstract submission is June-14.
Aug 5, 2009
Maxi-Prep Log
應是去年10月就該PO的-大力感謝小丸子及小嬿 ! (謝對人了嗎?)
10/23/2008: (1)pEF1-RL, (2)pLenti-Flag-ERTA, (3)phRL-TK, (4) S634A/S636A
10/29/2008: (1)pRp#5, (2) pLenti-Flag-KRTA
11/21/2008: (1)pGL3-KRtapl, (2) pLenti4-Flag-CPO
BHLF1-Luc (waiting..)
10/23/2008: (1)pEF1-RL, (2)pLenti-Flag-ERTA, (3)phRL-TK, (4) S634A/S636A
10/29/2008: (1)pRp#5, (2) pLenti-Flag-KRTA
11/21/2008: (1)pGL3-KRtapl, (2) pLenti4-Flag-CPO
BHLF1-Luc (waiting..)
Jul 10, 2009
想要少病長壽?請減食
Jun 22, 2009
每天開工前請務必確認是否有已有AB number!
來問問大家的意見→為什麼不愛取AB number?
這包括下列兩種情形:(A)有在寫實驗記錄,但累積至一定量才要去登錄;(B)只靠腦袋在記,並沒有在寫記錄。這是我們Lab必守規矩之一(正在操作中的實驗一定要有一個AB#),希望大家都能共襄盛舉!
每天不把目標確定好,就奮力地往前衝,形同沒有行程、沒有目的地的旅行,出差錯、顧此失彼、原地繞圈子的機率非常高。另外,好的遊記一定來自每分每秒的悸動與想法,要等都玩回來了才逐步去描述,許多感覺早已失真了。作為科學家,頭腦清楚,認真誠實地做記錄、寫報告是我們的本份。能把這項份內工作培養成興趣/習慣會更好。勉勵大家要盡忠職守,把實驗室LogBook當作是我們整體的成長寫真集,不要馬虎掉取AB#這個重要步驟。
這包括下列兩種情形:(A)有在寫實驗記錄,但累積至一定量才要去登錄;(B)只靠腦袋在記,並沒有在寫記錄。這是我們Lab必守規矩之一(正在操作中的實驗一定要有一個AB#),希望大家都能共襄盛舉!
每天不把目標確定好,就奮力地往前衝,形同沒有行程、沒有目的地的旅行,出差錯、顧此失彼、原地繞圈子的機率非常高。另外,好的遊記一定來自每分每秒的悸動與想法,要等都玩回來了才逐步去描述,許多感覺早已失真了。作為科學家,頭腦清楚,認真誠實地做記錄、寫報告是我們的本份。能把這項份內工作培養成興趣/習慣會更好。勉勵大家要盡忠職守,把實驗室LogBook當作是我們整體的成長寫真集,不要馬虎掉取AB#這個重要步驟。
Jun 8, 2009
DLR 更新 (from 9/30/08 Lab Meeting 心得彙整)
小嬿的私房菜:
1)ER對CMV-RL有50%抑制、對SV40-RL有66%抑制、對TK-RL有5倍活化能力,因此推薦EF1-RL為internal ctrl。
2)gZ對SV40-RL有2倍活化、對TK-RL有4~5倍活化能力。
3)KR對SV40-RL有80%抑制、對EF1-RL有異常高倍活化能力,因此推薦TK-RL或-hRL為internal ctrl。
--------------------------------------
09/30/2008 Lab Meeting心得彙整
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下.(1) Internal control: pFA-GAL4系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,而vector control pFc-dbd當初卻沒有clone進去這段活性,所以最後選擇以值最高的pEF1-RL為internal control(約一萬)來蓋過KRTA/TA的basal level.(2)pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control.(3)以後操作DLR的SOP:第一步,找出哪個internal control不會被你的activator影響,這個數值代表的是你的每個well間transfection,passive lysis,到DLR assay這些步驟的一致性.當這個值高高低低(加減10%以上)的時候代表若非技術還待磨鍊,就是其它東西會影響這個internal control的表現量或活性,而這時候去思考firefly/renilla是...愚蠢的.第二步,activator/repressor對responsive elements常有bi-phasic mode,就是量在一個區域內是線性上升,可是在另一個高一點的區域內又會成線性壓抑(好像小富翁與大富翁對照快樂係數的比例,個人覺的一億台幣是那個分界點...ㄟ怎麼會談到這個?)所以像這次Maruko和YCK做的不同比例測試的前置實驗是需要的.
Maruko:全長KR之DLR以TK-RL或TK-hRL作為internal control均可(ps.SV40-RL會被KR抑制80%活性,而EF1-RL似乎被瘋狂活化);IP進行中;latency disruption籌劃中.
小嬿:(1)之前結果顯示EBV Z對SV40 promoter會有二倍活化,對TK-RL(or)TK-hRL有4~5倍活化.(2)以SV40-RL為internal control下,證實gZ,cZ可活化BHLF1-Luc,tZ is non-functional.(3)以electroporation方法證實gZ,cZ可活化p3HR1中EAD,但是endogenous Z好像沒出來(a梗?). (4)293Tet_gZ(3 clones), 293Tet_cZ(2 clones), and 293Tet_tZ持續放大篩選中.(5)下星期被吩咐要報RNA pol II pausing的paper所以(實驗進度就免了).建議實驗:(1)EBV Rta與Zta的transient-transfection實驗,仿小丸子和YCK上週做的2:1, 1:1, 1:5, 1:11條件,看看EBV Rta與Zta對其direct-binding promoter之behaviour是否相似?(2)P3HR1那一組blots,雖亂,考慮檢查endogenous Rta是否有被叫出?(用NTU ascites那一管)
Ingrid:Protein purification進行中;DLR western blot analysis 進行中;pFA-GAL4活性測試條件決定,其中366AA絲毫不差地repeat了PWW結果,366EE亦上升,暗示OGlcNAc修飾會壓低TA活性.另外,全長,各clone表現量與latency disruption等實驗則待測.
CCL:是不是induction當天泡個15~25-ml含Dox的medium,然後以換medium方式加Dox在細胞中.EREV8是293系列細胞,所以passage時每一步都要考慮淋上細胞的液體會不會太冷,讓細胞漂起來.
小蓮: Per has been discussed last Fri, cut down the transfection reagent to the lowest amount, replace cultures with fresh medium 24 h after transfection, and try L2k.
1)ER對CMV-RL有50%抑制、對SV40-RL有66%抑制、對TK-RL有5倍活化能力,因此推薦EF1-RL為internal ctrl。
2)gZ對SV40-RL有2倍活化、對TK-RL有4~5倍活化能力。
3)KR對SV40-RL有80%抑制、對EF1-RL有異常高倍活化能力,因此推薦TK-RL或-hRL為internal ctrl。
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09/30/2008 Lab Meeting心得彙整
Dual Luciferase assay: 所以,測試結果簡述如下.(1) Internal control: pFA-GAL4系列因KRTA/TA在40ng/well/24-well plate含有約1K~2K的內生性renilla luciferase活性,而vector control pFc-dbd當初卻沒有clone進去這段活性,所以最後選擇以值最高的pEF1-RL為internal control(約一萬)來蓋過KRTA/TA的basal level.(2)pLenti-Flag系列因pEF1-RL在不同activator:reporter比例被活化的程度不一, 所以選擇以variaion較少的pTK-RL或pTK-hRL為internal control.(3)以後操作DLR的SOP:第一步,找出哪個internal control不會被你的activator影響,這個數值代表的是你的每個well間transfection,passive lysis,到DLR assay這些步驟的一致性.當這個值高高低低(加減10%以上)的時候代表若非技術還待磨鍊,就是其它東西會影響這個internal control的表現量或活性,而這時候去思考firefly/renilla是...愚蠢的.第二步,activator/repressor對responsive elements常有bi-phasic mode,就是量在一個區域內是線性上升,可是在另一個高一點的區域內又會成線性壓抑(好像小富翁與大富翁對照快樂係數的比例,個人覺的一億台幣是那個分界點...ㄟ怎麼會談到這個?)所以像這次Maruko和YCK做的不同比例測試的前置實驗是需要的.
Maruko:全長KR之DLR以TK-RL或TK-hRL作為internal control均可(ps.SV40-RL會被KR抑制80%活性,而EF1-RL似乎被瘋狂活化);IP進行中;latency disruption籌劃中.
小嬿:(1)之前結果顯示EBV Z對SV40 promoter會有二倍活化,對TK-RL(or)TK-hRL有4~5倍活化.(2)以SV40-RL為internal control下,證實gZ,cZ可活化BHLF1-Luc,tZ is non-functional.(3)以electroporation方法證實gZ,cZ可活化p3HR1中EAD,但是endogenous Z好像沒出來(a梗?). (4)293Tet_gZ(3 clones), 293Tet_cZ(2 clones), and 293Tet_tZ持續放大篩選中.(5)下星期被吩咐要報RNA pol II pausing的paper所以(實驗進度就免了).建議實驗:(1)EBV Rta與Zta的transient-transfection實驗,仿小丸子和YCK上週做的2:1, 1:1, 1:5, 1:11條件,看看EBV Rta與Zta對其direct-binding promoter之behaviour是否相似?(2)P3HR1那一組blots,雖亂,考慮檢查endogenous Rta是否有被叫出?(用NTU ascites那一管)
Ingrid:Protein purification進行中;DLR western blot analysis 進行中;pFA-GAL4活性測試條件決定,其中366AA絲毫不差地repeat了PWW結果,366EE亦上升,暗示OGlcNAc修飾會壓低TA活性.另外,全長,各clone表現量與latency disruption等實驗則待測.
CCL:是不是induction當天泡個15~25-ml含Dox的medium,然後以換medium方式加Dox在細胞中.EREV8是293系列細胞,所以passage時每一步都要考慮淋上細胞的液體會不會太冷,讓細胞漂起來.
小蓮: Per has been discussed last Fri, cut down the transfection reagent to the lowest amount, replace cultures with fresh medium 24 h after transfection, and try L2k.
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