發現幾個好site:
1. Invitrogen/ABI.(Click). + NCBI PrimerBlast. (Click)
2. OriGene. (Click)
簡單介紹步驟如下:
1.在NCBI找出gene symbol (e.g. beta actin AND homo應該查到ACTB).
2.到ABI TaqMan gene expression assays 輸入欲查之gene symbol及 limit物種在homo sapiens.
3.Assay search的結果會給你數個result.其中“inventoried"是優先考慮的assay.
4.在任何一個考慮的assay中以新視窗打開"Alignment Map", 其中星號部分即是inventoried assay.右上方有NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再以新視窗打開它.然後會出現此assay的詳細資料.讀完後記住assay location 位點,並且找到下方NM_xxxyyxxx Refseq號碼,再次以新視窗打開它,以連到NCBI site.
5.在NCBI網頁上每一筆NM_xxxyyxxx都可自動做Primer3的引子設計工作(on the right "Pick Primers)
6.以assay location位點為中心,左右各減/加100,放入Forward 及 Reverse中.
7.輸入其它條件 and get your primers.
Jun 11, 2010
Jun 1, 2010
-80度冰箱沒辦法長久保存細胞株
為了釐清-80度冰箱是否可以長久保存細胞株
分別解凍
1. 2007/11 293TREx_Flag_KRTA pool
2. 2008/02 HEK293(p5)
3. 2008/03 HONE-1
4. 2008/05 293FT/rKSHV.219(p8)
5. 2008/08 NP460TetR pool
隔天觀察
發現貼附的細胞極少
所以儲存2-3年以上的細胞株解凍效率極差
今天會將上列5株細胞丟棄
呼籲大家
重要的細胞株還是要留1-2管在液態氮儲存
以免滅種
分別解凍
1. 2007/11 293TREx_Flag_KRTA pool
2. 2008/02 HEK293(p5)
3. 2008/03 HONE-1
4. 2008/05 293FT/rKSHV.219(p8)
5. 2008/08 NP460TetR pool
隔天觀察
發現貼附的細胞極少
所以儲存2-3年以上的細胞株解凍效率極差
今天會將上列5株細胞丟棄
呼籲大家
重要的細胞株還是要留1-2管在液態氮儲存
以免滅種
May 13, 2010
垃圾分類-by小夏
以後實驗室垃圾分四類:
1. C-0504 (廢尖銳器具、針頭) 非感染性的尖銳物質，要裝在盒子給阿姨處理(我們一定要裝好不要讓阿姨有受傷疑慮)
2. C-0505 (受污染動物屍體、殘肢及墊料) 我們實驗室不會有所以不討論。
3. C-0507 (口罩、手套、拋棄式實驗衣等) 一般實驗室的垃圾，手套、Tip…… 自己知道沒有感染性，此類不會拿去滅菌。
4. C-0599 (感染性廢棄物混合物) CULTURE ROOM或養菌所產生感染性的垃圾。黃博士說依規定感染性廢棄物24小時內要滅菌。其中玻璃、針頭、刀片等尖銳感染性物質的要好好包好，不可以直接丟垃圾筒，阿姨會收集起來裝在鐵盒裡拿去滅菌在丟掉。Pasteur pipette像我們現在這樣就可以了，但是不要丟進垃圾桶，一樣要整捆包好，讓阿姨可以安全的拿去滅菌，阿姨會將整袋Pasteur pipette裝在她的滅菌鐵盒中滅菌處理。長條型的塑膠PIPPE也要分類排列整齊(我們也有分類了☺)，讓阿姨好處理。
以上四類，撇開第二類，只有第四類是會經過滅菌處理的。還有不管一般還是感染性圾垃桶都要蓋蓋子。 以後阿姨處理完的所有垃圾，還都會蓋上癌研所的章，以示負責!
1. C-0504 (廢尖銳器具、針頭) 非感染性的尖銳物質，要裝在盒子給阿姨處理(我們一定要裝好不要讓阿姨有受傷疑慮)
2. C-0505 (受污染動物屍體、殘肢及墊料) 我們實驗室不會有所以不討論。
3. C-0507 (口罩、手套、拋棄式實驗衣等) 一般實驗室的垃圾，手套、Tip…… 自己知道沒有感染性，此類不會拿去滅菌。
4. C-0599 (感染性廢棄物混合物) CULTURE ROOM或養菌所產生感染性的垃圾。黃博士說依規定感染性廢棄物24小時內要滅菌。其中玻璃、針頭、刀片等尖銳感染性物質的要好好包好，不可以直接丟垃圾筒，阿姨會收集起來裝在鐵盒裡拿去滅菌在丟掉。Pasteur pipette像我們現在這樣就可以了，但是不要丟進垃圾桶，一樣要整捆包好，讓阿姨可以安全的拿去滅菌，阿姨會將整袋Pasteur pipette裝在她的滅菌鐵盒中滅菌處理。長條型的塑膠PIPPE也要分類排列整齊(我們也有分類了☺)，讓阿姨好處理。
以上四類，撇開第二類，只有第四類是會經過滅菌處理的。還有不管一般還是感染性圾垃桶都要蓋蓋子。 以後阿姨處理完的所有垃圾，還都會蓋上癌研所的章，以示負責!
Mar 3, 2010
Feb 22, 2010
Feb 10, 2010
挖係EBV,衝衝衝!
告別牛年,意味者也告別了KSHV。不過愛KV者也別太感傷,這是暫時的。 精確點說,本人只是想把KR部份做個結束,有些東西拖越久就越難收尾,現在應是把phosphorylation及O-GlcNAcylation兩篇推出去的最佳時機,咱們要把握機會。這裡要特別感謝中研院Khoo lab的鼎力相助、Ingrid及Maruko君的鍥而不舍,俗語說“戲棚子下站久了就是你的”,我想我們會成功的。
實驗室這幾年來建立的EV/KV lytic replication system在小嬿鴨子划水的努力下,第一份manuscript也出爐了,請台大幾位老師幫忙看一下,大抵反應還不差。我的構想是這篇文章著重在兩個細胞株的分析。最難但也最重要的部份就是:細胞都爛成這樣子了,到底有多少病毒產出?這部份set-up之後往下我們就會有一個概念→何謂permissive lytic replication。其實文獻上很難找得到像我們現在手上有這麼高比例, 這麼爛的誘導系統。真是破碎得好極了,我喜歡。
小夏一年來幫忙大家做許多“臨門一腳”的工作,這也要好好提出來感恩一下。大家在傳球上籃時如果個個都想當那最後一個投籃者,那麼這個隊伍的分數一定不高。希望大家能享受團隊合作、一起得分的感覺,也希望這個精神能在我們實驗室裡永遠流傳下去。不過,三月間的poster要好好做,趁這個機會理出ER和老化/G1滯留可以做的方向. i.e. 你該對ER大喊一聲: oh, baby, I am back!
現在來談談tiger year的展望。這年裡我們將以EBV為主(70%)口腔癌為輔(30%),先講較具新鮮感的OSCC (oral squamous cancer cell)。目前我們有五株本土OSCC細胞株, cDNAs皆已置備好。我們往下需要profile (by using Q-RT-PCR) 這些細胞株中PTK的表現情形。另外,由Ingrid及小夏製備好的一些蛋白質則想用來偵測各個細胞表現integrin及differentiation狀況。最後就是B藥對這些細胞株毒殺程度及其機制。在EBV方面則可分【夢幻型計畫】及【穩紮穩打型計畫】兩類。前者包括NP460-EREVp2089的建立; Rta在EBV感染primary epithelial cell後6~48小時內表現情形、對細胞有無明顯effect (如誘導老化); Rta遙控viral genome再活化之直接機制等等。後者則包括 TW01-EREVp2089, HONE1-EREVp2089, HeLa-EZEVp2089之建立; microarray結果中cell growth arrest與cytoskeleton reorganization兩大pathway結果之驗證;以及再分析幾種細胞中的transcriptomes表現情形等等。
Tiger年裡會有一個讓大家賺外快的【一百元專區】→凡是為大家報一篇該區中的paper,立即可得新台幣一百元。目前【一百元專區】的貨源就是在本Blog右上角那些不時更新的好文 (啥米,你到現在才注意到…昏)。若都不符合您的胃口,日後我會在nas上另開一個folder,把2010前一些值得大家討論的paper放進去。或者,可email給我你懷有極大熱情的paper,我會以最寬鬆的審核制度讓你放入該區。要讓寫作技巧進步、國際會議上和你的偶像可以交談的祕訣之一就是不斷地讀paper。學習人家怎麼賣他的想法、怎樣organize他的結果。福虎年裡就讓我們初生之犢不畏虎,大家好好加油!財源廣進!
最後, as usual, 財務方面、實驗室整潔、各項運作要特別謝謝大家一年來的幫忙。各位的分憂解勞讓我覺得當老闆還真是幸福啊！祈願Tiger Year大家身體健康、智慧增長、安和豐富、阿彌陀佛 ！(最後四字=無量光、無量壽之吉祥意)
實驗室這幾年來建立的EV/KV lytic replication system在小嬿鴨子划水的努力下,第一份manuscript也出爐了,請台大幾位老師幫忙看一下,大抵反應還不差。我的構想是這篇文章著重在兩個細胞株的分析。最難但也最重要的部份就是:細胞都爛成這樣子了,到底有多少病毒產出?這部份set-up之後往下我們就會有一個概念→何謂permissive lytic replication。其實文獻上很難找得到像我們現在手上有這麼高比例, 這麼爛的誘導系統。真是破碎得好極了,我喜歡。
小夏一年來幫忙大家做許多“臨門一腳”的工作,這也要好好提出來感恩一下。大家在傳球上籃時如果個個都想當那最後一個投籃者,那麼這個隊伍的分數一定不高。希望大家能享受團隊合作、一起得分的感覺,也希望這個精神能在我們實驗室裡永遠流傳下去。不過,三月間的poster要好好做,趁這個機會理出ER和老化/G1滯留可以做的方向. i.e. 你該對ER大喊一聲: oh, baby, I am back!
現在來談談tiger year的展望。這年裡我們將以EBV為主(70%)口腔癌為輔(30%),先講較具新鮮感的OSCC (oral squamous cancer cell)。目前我們有五株本土OSCC細胞株, cDNAs皆已置備好。我們往下需要profile (by using Q-RT-PCR) 這些細胞株中PTK的表現情形。另外,由Ingrid及小夏製備好的一些蛋白質則想用來偵測各個細胞表現integrin及differentiation狀況。最後就是B藥對這些細胞株毒殺程度及其機制。在EBV方面則可分【夢幻型計畫】及【穩紮穩打型計畫】兩類。前者包括NP460-EREVp2089的建立; Rta在EBV感染primary epithelial cell後6~48小時內表現情形、對細胞有無明顯effect (如誘導老化); Rta遙控viral genome再活化之直接機制等等。後者則包括 TW01-EREVp2089, HONE1-EREVp2089, HeLa-EZEVp2089之建立; microarray結果中cell growth arrest與cytoskeleton reorganization兩大pathway結果之驗證;以及再分析幾種細胞中的transcriptomes表現情形等等。
Tiger年裡會有一個讓大家賺外快的【一百元專區】→凡是為大家報一篇該區中的paper,立即可得新台幣一百元。目前【一百元專區】的貨源就是在本Blog右上角那些不時更新的好文 (啥米,你到現在才注意到…昏)。若都不符合您的胃口,日後我會在nas上另開一個folder,把2010前一些值得大家討論的paper放進去。或者,可email給我你懷有極大熱情的paper,我會以最寬鬆的審核制度讓你放入該區。要讓寫作技巧進步、國際會議上和你的偶像可以交談的祕訣之一就是不斷地讀paper。學習人家怎麼賣他的想法、怎樣organize他的結果。福虎年裡就讓我們初生之犢不畏虎,大家好好加油!財源廣進!
最後, as usual, 財務方面、實驗室整潔、各項運作要特別謝謝大家一年來的幫忙。各位的分憂解勞讓我覺得當老闆還真是幸福啊！祈願Tiger Year大家身體健康、智慧增長、安和豐富、阿彌陀佛 ！(最後四字=無量光、無量壽之吉祥意)
Jan 28, 2010
小嬿Progress Report有感
Teacher蔡: (1) Fig 1C western 太髒, not qualified for publication (要改進!). (2) EAD clone 88 is a good one for IFA (3) Akata strain 比 B95-8 transforms B cell 能力弱很多. (3) Dox-treated ERKV中 knock-downKR (siRNA),用以證實ER是透過KR做事... (4) ACIF是做好EBNA1 IFA之唯一良藥. (5)淑君的Blood paper中述及primary infection可有Z, R, 一直到VCA. (6)葉醫師的differentiation系統為Sphenoidal sinus, 並未有un-differentiated cells.
Teacher陳M.-R.: (1) MA 220 is a good antibody for Dox-EREV8 late gene expression (又是Fig 1C!) (2) Mechanism of ER-mediated activation of KR promoter.
Teacher陳J.-Y.: 要做與疾病,癌症有關的為佳!
SFL: (1) 一篇會令人開悟的文章, 這裡.(2) 293的Vitronectin receptor是怪胎 (ITGAVB1). (3)NA中ER的量與EREV8中ER的量是可以比較估算的.
Teacher陳M.-R.: (1) MA 220 is a good antibody for Dox-EREV8 late gene expression (又是Fig 1C!) (2) Mechanism of ER-mediated activation of KR promoter.
Teacher陳J.-Y.: 要做與疾病,癌症有關的為佳!
SFL: (1) 一篇會令人開悟的文章, 這裡.(2) 293的Vitronectin receptor是怪胎 (ITGAVB1). (3)NA中ER的量與EREV8中ER的量是可以比較估算的.
Jan 22, 2010
B292 相關
1/21/2010 (Thu) 第一次討論會議
Speaker 1-北醫劉景平: Structures of 292, J-30, SAHA etc. One OCH3 group in 292 is enough, two OCH3 increases IC50 from 50 nM to 1400 nM; replace with OH increases IC50 from 50 nM to 500 nM. SAHA is a planer structure, quite stable. SAHA is a pan-HDACi, with uM range. B291 is also a pan-HDACi, with 100 nM range. Wishing 292 is more specific.
Speaker 2-程韻靜: Effects of 292 (1/3) inhibits tubulin polymerization in KB cell; (2/3) inhibits tube formation in SH-SY5Y; (3/3) Animal models (CAM, xenograft in H460 58.7% inhibition, orthotopic PANC-1 with Luc expression); Calcium influx was increased in Taxol or J-30 (not as good as Taxol) treated neuronal cells, but neither SAHA nor 292 had effects in calcium influx; While most cells exhibit 50~100 nM IC50, HUVEC is 42 uM and WI-38 is 12 uM (so interesting!!!)
Speaker 3-夏興國: (1) B292 and EMT seemed not have correlation in breast and lung cancer cells (2) B292 and Adhesion: CL1-0 扁平+292 (uM) =扁平. CL1-5 細長+292 (nM)=morphological changes and tubulin disperse.... (但butyrate, TSA, SAHA都能造成相同現象(FAK and paxillin increases) 耶...
Speaker 4-吳仲峻: TWO1 (72 nM), NA (35 nM with EAD 5~10%), HONE-1 (66 nM), HA (42 nM).
------------------------------------------------------------------------------
11/1/09 SFL wrote:
與PrCA/AR有關:Taken together, our studies suggest that HDAC6 regulates AR hypersensitivity and nuclear localization, mainly via modulating HSP90 acetylation.
與Tau有關:To determine the relationship of tau protein and increased tubulin acetylation, we studied the effect of tau on the acetylation-deacetylation of tubulin. Our results indicate that tau binds to the tubulin-deacetylase, histone deacetylase 6 (HDAC6), decreasing its activity with a consequent increase in tubulin acetylation.
有趣, 有趣..
有空要瞭解一下HSP90,就這麼查吧. "hsp90 review AND cell cycle [jour]"
SAHA 相關 Chiang's recent paper [Here].
Speaker 1-北醫劉景平: Structures of 292, J-30, SAHA etc. One OCH3 group in 292 is enough, two OCH3 increases IC50 from 50 nM to 1400 nM; replace with OH increases IC50 from 50 nM to 500 nM. SAHA is a planer structure, quite stable. SAHA is a pan-HDACi, with uM range. B291 is also a pan-HDACi, with 100 nM range. Wishing 292 is more specific.
Speaker 2-程韻靜: Effects of 292 (1/3) inhibits tubulin polymerization in KB cell; (2/3) inhibits tube formation in SH-SY5Y; (3/3) Animal models (CAM, xenograft in H460 58.7% inhibition, orthotopic PANC-1 with Luc expression); Calcium influx was increased in Taxol or J-30 (not as good as Taxol) treated neuronal cells, but neither SAHA nor 292 had effects in calcium influx; While most cells exhibit 50~100 nM IC50, HUVEC is 42 uM and WI-38 is 12 uM (so interesting!!!)
Speaker 3-夏興國: (1) B292 and EMT seemed not have correlation in breast and lung cancer cells (2) B292 and Adhesion: CL1-0 扁平+292 (uM) =扁平. CL1-5 細長+292 (nM)=morphological changes and tubulin disperse.... (但butyrate, TSA, SAHA都能造成相同現象(FAK and paxillin increases) 耶...
Speaker 4-吳仲峻: TWO1 (72 nM), NA (35 nM with EAD 5~10%), HONE-1 (66 nM), HA (42 nM).
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11/1/09 SFL wrote:
與PrCA/AR有關:Taken together, our studies suggest that HDAC6 regulates AR hypersensitivity and nuclear localization, mainly via modulating HSP90 acetylation.
與Tau有關:To determine the relationship of tau protein and increased tubulin acetylation, we studied the effect of tau on the acetylation-deacetylation of tubulin. Our results indicate that tau binds to the tubulin-deacetylase, histone deacetylase 6 (HDAC6), decreasing its activity with a consequent increase in tubulin acetylation.
有趣, 有趣..
有空要瞭解一下HSP90,就這麼查吧. "hsp90 review AND cell cycle [jour]"
SAHA 相關 Chiang's recent paper [Here].
Jan 16, 2010
Jan 7, 2010
Dec 21, 2009
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