紀錄一下:
1. 放置實驗桌上的小型桶: (7個) 直徑12cm 高13cm圓桶;
2. 置於地上的小型桶: (1個) 直徑25cm 高30cm圓桶;
3. 置於地上的中型桶: (2個) 長40cm 寬27cm 高55cm 方桶。
Feb 18, 2011
Feb 17, 2011
02/16 Lab Meeting-小夏
1. To compare expression levels of various host proteins in TW01-EREV#27 with its parental cell TW01TetER#16.
2. Test p53 and CDK6 antibodies from ICON.
2. Test p53 and CDK6 antibodies from ICON.
02/16 Lab meeting-蔡小丸
1. CDK9 Kinase assay結果顯示 CDK9會磷酸化K-RTA 而S634/S636是其中一個位點
2. 初步看出來 K-RTA會被anti phospho-Ser/Thr-Pro MPM2所認識 而與 Pin-1間的交互作用仍需進一步證明
3. 完成silence DDR1對於口腔癌細胞株生長的影響 (DOK, HSC-3, OEC-M1, SCC-15, TW2.6)
2. 初步看出來 K-RTA會被anti phospho-Ser/Thr-Pro MPM2所認識 而與 Pin-1間的交互作用仍需進一步證明
3. 完成silence DDR1對於口腔癌細胞株生長的影響 (DOK, HSC-3, OEC-M1, SCC-15, TW2.6)
Feb 12, 2011
PLoS ONE 已被接受，恭喜小嬿！
下一步就是弄清楚Rta是怎麼樣一次動到這麼多基因。這一篇我們就可以有完全的主導權囉~ 萬歲！終於擺脫EV/KV互剋、Rta促進pRb degradation的糾纏...謝謝小嬿替Lab Set-Up許多相關的實驗步驟。也恭喜小嬿!!
Feb 1, 2011
春聯釋疑
...釋迦牟尼佛在《法華經》裡說：「是法住法位，世間相常住。」任何一個現象都有它的位置，範圍與特性，毫不混亂，世間相就是這個樣子，亦即在日常生活中，我們看到的所有一切現象是法，而法之中有全體的法與差別的法，但是差別的法並沒有離開全體的法；每一法各有各的範圍和特性，而一切法也都有其共同性，在統一的和諧中，不失個別的差異現象，即是法住法位。by 法鼓山聖嚴法師
希望我們抬頭望到這句偈子時，別忘了讓手中正在研究的題目、操作的實驗均能 法住法位、各安其所。心中的思想也是。並恭賀大家 平安順事 春風得意！
希望我們抬頭望到這句偈子時，別忘了讓手中正在研究的題目、操作的實驗均能 法住法位、各安其所。心中的思想也是。並恭賀大家 平安順事 春風得意！
Jan 27, 2011
1/26 Lab Meeting-ingrid
報告進度
(1) TW03Tet：因挑選細胞株TetR表現差，故重新挑選。
TW05Tet：以#4進行接下來的穩定細胞株篩選 (#3、#4及#6送入液態氮)，包括Flag-Luc、Flag-gZ+Rta(1：3)、Flag-Rta
(2)以shLuc、shOGT、shMGEA5的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，24、48、72小時後，收lysates進行WB確認目標蛋白質是否有減少。
(3)以SK-N-SH cell lysates當作OGT Ab的positive control，同時確認goat二抗是否可用。
(1) TW03Tet：因挑選細胞株TetR表現差，故重新挑選。
TW05Tet：以#4進行接下來的穩定細胞株篩選 (#3、#4及#6送入液態氮)，包括Flag-Luc、Flag-gZ+Rta(1：3)、Flag-Rta
(2)以shLuc、shOGT、shMGEA5的lentivirus (稀釋倍數1/8) 送入ERKV (2.4x10^5/ml/well/12well) 中，24、48、72小時後，收lysates進行WB確認目標蛋白質是否有減少。
(3)以SK-N-SH cell lysates當作OGT Ab的positive control，同時確認goat二抗是否可用。
01/26 Meeting 小嬿
Progress Report:
1. The stability of EBV Rta
a. the expression level of RTS-15 and Flag-Rta is similar but slightly higher than Rta-V5.
b. Rta expression level of 6-hr transfection is blocked by MG115 and fragmented into smaller size, and the fragments are stablized by MG115 treatment.
2. The expression level of Akata-EGFP/EBV and Akata-p2089 is similar.
3. Higher titer of viral particles were detected in long-term induction of Akata-EGFP/EBV but the infectivities were decreased.
4. Profiling of TW01-EREV-27
-Induction rate is correlated to cell density. Lower is better.
-to be continued.
1. The stability of EBV Rta
a. the expression level of RTS-15 and Flag-Rta is similar but slightly higher than Rta-V5.
b. Rta expression level of 6-hr transfection is blocked by MG115 and fragmented into smaller size, and the fragments are stablized by MG115 treatment.
2. The expression level of Akata-EGFP/EBV and Akata-p2089 is similar.
3. Higher titer of viral particles were detected in long-term induction of Akata-EGFP/EBV but the infectivities were decreased.
4. Profiling of TW01-EREV-27
-Induction rate is correlated to cell density. Lower is better.
-to be continued.
Jan 20, 2011
0119 Lab Meeting-蔡小丸
報告進度:
1. 利用外送PCDNA3-Flag CDK9, PCMV-Flag2-DN-CDK9及PIRES-hrGFP-cyclin T1進行K-RTA的in vitro kinase assay, 初步看到KRTA被CDK9磷酸化,而DN-CDK9則不具有這樣的能力
2. silence DDR1後對於oral cancer cells生長曲線的影響
希望快快將data補起來!! 加油!!
1. 利用外送PCDNA3-Flag CDK9, PCMV-Flag2-DN-CDK9及PIRES-hrGFP-cyclin T1進行K-RTA的in vitro kinase assay, 初步看到KRTA被CDK9磷酸化,而DN-CDK9則不具有這樣的能力
2. silence DDR1後對於oral cancer cells生長曲線的影響
希望快快將data補起來!! 加油!!
Jan 19, 2011
Jan 18, 2011
01/12 Lab Meeting-蔡小丸
報告英國Sahai先生兩篇collective cell migration的paper。2007年這篇是他們建立3D culture system研究squamous cell carcinoma (SCC)的collective invasion，他們發現，cancer associated fibroblast具有帶領一整群SCC invasion的能力。而cancer associated fibroblast會造成matrix remodeling及”track”的形成，以幫助SCC invasion，而這是經由integrin a3、a5、Rho-ROCK路徑。
2011這篇延續2007年的發現，進一步詳盡探討SCC的collective invasion，他們發現要發生collective invasion時，cancer cell的actomyosin (包含F-actin, phospho-MLC及MyosinⅡa)會reorganization。他們觀察到癌細胞與細胞間的actomyosin的活性都是明顯下降的，並進一步發現DDR1會參與actomyosin活性的調控，而DDR1調控collective invasion與它已知的ligand ”collagen”及它的kinase activity沒有太大的關聯性。利用GST-pull down發現DDR1會與Par3及Par6的PDZ domain形成complex，並進一步影響RhoE的分佈，而影響ROCK driven的actomyosin活性，因此，一但阻斷DDR1/Par3/Par6，SCC的collective invasion則會被中斷。本篇提供了DDR1/Par3/Par6在SCC的collective invasion時可能扮演的角色。
2011這篇延續2007年的發現，進一步詳盡探討SCC的collective invasion，他們發現要發生collective invasion時，cancer cell的actomyosin (包含F-actin, phospho-MLC及MyosinⅡa)會reorganization。他們觀察到癌細胞與細胞間的actomyosin的活性都是明顯下降的，並進一步發現DDR1會參與actomyosin活性的調控，而DDR1調控collective invasion與它已知的ligand ”collagen”及它的kinase activity沒有太大的關聯性。利用GST-pull down發現DDR1會與Par3及Par6的PDZ domain形成complex，並進一步影響RhoE的分佈，而影響ROCK driven的actomyosin活性，因此，一但阻斷DDR1/Par3/Par6，SCC的collective invasion則會被中斷。本篇提供了DDR1/Par3/Par6在SCC的collective invasion時可能扮演的角色。
Jan 12, 2011
01/12 Lab Meeting-小嬿
報告進度:
1. 偵測Dox-treated TW01-EREV-26/27的
a. viral particles, 似乎隨時間增加, 但infectivity待測
b. viral protein expression pattern比EREV8稍快
c. 27的viral particles production比26高
d. 此次的NaB效果遠比Dox低, 可多試NA或EREV8當positive control, 確定NaB效果
e. 細胞數少的induction efficiency較好
2. ChIP的sonication條件:
fixation mode: suspension
cell conc: 1.5 x 10^7 cells/ml,
sonication vol: 150 ul/reaction
sonication cycle: 30" ON, 30" OFF, for 10 cycles
3. RTS-15與Flag-Rta送入293細胞後的表達量相當, 但加MG115之後未stablize Rta的量
1. 偵測Dox-treated TW01-EREV-26/27的
a. viral particles, 似乎隨時間增加, 但infectivity待測
b. viral protein expression pattern比EREV8稍快
c. 27的viral particles production比26高
d. 此次的NaB效果遠比Dox低, 可多試NA或EREV8當positive control, 確定NaB效果
e. 細胞數少的induction efficiency較好
2. ChIP的sonication條件:
fixation mode: suspension
cell conc: 1.5 x 10^7 cells/ml,
sonication vol: 150 ul/reaction
sonication cycle: 30" ON, 30" OFF, for 10 cycles
3. RTS-15與Flag-Rta送入293細胞後的表達量相當, 但加MG115之後未stablize Rta的量
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