Apr 18, 2012
Apr 13, 2012
0409 Lab meeting-蔡小丸
1. 將DDR1 IP後的interacting proteins (no. 1-4) 切下後訂mass, 而no. 1約60 kDa, no. 2約75kDa, no. 3約85 kDa, no. 4約160 kDa的蛋白質, 其中最有興趣在一些OSCC細胞中可能有高度磷酸化的區域為no.2 利用MASCOT分析的結果統 整出較有可能的protein分別為 Heat shock 70 kDa protein 8, Heat shock 70 kDa protein 9 及 Polyadenylate-binding protein 1, 這些結果進一步需實驗進行驗證
2. 利用OEC-M1處理Glivec後, 觀察抑制DDR1活性對OEC-M1的影響 結果發現細胞生長停止, 但細胞死亡的情形不明顯
3. 觀察K2及K6細胞對Glivec的敏感性, 結果發現Glivec對於DDR1表達量較少的K2的生長抑制效果較差, 此結果仍須重複確認
2. 利用OEC-M1處理Glivec後, 觀察抑制DDR1活性對OEC-M1的影響 結果發現細胞生長停止, 但細胞死亡的情形不明顯
3. 觀察K2及K6細胞對Glivec的敏感性, 結果發現Glivec對於DDR1表達量較少的K2的生長抑制效果較差, 此結果仍須重複確認
Apr 11, 2012
Apr 6, 2012
Let's Move On!
4/10 SFL wrote:
Sorry FYC, 多兩篇給你! (ref new 1), (ref new 2)。另外, 下面的ref 3–7你可以先忽略不必看。
----------------------------
恭喜小丸子、Ingrid得獎!!
也謝謝小夏、小嬿的努力，我們和knicks一樣→work as a team，個人獲獎就是整個team的榮耀! 所以請客這種事就是老闆出錢、夥計們出力就對了!
往下大家(包括FYC)的目標調整如下:
1. 要present的圖，包括平日lab meeting均要run一下統計。
2. EBV related: (a) Infection of NP460hTert with Akata-GFP EBV (ref 1, ref 2) (b) Rta-mediated genome organization (ref 3, ref 4, ref 5, ref 6, ref 7)。
3. Oral cancer related : (a) Finish up DDR1 story (ref 8) (b) Role of GTE in collagen/DDR1 axis (ref 9, ref 10)。
4. Bioinformatics: (a) Gene fusion analysis, we will ask help from Here (b) basic computational analysis of your pet gene。
Sorry FYC, 多兩篇給你! (ref new 1), (ref new 2)。另外, 下面的ref 3–7你可以先忽略不必看。
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恭喜小丸子、Ingrid得獎!!
也謝謝小夏、小嬿的努力，我們和knicks一樣→work as a team，個人獲獎就是整個team的榮耀! 所以請客這種事就是老闆出錢、夥計們出力就對了!
往下大家(包括FYC)的目標調整如下:
1. 要present的圖，包括平日lab meeting均要run一下統計。
2. EBV related: (a) Infection of NP460hTert with Akata-GFP EBV (ref 1, ref 2) (b) Rta-mediated genome organization (ref 3, ref 4, ref 5, ref 6, ref 7)。
3. Oral cancer related : (a) Finish up DDR1 story (ref 8) (b) Role of GTE in collagen/DDR1 axis (ref 9, ref 10)。
4. Bioinformatics: (a) Gene fusion analysis, we will ask help from Here (b) basic computational analysis of your pet gene。
Mar 29, 2012
04/03 Journal Club Paper
Dear all:
下周二Journal Club本實驗室Mogi要報告的Paper：
A microRNA regulon that mediates endothelial recruitment and metastasis by cancer cells.
(我雞婆的幫Mogi Po網，請大家要用力看喔!)
下周二Journal Club本實驗室Mogi要報告的Paper：
A microRNA regulon that mediates endothelial recruitment and metastasis by cancer cells.
(我雞婆的幫Mogi Po網，請大家要用力看喔!)
03/28 Lab Meeting- 小夏
目前的工作: To determine the DDR1 mutations in 7 OSCC cell lines.
Note:
The external gene-specific primers and internal M13-appended PCR primers for activation loops and JM domain (Ref.1)(Ref.2) 這兩篇的mutation都與drug的sensitivity有關。
我稍微追了一下Ref.2: Cancer Cell 2005這篇以High-throughput DNA resequencing 在164 polycythemia vera病人當中的121位有 JAK2V617F missense mutation，其中41位homozygous mutation; 80位 heterozygous mutation。Homozygous mutations來自於mutation allele的duplication。這篇的貢獻在於Inhibition of the JAK2V617F kinase with a small molecule inhibitor leads to inhibition of proliferation of hematopoietic cells, suggesting that the JAK2 tyrosine kinase is a potential target for pharmacologic inhibition in patients with myeloproliferative disorders。
不過他們不是第一個在myeloproliferative disorders發現這個突變點的唯一group，幾乎在同時，另一個group也identify到JAK2V617F的 mutation 並且發表於Nature (2005)，這篇是在講 JAK2V617F mutation leads to constitutive tyrosine phosphorylation activity that promotes cytokine hypersensitivity and induces erythrocytosis in a mouse model。這兩篇是最早identify到JAK2V617F的group。
之後，一直到最近，這當中陸陸續續發表了好多篇針對JAK2V617F sensitive的kinase inhibitor的paper。如最近的(Blood. 2011) (Blood Rev. 2011) 這兩篇。很有趣耶(面白いね)。
Note:
The external gene-specific primers and internal M13-appended PCR primers for activation loops and JM domain (Ref.1)(Ref.2) 這兩篇的mutation都與drug的sensitivity有關。
我稍微追了一下Ref.2: Cancer Cell 2005這篇以High-throughput DNA resequencing 在164 polycythemia vera病人當中的121位有 JAK2V617F missense mutation，其中41位homozygous mutation; 80位 heterozygous mutation。Homozygous mutations來自於mutation allele的duplication。這篇的貢獻在於Inhibition of the JAK2V617F kinase with a small molecule inhibitor leads to inhibition of proliferation of hematopoietic cells, suggesting that the JAK2 tyrosine kinase is a potential target for pharmacologic inhibition in patients with myeloproliferative disorders。
不過他們不是第一個在myeloproliferative disorders發現這個突變點的唯一group，幾乎在同時，另一個group也identify到JAK2V617F的 mutation 並且發表於Nature (2005)，這篇是在講 JAK2V617F mutation leads to constitutive tyrosine phosphorylation activity that promotes cytokine hypersensitivity and induces erythrocytosis in a mouse model。這兩篇是最早identify到JAK2V617F的group。
之後，一直到最近，這當中陸陸續續發表了好多篇針對JAK2V617F sensitive的kinase inhibitor的paper。如最近的(Blood. 2011) (Blood Rev. 2011) 這兩篇。很有趣耶(面白いね)。
Mar 26, 2012
未來的實驗計畫
1. EBV RTA Ab
(1)我自己做會再試試Rosetta-gami2，不然就要換其他plasmid---我看我老公論文換plasmid後，表現量有差 (同時濁水溪丁先生也是這樣建議)。
(2)濁水溪丁先生來看過WB結果，說把ERQ320 plasmid拿回去純化試試看 (若不成功不用錢)，已經將plasmid給他，約估花2-3禮拜。
(3)基龍米克斯也有蛋白質純化的服務，他們公司的post-doc可以幫忙試不同plasmid X 不同compentent=一個條件8000元，不成功(蛋白質產量未達到0.5mg/L)的話要2500元(試劑費)。
2.Zta Ab抗體純化
(1)proteinA/G純化---丁先生說通常是延長抗體保存期限，我們保存在-80度應該OK，不過丁先生也不敢一定保證。
(2)antigen column---可提高專一性，但若用(1)純化可得約10-20mg/20ml serum，但用(2)可得2mg/20 ml serum (應該還是會有些抗體掉了)
問過萍學姊，他建議我用NA/TS在做一次，因為他用的是EREV/Dox，本來就會大量表現ZTA，看是不是也是1:5000的稀釋條件是OK的。
PS 萍學姊說他們實驗室都沒有純化抗體，只有應reviewer的建議純化少許抗體作實驗。
3.NP460htert (是不是要先等FY決定題目)
現在實驗室剩
(1)DKSFM+Epi:在去年年底混和好，目前剩有回溫過的150ml+在冷房的200ml (7266元/1L，約等貨14-20天)
(2)KGM-2在20111025購買500ml全新未拆封---冰箱有20ml之前留下來的 (10000元/1L)
PS
(1)有看過宜津的DATA是建議2ng/ml TGF-B作實驗=Dr.曹做NP460_EBVakata的條件
(2)小夏當初TW05EREV---PEG濃縮病毒可以明顯提高感染率，但TGF-B只有一咪咪
(1)我自己做會再試試Rosetta-gami2，不然就要換其他plasmid---我看我老公論文換plasmid後，表現量有差 (同時濁水溪丁先生也是這樣建議)。
(2)濁水溪丁先生來看過WB結果，說把ERQ320 plasmid拿回去純化試試看 (若不成功不用錢)，已經將plasmid給他，約估花2-3禮拜。
(3)基龍米克斯也有蛋白質純化的服務，他們公司的post-doc可以幫忙試不同plasmid X 不同compentent=一個條件8000元，不成功(蛋白質產量未達到0.5mg/L)的話要2500元(試劑費)。
2.Zta Ab抗體純化
(1)proteinA/G純化---丁先生說通常是延長抗體保存期限，我們保存在-80度應該OK，不過丁先生也不敢一定保證。
(2)antigen column---可提高專一性，但若用(1)純化可得約10-20mg/20ml serum，但用(2)可得2mg/20 ml serum (應該還是會有些抗體掉了)
問過萍學姊，他建議我用NA/TS在做一次，因為他用的是EREV/Dox，本來就會大量表現ZTA，看是不是也是1:5000的稀釋條件是OK的。
PS 萍學姊說他們實驗室都沒有純化抗體，只有應reviewer的建議純化少許抗體作實驗。
3.NP460htert (是不是要先等FY決定題目)
現在實驗室剩
(1)DKSFM+Epi:在去年年底混和好，目前剩有回溫過的150ml+在冷房的200ml (7266元/1L，約等貨14-20天)
(2)KGM-2在20111025購買500ml全新未拆封---冰箱有20ml之前留下來的 (10000元/1L)
PS
(1)有看過宜津的DATA是建議2ng/ml TGF-B作實驗=Dr.曹做NP460_EBVakata的條件
(2)小夏當初TW05EREV---PEG濃縮病毒可以明顯提高感染率，但TGF-B只有一咪咪
Mar 20, 2012
Mar 9, 2012
自我介紹-Ya-Wen
我好像是外星人不太會使用Blog~
Anyway, 我的代號是Ya-Wen Chen就是我的英文名字啦, 很抱歉我沒啥special English name.
因為連外國人都可清楚叫Ya-Wen, 祝大家有個愉快的周末假期~
Anyway, 我的代號是Ya-Wen Chen就是我的英文名字啦, 很抱歉我沒啥special English name.
因為連外國人都可清楚叫Ya-Wen, 祝大家有個愉快的周末假期~
自我介紹-大衛 (現在使用大夏似乎有點晚了!嗚!)
各位誌友(摯友)，大家好，來段繞口令吧：
嘿，大衛就是David，David就是大夏，大夏就是我，我就是夏博啦........(好像也沒甚麼特色?)
很早就接受SF的邀請，但始終未po文，希望這次有眾多誌友的共襄盛舉，能發揮此Blogger的功用!
嘿，大衛就是David，David就是大夏，大夏就是我，我就是夏博啦........(好像也沒甚麼特色?)
很早就接受SF的邀請，但始終未po文，希望這次有眾多誌友的共襄盛舉，能發揮此Blogger的功用!
Mar 7, 2012
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