(from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection)
Su-Fang<sflin@g.ntu.edu.tw>
收件者：news dashboard
Taipei temperature of 39.7 C a 124-year record! (Taiwan News)
Jul 25, 2020
Jul 8, 2020
法王科學家
2020/07/09
Vimeo Dalai Lama The Scientist
Vimeo Dalai Lama The Scientist
- lost his freedom at 16 years old
- lost his country at 24 years old (1950 right after a meeting with CCP)
1987/10
First The Mind and Life Dialog" Meeting at Dalamsara
Jul 7, 2020
蔣揚仁欽
2019/02/14
專注力的訓練 蔣揚仁欽 (https://youtu.be/61sd-CNeNJ0)
2020/03/25
如何以般若而波羅蜜多＿蔣揚仁欽博士＿法鼓文理學院 (https://youtu.be/w5aWhTrnBEw)
專注力的訓練 蔣揚仁欽 (https://youtu.be/61sd-CNeNJ0)
2020/03/25
如何以般若而波羅蜜多＿蔣揚仁欽博士＿法鼓文理學院 (https://youtu.be/w5aWhTrnBEw)
Jul 5, 2020
唐鳳政委腦補區
2020/06/22 486會客室第一集 -> 唐鳳 (https://youtu.be/M-ypMZ0Ma6A?t=10)
2020/06/22 李思端 大雲食堂 (https://youtu.be/X63I39-Jk1w) 繼續吃 ☺
- 後面略略聊到新課綱，486先生也是覺得家長心態最重要
- SFL: 愛之正足以害之啊
2020/06/22 李思端 大雲食堂 (https://youtu.be/X63I39-Jk1w) 繼續吃 ☺
台灣Model! (記得去捐口罩呦) (https://youtu.be/X63I39-Jk1w?t=2659)
唐鳳曾是輟學生 拍影片教畢業生如何看終身學習[影] (中央社)
2020/01/22 Audrey x 博恩 (https://youtu.be/CrO8MROMhpQ)
2020/01/07 Audrey x Freddy @ 萬華 (某人一直吃、一直吃 vs 某人一直講、一直講 片長小心)
Jul 1, 2020
Good Talks - Mina Bissell, Eric Sahai, Howard Chang
(From google Groups/sflinlab2020)
Mina Bissell (LBNL, UC Berkeley):
Half the secret of the cell is outside of the cell
記得開字幕 (雖然她的英文已經很標準)
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Eric Sahai
目前只找到 interviews...
2014/03/21 Dr. Erik Sahai - at CANCERCON 2014 (https://youtu.be/_KvJyeDF3w0) (原來他有印度血統!)
2015/11/11 Tumour: stroma interactions (https://youtu.be/Avhon8jrSeQ)
2016/03/04 CF thank you - Dr Erik Sahai Cancer Research (https://youtu.be/xPeI7OO5uUk)
2016/11/23 Gifts in Wills fund over a third of our research and are saving lives right now: Dr Erik Sahai (https://youtu.be/Q4az2dIZ4I8)
Dr. Erik Sahai 官網 ((https://www.crick.ac.uk/research/labs/erik-sahai)
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Howard Chang (Stanford U)
Howard Chang (Stanford, HHMI) 1: Epigenomic Technologies (https://youtu.be/wDjLQk3hvFk)Howard Chang (Stanford, HHMI) 2: LncRNA Function at the RNA Level: Xist (https://youtu.be/uNCbXXXVOCA)Howard Chang (Stanford, HHMI) 3: LncRNA Function at the DNA Level: PVT1 (https://youtu.be/lhzeL7gR8Sg)
Howard Chang (Stanford, HHMI) 2: LncRNA Function at the RNA Level: Xist (https://youtu.be/uNCbXXXVOCA)
Howard Chang (Stanford, HHMI) 3: LncRNA Function at the DNA Level: PVT1 (https://youtu.be/lhzeL7gR8Sg)
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Jun 25, 2020
疫情指揮中心NHCC
(from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection)
NHRI NICR<nhrinicr@gmail.com>
2020年6月25日 下午2:15:29
收件者：treasureCollection@googlegroups.com
06/24 中央社 日本女學生染疫感染源疑在台灣 (tinyurl.com/ybc3h7ew)
日本女留學生 Ct = 37.38 弱陽性
(台灣 Ct < 35 為陽性; Ct 35 ~ 32 病毒養不出來)
06/25 14:00 NHECC 此案在日本會列為境外移入，因為一案不兩列，所以台灣不列為本土案例。
花開見佛悟無生、不退菩薩為伴侶! 願陳院士早日乘願再來，度盡一切病苦眾生!
from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection)
06/24 22:27 中央社
陳定信病逝享壽76歲 畢生推動肝病防治引領國際 (tinyurl.com/ybnfemhq)
- 台大醫院副院長吳明賢晚間接受中央社記者採訪時表示，陳定信數十年來關心研究進展，也熱愛教學，儘管早已退休，每天仍到辦公室從事研究工作，且到臨床指導後進。陳定信樹立了醫師科學家的榜樣，帶領許多優秀的後輩為台灣貢獻所長。
- 研究成果可為臨床治療扎根，吳明賢說，自己印象很深刻，從前擔任住院醫師時曾聽陳定信說過，當醫師看病，一次只能救一個人；但透過好的研究，可以一次幫助很多人。因重視研究的精神，陳定信帶領的研究團隊享譽國際，台灣不管是肝病研究或臨床治療都是世界一流水準。
- 此外，吳明賢說，陳定信也非常有台灣本土意識，扎根台灣、放眼國際。過去台灣消化系醫學會曾一度因中國因素，差點被國際消化系醫學會除名；當時也是因陳定信的國際名望和台灣在肝病領域的佳績，讓國際不容忽視。
非常感謝陳醫師當年的鼓勵與照顧! 在肝炎中心短短幾個月，目睹由擔當、遠見、謙遜中所散發出的自信，影響後學的力量是歷久彌新的。哲人日已遠，典型在夙昔，慟。Jun 24, 2020
聽完昨天lab meeting後、給奕宏的建議
(From google Groups/sflinlab2020)
覺得YH昨天的lab meeting slide整理進步許多，值得嘉許，請繼續保持、再精進~
雖然還有DAVID/KEGG部分沒有報完，我想請奕宏以NCKU-OrCA-40TN (n=80) 這一組data，替代TCGA HNSC (n=526) 作類似分析，建議步驟如下
- 請至 ExpLog_2020_04 YHL區，取一個實驗代號，題目為Molecular subtyping of NCKU-OrCA-40TN by DeClust method
- NCKU-OrCA-40TN expression matrix 及 metadata 請由NHRI_NICR_R2-1211/2019_12_Xena...下載
- expression matrix = exprs.0419.18047.txt
- metadata = clinical_features_20200610.txt
- 另有一筆R markdown file, 是我讀開這兩個txt檔的筆記供參。
- 請照昨天的作法，先run DeClut，看看這80個檢體可跑出幾個subtype
- 跑Estimate，了解每個檢體 stromal, immune, estimated tumor 分數。
- 跑CIBERSORTx. 這一次用Puram (就是昨天你show的head and neck scRNA-seq)
- ps 蔡博士講那一篇paper的三份slide雲端連結按我。
下週二因為TY要rehearsal JC paper, 所以再下ㄧ週 (07/07)，由你來報這邊的進度:-)
Jun 23, 2020
睡覺前還是查一下mailbox, 還沒回音 (CAF index MS)... 明天家裡日曆的每日格言是...
Jun 23, 2020, 10:01:51 PM
「最困難的時候，就是離成功不遠的時候。」 睡覺去吧! (31-3)+23=51d
賴亭羽<b002010033@gmail.com>
Jun 24, 2020, 2:18:22 PM
to sflinlab2020
(31-3)+23=51 d <- (._.)?
SFL<sflin1@gmail.com>
Jun 25, 2020, 11:22:01 AM
to sflinlab2020
(31-3)+25=53! 您嘛給我醒一醒...推推推...
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Jul 10, 2020, 2:23:30 PM
Reviewer#2 名字揭曉!
原來是亭羽JC paper 團隊中，2017年J Exp Medicine的第一作者, 謝謝丹尼爾大大...
Distinct Populations of Inflammatory Fibroblasts and Myofibroblasts in Pancreatic Cancer (PubMed Link)
Jun 21, 2020
AK480 R package pcr 定量結果供參
Related # AK480, AK481, AK482, AP038, Ingrid, TYL
(SFL: 只去掉K2一格數值版本)
(Ingrd 傳統手動版: K2去三格，OKF4去二格，NP460去一格，NP550去二格)
(我是每個RNase7的CT值去扣到HPRT的平均值，這樣之後才有辦法算SD)
Ingrid:
結論是K2跟K2_AC顛倒???!!!
OKF4控制組細胞被刺激的RNase7表現都變超弱了???!!!
SFL:
Jun 20, 2020
D614G相關
(from groups.google.com/News Dashboard) (treasureCollection)
News Archives:
- 05/20 Int J Infectious Dis (Dasman Diabetes Institute, Kuwait City, Kuwait) Could the D614G substitution in the SARS-CoV-2 spike (S) protein be associated with higher COVID-19 mortality? .....Overall, our observation speculates that the S-D614G strains may be more virulent, increasing the severity in infected individuals, especially in Europe where this mutation is prominent (04/02 received, 05/09 revised, 05/20 epub)
- 06/11 Scripps Institute 官網 The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity
- 06/15 His-tag D614G peptide is available ! Shocked. (tinyurl.com/yafom8xh)
- 06/15 台大陳宜君醫師 (https://youtu.be/Fvd-J1kIOYQ?t=31)
- 06/20 重慶醫科大學@bioRxive The D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity and decreases neutralization sensitivity to individual convalescent sera
- 06/23 李P@年代向錢看 (https://youtu.be/F-B2HECMDGQ)
- 哈，這次可能是真呦，李P... 多數病毒學家不是沒事做，是病毒太厲害了! We shall see...
全球共享流感數據倡議組織 維基百科
GISAID (an acronym standing for Global Initiative on Sharing All Influenza Data)
D614G 2020/06/20 (n=2893)
突變病毒或對抗體「免疫」據《The Science Times》報道，重慶醫科大學校長黃愛龍團隊於醫學預印平台bioRxiv發表研究論文，當中透露與新發地市場有關的至少3名患者體內，發現原本僅在歐洲流行的D614G突變病毒。團隊其後嘗試以人工方法複製D614G病毒株，以此感染從新冠肺炎康復者體內所抽出、具有抗體的血液樣本。結果顯示，從3名康復者身上所得之血液樣本抗體，均無法有效抵抗D614G突變病毒感染，41個樣本當中甚至有1個對D614G突變病毒幾近完全無效，反映新冠肺炎康復者即使已有抗體，亦不代表能夠對已發生突變的病毒免疫。突變後感染力或增2至10倍。事實上，較早前美國聖地牙哥已有針對D614G突變的相關研究。研究發現，病毒經D614G突變後，刺突蛋白（spike proteins）或有所增加，這關係到病毒感染人體細胞的能力，團隊認為D614G感染人體的效率將提高10倍。重慶亦曾進行類似研究，結果顯示D614G突變的感染力大約增加2.4倍。研究指出病毒經突變後可能增加其感染力，惟報道指相關結果並未經同行審議，亦缺乏臨床數據支持，有關病毒出現突變後感染力、對受感染者影響甚至會否左右潛伏期長短等資料仍有待研究。
第一份測試po文
(From google Groups/sflinlab2020)
成功收到第一份 來自 Gusite Forum 的測試文。
早上一直找不到「建立群組」按鈕，結果先在 @gmail.domain 建立一個新群組，邀請 @g.ntu加入，就成功了
a reply mail from lab account also works
先到 https://groups.google.com/forum/#!newtopic/sflinlab2020
論壇區發表主題 就可以開始玩...
賴亭羽<b002010033@gmail.com>
Jun 23, 2020, 9:17:18 AM
to sflinlab2020
玩...網站? 所以要貼主題的意思嗎?
SFL<sflin1@gmail.com>
Jun 23, 2020, 9:50:31 PM
to sflinlab2020
Yes, post whatever you wish to discuss, record, or show-off here.
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