Jan 22, 2014

TCGA DATA 下載

TCGA data download

上次回去尾牙

Dr. Lin 提到TCGA的DATA DOWNLOAD

目前找到的地方是這裡

https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm



我有試著下載 HNSC的miRNAseq的data跟clinical data

看data matrix

其中miRseq的data 應該是已經處理過的 給的數值是count 跟 frequency

但是會有不同read frame的問題

我想 gene expression 應該也會有類似問題

目前還是不知道怎麼處理

跟NGS資料分析 一點都不熟阿! XDDDDD




張貼者： 於

3 comments:

  1. SFL1/23/14, 3:42 PM

    據我得到的消息是它有兩個tier: Open Access data tier及Controlled Access data tier。後面這個要經過一些申請步驟才能得到下面三種data:(1) Individual germline variant data (2) Exon Array files (3)
    Primary sequence data (.bam files)

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  2. SFL1/23/14, 3:44 PM

    是的，光是data processing就要費很大力氣，所以我才好奇蕭老師那邊他們有在用嗎？怎樣處理?

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  3. Unknown1/23/14, 6:19 PM

    沒有!!

    目前這邊也只靠cancer browser
    查詢跟看相關性

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