分享兩篇paper
1. 這篇: A model for ligand-induced DDR1 shedding.
(1) DDR1 在沒有collagen存在下，為全長125kDa的蛋白質。
(2) collagen刺激之下誘導DDR1 autophosphorylation，引起sheddase活化，進而將DDR1從細胞表面切成兩段(ectodomain shedding)。
(3) ectodomain shedding後，產生soluble DDR1 (a-subunit) 及membrane-anchored truncated DDR1 (beta-subunit) ，此時膜上的DDR1為tyrosine-phosphorylated 62kDa的蛋白質。
->因此猜測在OSCC細胞中Glivec處理之下，我們看到DDR1全長的增加的同時應該也可以看到62kDa DDR1的減少。
->對照我們的4株OSCC細胞在Glivec處理之下，62kDa DDR1在C9及OEC-M1中確實可以看到有下降的現象，撇開OC3來講，TW2.6仍需要再次確認這件事情。
2. 這篇: Discoidin domain receptor 1: isoform expression and potential functions in cirrhotic human liver.
肝硬化病人肝組織中全長的DDR1較正常人來得少，而shed DDR1 fragments較正常人多。
->已將cytosol改為soluble。
修改後的報告PPT檔案已放入NAS上。
Dec 6, 2012
Dec 4, 2012
Nov 25, 2012
練習英文又可檢驗自我科研潛力的好東西
早上被家中電腦可以上網卻又無法上Google網站煩到不行，逛啊逛得看到這一個site (按我). 看到幾篇title很有趣的文章:
Q&A: Douglas Osheroff
Finding fascination in nature Nature 490, S8–S9 (11 October 2012)
------------------------------------------------------
Q&A: William Phillips
In search of ignorance Nature 490, S11–S12 (11 October 2012)
------------------------------------------------------
Graduate students: Aspirations and anxieties
Gene Russo Nature 475, 533–535 (27 July 2011)
------------------------------------------------------
Postdoc or not?
Karen Kaplan Nature 483, 499–500 (21 March 2012)
------------------------------------------------------
Job applications: Straight to the top of the pile
Karen Kaplan Nature 488, 241–243 (08 August 2012)
裡頭的英文蠻好懂的，內容都很實在，大家不妨挑幾篇和自己現況有關的文章讀一讀，練習英文又可檢視自己，瞭解大環境。
Q&A: Douglas Osheroff
Finding fascination in nature Nature 490, S8–S9 (11 October 2012)
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Q&A: William Phillips
In search of ignorance Nature 490, S11–S12 (11 October 2012)
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Graduate students: Aspirations and anxieties
Gene Russo Nature 475, 533–535 (27 July 2011)
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Postdoc or not?
Karen Kaplan Nature 483, 499–500 (21 March 2012)
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Job applications: Straight to the top of the pile
Karen Kaplan Nature 488, 241–243 (08 August 2012)
裡頭的英文蠻好懂的，內容都很實在，大家不妨挑幾篇和自己現況有關的文章讀一讀，練習英文又可檢視自己，瞭解大環境。
經濟奇蹟還是海市蜃楼
我們被分析了...
國際權威醫學期刊最新報告:近20年台灣焦慮與憂鬱症患者比例倍增
Lancet 全文下載 （Click Me）
附上解藥兩枚
(1) 聖嚴師父"平安的人間" 書摘
(2) 哈佛最受歡迎的一堂課：幸福課 (音樂也很棒!)
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Oct 22, 2012
Dear All,
這是下週想跟大家分享的一個小品的PAPER
連結於此http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/2/9/826.long
謝謝大家
MO
這是下週想跟大家分享的一個小品的PAPER
連結於此http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/2/9/826.long
謝謝大家
MO
Oct 19, 2012
1017 Lab Meeting-FYC
Progress Report
1. 探討oral cancer cell lines中MMP-2以及MMP-9與DDR1之間的關係
a) 透過Western blot發現在oral cancer cell lines中,MMP-2 protein的表現與DDR1間較有關聯,MMP-9則無
b) 利用Zymography偵測MMP-2以及MMP-9的活性則發現,在oral cancer cell lines中,以MMP-9的活性較為明顯,MMP-2則無
-->以後如果要做深入的研究會以MMP-2方向進行,因與DDR1關聯性較高
2. 研究台灣oral cancer cell lines中的FGFR3-TACC3 gene fusion
a) 透過PCR analysis可在C8以及C9 oral cancer cell lines中發現確實有FGFR3-TACC3的gene fusion情況
b) 透過DNA sequencing可定出在C8及C9中FGFR3-TACC3在genomic DNA level上的breakpoint site
-->之後希望選出一對適合的primer在gDNA上能順利work,再去偵測clinical sample的gDNA中有沒有FGFR3-TACC3 gene fusion的情形
1. 探討oral cancer cell lines中MMP-2以及MMP-9與DDR1之間的關係
a) 透過Western blot發現在oral cancer cell lines中,MMP-2 protein的表現與DDR1間較有關聯,MMP-9則無
b) 利用Zymography偵測MMP-2以及MMP-9的活性則發現,在oral cancer cell lines中,以MMP-9的活性較為明顯,MMP-2則無
-->以後如果要做深入的研究會以MMP-2方向進行,因與DDR1關聯性較高
2. 研究台灣oral cancer cell lines中的FGFR3-TACC3 gene fusion
a) 透過PCR analysis可在C8以及C9 oral cancer cell lines中發現確實有FGFR3-TACC3的gene fusion情況
b) 透過DNA sequencing可定出在C8及C9中FGFR3-TACC3在genomic DNA level上的breakpoint site
-->之後希望選出一對適合的primer在gDNA上能順利work,再去偵測clinical sample的gDNA中有沒有FGFR3-TACC3 gene fusion的情形
Oct 9, 2012
20121016 Journal Club Paper
Dear All:
下週二我要跟大家報告的paper是：Polycomb-Mediated Loss of miR-31 Activates NIK-Dependent NF-κB Pathway in Adult T Cell Leukemia and Other Cancers （請點選下載）請多多指教，謝謝。
下週二我要跟大家報告的paper是：Polycomb-Mediated Loss of miR-31 Activates NIK-Dependent NF-κB Pathway in Adult T Cell Leukemia and Other Cancers （請點選下載）請多多指教，謝謝。
Oct 5, 2012
amazing~人瑞生子的時代快來臨了～
根據今天刊登在「科學」雜誌（Science）的研究報告，日本京都大學研究團隊利用iPS的技術成功將母鼠取出的幹細胞，誘導成卵子，再進行體外受精後植入代理孕母老鼠，並成功生下健康子鼠，並能繁殖下一代。連同他們之前的研究：從公鼠身上取出幹細胞，利用iPS的技術誘導成精子，未來八十歲的老爺爺老奶奶想生小孩可能不是夢想了!iPS真的是太神奇了～
science report
Can
Oct 1, 2012
cBIO Cancer Genomic Portal
cBIO
cBIO database is one browser of Cancer Genome Anatomy Projects (CGAP).
This project is supported by NIH and NCI that 20 cancer types will analyse with Copy-number (Array-CGH), mRNA expression (RNA-seq), mutation (NGS), and DNA methylation status between clinical tumor samples and adjust normal tissues.
Now, there are 7 type of cancers that have finished this project and can search with whole results.
In other 13 cancers, new data will update monthly but only with CGH and mRNA expression.
It can be use as an independent clinical cohort in our project and wish it may useful in everyone studies.
Sep 28, 2012
10/02 Journal Club Paper
Dear all:
附檔是我下禮拜要報告的paper，題目是: Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma。
請大家多多指教了，謝謝各位。
附檔是我下禮拜要報告的paper，題目是: Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma。
請大家多多指教了，謝謝各位。
Sep 20, 2012
0919 Lab Meeting-YJC
Progress Report
1. 欲觀察CTCF是否在EBV/KSHV的潛伏期中扮演repressor的角色:
a) 利用shRNA-lentivirus infection方式knockdown CTCF expression五天之後, 發現病毒RNA/protein表現量上升, 存在於細胞中及release到上清液的的病毒DNA copies也變多.
--> shCTCF clone B情況較特殊, 將mix其他三個clone的病毒液再觀察一次結果
--> viral transcripts/protein可多看BMRF1, K-bZIP
b) 將CTCF表現質體送入細胞中表現3天, 發現病毒RNA/protein表現量沒有變化, 存在於細胞中及release到上清液的病毒DNA copies變化也不大
--> 調整細胞濃度做DNA transfection再觀察一次
2. 利用ChIP方式觀察EBV Rta表現是否影響CTCF結合於病毒基因體的能力. 初步結果可觀察到Dox-48hr細胞中, CTCF binding量比non-induction少; 而Rta除了binding在已知的RRE之外, 在目前所偵測的DNA片段上也都有Rta的訊號.
--> EREV8的ChIP訊號都比ERKV弱, 需要多加確認
--> ChIP所得DNA量太少, 將做些調整以提高所得DNA濃度
1. 欲觀察CTCF是否在EBV/KSHV的潛伏期中扮演repressor的角色:
a) 利用shRNA-lentivirus infection方式knockdown CTCF expression五天之後, 發現病毒RNA/protein表現量上升, 存在於細胞中及release到上清液的的病毒DNA copies也變多.
--> shCTCF clone B情況較特殊, 將mix其他三個clone的病毒液再觀察一次結果
--> viral transcripts/protein可多看BMRF1, K-bZIP
b) 將CTCF表現質體送入細胞中表現3天, 發現病毒RNA/protein表現量沒有變化, 存在於細胞中及release到上清液的病毒DNA copies變化也不大
--> 調整細胞濃度做DNA transfection再觀察一次
2. 利用ChIP方式觀察EBV Rta表現是否影響CTCF結合於病毒基因體的能力. 初步結果可觀察到Dox-48hr細胞中, CTCF binding量比non-induction少; 而Rta除了binding在已知的RRE之外, 在目前所偵測的DNA片段上也都有Rta的訊號.
--> EREV8的ChIP訊號都比ERKV弱, 需要多加確認
--> ChIP所得DNA量太少, 將做些調整以提高所得DNA濃度
Sep 12, 2012
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