2013/02/05 Journal Club

大家好:
    小龍年前最後一次journal club 要跟大家分享的paper 請下載連結檔案。Title: Fibroblast Growth Factor Receptor 3 (FGFR3) Is a Strong Heat Shock Protein 90 (Hsp90) Client

20130122 Journal Club Paper

大家好，
連結檔案是我這週要報告的paper，請查收，謝謝！
Title: Activation of TGF-b Pathway by Areca Nut Constituents: A Possible Cause of Oral Submucous Fibrosi.

20130116Lab meeting-小丸

1. 利用pooled shDDR1 clones探討DDR1對於OSCC cells的影響，結果發現抑制DDR1表達造成OSCC cells數目降低及細胞凋亡數目增加，而p-SHC、p-SHP2、p-MAPK、CDK1及bcl2為參與DDR1 pro-survival 路徑的重要分子。


2. 比較一系列DDR1 inhibitors (Imatinib、Dasatinib及Nilotinib )對於OSCC cells生長的影響，其中Dasatinib對於OSCC cells的生長抑制效果顯著，但其為廣效型抑制劑，相較之下對DDR1專一性較差，因此，之後實驗仍會著重於Imatinib及Nilotinib當作DDR1抑制劑，觀察對於OSCC cells生長的影響。

3. 利用HOK探討collagens是否會增加DDR1及collagens的protein及mRNA level表達，結果發現collagen typeIV扮演重要角色。

PI Retreat 地點

台南市柳營區旭山里60號/尖山埤江南渡假村
電話: (06)623-3888

DDR1, Integrin, Cell adhesion and more...

Discoidin Domain Receptors Promote α1β1- and α2β1-Integrin Mediated Cell Adhesion to Collagen by Enhancing Integrin Activation. (PLoS One. 2012;7(12):e52209)
Xu H, Bihan D, Chang F, Huang PH, Farndale RW, Leitinger B.

The discoidin domain receptors, DDR1 and DDR2, are receptor tyrosine kinases that bind to and are activated by collagens. Similar to collagen-binding β1 integrins, the DDRs bind to specific motifs within the collagen triple helix. However, these two types of collagen receptors recognize distinct collagen sequences...

20130102 Journal Club Paper

Dear all,

        Attached is (link me here) the paper I will present next Tuesday, please received. W-H Lee

Title: AMPK Promotes p53 Acetylation via Phosphorylation and Inactivation of SIRT1 in Liver Cancer Cells

專家的話

又看到一篇有趣的文章了，米那桑!

Lab Life: Balancing act.

快快讀過的心得是：

1. 利用下載paper的記錄作為一個scientist花在研究相關工作上的指標，發現美國人工作得較晚、中國人則多利用週末兩天來做研究。
2. 文中提及每週花60(中國)~80(美國)小時在研究工作上是吃這行飯人的宿命。不過，大多數花長時間工作做科研的人卻是樂在其中。
3. 問題是投資報酬率，就是說creativity/productivity卻不是和長時間工作成正比。
4. New idea常常來自較放鬆愉快的情境中，因此要常常注意自己的狀態是不是太緊繃，也要發掘一、二樣可以讓自己心境reset的嗜好，並且適度take a break.
5. 要懂得規劃事情的優先順序，對那些輕而急的事情要堅持做完，對可以緩一點再做的事情要懂得跟太demanding的主管說no.

一定有漏掉的地方，請你讀完後也不吝加些心得呦!!

EVKV genome comparison

EVKV genome comparison

由 sufang 在 四, 12/13/2012 - 16:39 發表 

• EBV and KSHV
 
• EBV1
 
• KSHV_rc

捨不得丟掉的老圖

20121205 小夏報告

分享兩篇paper
1. 這篇: A model for ligand-induced DDR1 shedding.
(1) DDR1 在沒有collagen存在下，為全長125kDa的蛋白質。
(2) collagen刺激之下誘導DDR1 autophosphorylation，引起sheddase活化，進而將DDR1從細胞表面切成兩段(ectodomain shedding)。
(3) ectodomain shedding後，產生soluble DDR1 (a-subunit) 及membrane-anchored truncated DDR1 (beta-subunit) ，此時膜上的DDR1為tyrosine-phosphorylated 62kDa的蛋白質。

->因此猜測在OSCC細胞中Glivec處理之下，我們看到DDR1全長的增加的同時應該也可以看到62kDa DDR1的減少。
->對照我們的4株OSCC細胞在Glivec處理之下，62kDa DDR1在C9及OEC-M1中確實可以看到有下降的現象，撇開OC3來講，TW2.6仍需要再次確認這件事情。

2. 這篇: Discoidin domain receptor 1: isoform expression and potential functions in cirrhotic human liver.
肝硬化病人肝組織中全長的DDR1較正常人來得少，而shed DDR1 fragments較正常人多。
->已將cytosol改為soluble。

修改後的報告PPT檔案已放入NAS上。

20121211 Journal Club Paper

大家好，我是小揚。
這是我下周二要跟大家報告的paper : Oncogenic FGFR3 gene fusions in bladder cancer
請大家多多指教。

練習英文又可檢驗自我科研潛力的好東西

早上被家中電腦可以上網卻又無法上Google網站煩到不行，逛啊逛得看到這一個site (按我). 看到幾篇title很有趣的文章:
Q&A: Douglas Osheroff
Finding fascination in nature Nature 490, S8–S9 (11 October 2012)
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Q&A: William Phillips
In search of ignorance Nature 490, S11–S12 (11 October 2012)
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Graduate students: Aspirations and anxieties
Gene Russo Nature 475, 533–535 (27 July 2011)
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Postdoc or not?
Karen Kaplan Nature 483, 499–500 (21 March 2012)
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Job applications: Straight to the top of the pile
Karen Kaplan Nature 488, 241–243 (08 August 2012)

裡頭的英文蠻好懂的，內容都很實在，大家不妨挑幾篇和自己現況有關的文章讀一讀，練習英文又可檢視自己，瞭解大環境。

經濟奇蹟還是海市蜃楼

我們被分析了...
國際權威醫學期刊最新報告:近20年台灣焦慮與憂鬱症患者比例倍增 
Lancet 全文下載 （Click Me）

附上解藥兩枚
(1) 聖嚴師父"平安的人間" 書摘
(2) 哈佛最受歡迎的一堂課：幸福課 (音樂也很棒!)