專家的話

又看到一篇有趣的文章了，米那桑!

Lab Life: Balancing act.

快快讀過的心得是：

1. 利用下載paper的記錄作為一個scientist花在研究相關工作上的指標，發現美國人工作得較晚、中國人則多利用週末兩天來做研究。
2. 文中提及每週花60(中國)~80(美國)小時在研究工作上是吃這行飯人的宿命。不過，大多數花長時間工作做科研的人卻是樂在其中。
3. 問題是投資報酬率，就是說creativity/productivity卻不是和長時間工作成正比。
4. New idea常常來自較放鬆愉快的情境中，因此要常常注意自己的狀態是不是太緊繃，也要發掘一、二樣可以讓自己心境reset的嗜好，並且適度take a break.
5. 要懂得規劃事情的優先順序，對那些輕而急的事情要堅持做完，對可以緩一點再做的事情要懂得跟太demanding的主管說no.

一定有漏掉的地方，請你讀完後也不吝加些心得呦!!

EVKV genome comparison

EVKV genome comparison

由 sufang 在 四, 12/13/2012 - 16:39 發表 

• EBV and KSHV
 
• EBV1
 
• KSHV_rc

捨不得丟掉的老圖

20121205 小夏報告

分享兩篇paper
1. 這篇: A model for ligand-induced DDR1 shedding.
(1) DDR1 在沒有collagen存在下，為全長125kDa的蛋白質。
(2) collagen刺激之下誘導DDR1 autophosphorylation，引起sheddase活化，進而將DDR1從細胞表面切成兩段(ectodomain shedding)。
(3) ectodomain shedding後，產生soluble DDR1 (a-subunit) 及membrane-anchored truncated DDR1 (beta-subunit) ，此時膜上的DDR1為tyrosine-phosphorylated 62kDa的蛋白質。

->因此猜測在OSCC細胞中Glivec處理之下，我們看到DDR1全長的增加的同時應該也可以看到62kDa DDR1的減少。
->對照我們的4株OSCC細胞在Glivec處理之下，62kDa DDR1在C9及OEC-M1中確實可以看到有下降的現象，撇開OC3來講，TW2.6仍需要再次確認這件事情。

2. 這篇: Discoidin domain receptor 1: isoform expression and potential functions in cirrhotic human liver.
肝硬化病人肝組織中全長的DDR1較正常人來得少，而shed DDR1 fragments較正常人多。
->已將cytosol改為soluble。

修改後的報告PPT檔案已放入NAS上。

20121211 Journal Club Paper

大家好，我是小揚。
這是我下周二要跟大家報告的paper : Oncogenic FGFR3 gene fusions in bladder cancer
請大家多多指教。

練習英文又可檢驗自我科研潛力的好東西

早上被家中電腦可以上網卻又無法上Google網站煩到不行，逛啊逛得看到這一個site (按我). 看到幾篇title很有趣的文章:
Q&A: Douglas Osheroff
Finding fascination in nature Nature 490, S8–S9 (11 October 2012)
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Q&A: William Phillips
In search of ignorance Nature 490, S11–S12 (11 October 2012)
------------------------------------------------------
Graduate students: Aspirations and anxieties
Gene Russo Nature 475, 533–535 (27 July 2011)
------------------------------------------------------
Postdoc or not?
Karen Kaplan Nature 483, 499–500 (21 March 2012)
------------------------------------------------------ 
Job applications: Straight to the top of the pile
Karen Kaplan Nature 488, 241–243 (08 August 2012)

裡頭的英文蠻好懂的，內容都很實在，大家不妨挑幾篇和自己現況有關的文章讀一讀，練習英文又可檢視自己，瞭解大環境。

經濟奇蹟還是海市蜃楼

我們被分析了...
國際權威醫學期刊最新報告:近20年台灣焦慮與憂鬱症患者比例倍增 
Lancet 全文下載 （Click Me）

附上解藥兩枚
(1) 聖嚴師父"平安的人間" 書摘
(2) 哈佛最受歡迎的一堂課：幸福課 (音樂也很棒!)

Dear All,

這是下週想跟大家分享的一個小品的PAPER
連結於此http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/2/9/826.long

謝謝大家

MO

1017 Lab Meeting-FYC

Progress Report


1. 探討oral cancer cell lines中MMP-2以及MMP-9與DDR1之間的關係
a) 透過Western blot發現在oral cancer cell lines中,MMP-2 protein的表現與DDR1間較有關聯,MMP-9則無
b) 利用Zymography偵測MMP-2以及MMP-9的活性則發現,在oral cancer cell lines中,以MMP-9的活性較為明顯,MMP-2則無
-->以後如果要做深入的研究會以MMP-2方向進行,因與DDR1關聯性較高

2. 研究台灣oral cancer cell lines中的FGFR3-TACC3 gene fusion
a) 透過PCR analysis可在C8以及C9 oral cancer cell lines中發現確實有FGFR3-TACC3的gene fusion情況
b) 透過DNA sequencing可定出在C8及C9中FGFR3-TACC3在genomic DNA level上的breakpoint site
-->之後希望選出一對適合的primer在gDNA上能順利work,再去偵測clinical sample的gDNA中有沒有FGFR3-TACC3 gene fusion的情形

20121016 Journal Club Paper

Dear All:

下週二我要跟大家報告的paper是：Polycomb-Mediated Loss of miR-31 Activates NIK-Dependent NF-κB Pathway in Adult T Cell Leukemia and Other Cancers （請點選下載）請多多指教，謝謝。

amazing~人瑞生子的時代快來臨了～

        根據今天刊登在「科學」雜誌（Science）的研究報告，日本京都大學研究團隊利用iPS的技術成功將母鼠取出的幹細胞，誘導成卵子，再進行體外受精後植入代理孕母老鼠，並成功生下健康子鼠，並能繁殖下一代。連同他們之前的研究：從公鼠身上取出幹細胞，利用iPS的技術誘導成精子，未來八十歲的老爺爺老奶奶想生小孩可能不是夢想了!iPS真的是太神奇了～

新聞稿

     
science report
                                                                                                                                                          Can

cBIO Cancer Genomic Portal

cBIO

cBIO database is one browser of Cancer Genome Anatomy Projects (CGAP).
This project is supported by NIH and NCI that 20 cancer types will analyse with Copy-number (Array-CGH), mRNA expression (RNA-seq), mutation (NGS), and DNA methylation status between clinical tumor samples and adjust normal tissues.

Now, there are 7 type of cancers  that have finished this project and can search with whole results.
In other 13 cancers, new data will update monthly but only with CGH and mRNA expression.

It can be use as an independent clinical cohort in our project and wish it may useful in everyone studies.

10/02 Journal Club Paper

Dear all:

附檔是我下禮拜要報告的paper，題目是: Transforming Fusions of FGFR and TACC Genes in Human Glioblastoma。

請大家多多指教了，謝謝各位。