TCGA data download
上次回去尾牙
Dr. Lin 提到TCGA的DATA DOWNLOAD
目前找到的地方是這裡
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm
我有試著下載 HNSC的miRNAseq的data跟clinical data
看data matrix
其中miRseq的data 應該是已經處理過的 給的數值是count 跟 frequency
但是會有不同read frame的問題
我想 gene expression 應該也會有類似問題
目前還是不知道怎麼處理
跟NGS資料分析 一點都不熟阿! XDDDDD
Jan 22, 2014
Jan 20, 2014
20140115 Lab meeting-小丸子
1. 整理與Harvard Skin Disease Research Center Dr.Rheinwald購買之細胞株培養方法
2. 試著釐清Src與DDR1的活性之關聯性: 過去研究指出(1)Src innibitor會抑制collagen I induced DDR1的活性(2)Src會與p-DDR1有交互作用 我的結果指出(1)imatinib處理會抑制Src的活性 (2)比較不同株細胞Src的活性與DDR1的活性似乎有相關 (3)加入Src innibitor會影響OEC-M1中DDR1與Src的交互作用(此現象在TW2.6不明顯) (4)加入Src innibitor 對於OSCC細胞生長的抑制影響不是很明顯(1uM濃度, 48小時)
3. 整理過去發現Collagens處理後DDR1,ITG..等mRNA level增加的例子, 結論為大多條件均在serum free下進行, 因此會嘗試改變為這樣條件去觀察在keratinocytes中處理Collagens對DDR1及ITGs mRNA level的影響 4. QPCR的CT值差異約要載1.5-2以上 以終產物跑agarose gel 才看的出來差異
Jan 16, 2014
20140121 Journal Club paper
Dear all:
隨信附上下週(1/21)journal分享的paper，
題目為 Grhl3/Get1 suppresses miR-21 expression and tumorigenesis
請查收
The Grainyhead transcription factor Grhl3/Get1 suppresses miR-21 expression and tumorigenesis in skin: modulation of the miR-21 target MSH2 by RNA-binding protein DND.
隨信附上下週(1/21)journal分享的paper，
題目為 Grhl3/Get1 suppresses miR-21 expression and tumorigenesis
請查收
The Grainyhead transcription factor Grhl3/Get1 suppresses miR-21 expression and tumorigenesis in skin: modulation of the miR-21 target MSH2 by RNA-binding protein DND.
Dec 31, 2013
20140107 Journal Club paper
Dear all:
這個是下週我想分享的PAPER，題目為 The EBV oncogene LMP1 protects lymphoma cells from cell death through the collagen-mediated activation of DDR1。
Supplemental materials在此。
最後祝大家新年快樂唷^^
這個是下週我想分享的PAPER，題目為 The EBV oncogene LMP1 protects lymphoma cells from cell death through the collagen-mediated activation of DDR1。
Supplemental materials在此。
最後祝大家新年快樂唷^^
Dec 28, 2013
CRISPR/Cas9 Plasmids
https://www.addgene.org/CRISPR/
Addgene最近在賣的一系列有趣的plasmid
(addgene的另外意思就是 不貴)
目的是辨識特定DNA序列，去切斷、造成Nick、抑制基因表現或是促進基因表現。
最早能辨識DNA序列的 是Zinc finger，後來出現TALEN，這兩個都是protein為主的數位編碼。
後來又有人發現CRISPR/Cas系統
CRISPR/Cas9本來是用在抵禦外來DNA，辨識序列、切斷。
整個原理
簡單的說 Cas9會利用guide RNA (特定序列+一個二級結構的RNA)去辨識DNA序列
再將雙股DNA切斷 (去防禦外來DNA入侵)
一開始被利用其實是拿來做transgene ES，增加DNA recombination 的效率。
這幾年陸續有人將enzyme activty移除，甚至做成fusion protein，
接上抑制性domain HP1/KABP)或是活化domain (VP64)，去專一性的抑制或表現特定基因。
跟Zinc finger跟TALEN比起來，其辨識主要是gRNA 序列而不是protein的排列順序(編碼)
所以可以利用合成oligo-nucletides insert 到gRNA expression plasmid去達成鑑別力，
整個彈性、速度跟CP值，完全大勝前兩項。
CRISPR抑制 (CRISPRi)也可以媲美RNAi，甚至更好。
我看其中一篇reference，他們做CRISPRi後去做Sequence，
發現專一性極高，也無off-target effect。(paper data都是最漂亮的! 哈)
然後合成DNA primer的價錢，也遠比RNA 便宜很多，所以CP值跟彈性都更高。
activation部分，也可以去操作特定基因﹐的表現。
可以用來證明某些未知的transcript 是來自於同一個還是獨立的。
其實在Zinc finger/TALEN的部分，
也是有人將epigentic enzyme，DNMT, PRC Complex or Tet去做fusion，
去達成特地區域的epigentic change。
CRISPR應該也可以做到。
以上資訊分享給大家囉。(就當作我journal club的報告吧!!超敷衍!! 哈)
Addgene最近在賣的一系列有趣的plasmid
(addgene的另外意思就是 不貴)
目的是辨識特定DNA序列，去切斷、造成Nick、抑制基因表現或是促進基因表現。
最早能辨識DNA序列的 是Zinc finger，後來出現TALEN，這兩個都是protein為主的數位編碼。
後來又有人發現CRISPR/Cas系統
CRISPR/Cas9本來是用在抵禦外來DNA，辨識序列、切斷。
整個原理
簡單的說 Cas9會利用guide RNA (特定序列+一個二級結構的RNA)去辨識DNA序列
再將雙股DNA切斷 (去防禦外來DNA入侵)
一開始被利用其實是拿來做transgene ES，增加DNA recombination 的效率。
這幾年陸續有人將enzyme activty移除，甚至做成fusion protein，
接上抑制性domain HP1/KABP)或是活化domain (VP64)，去專一性的抑制或表現特定基因。
跟Zinc finger跟TALEN比起來，其辨識主要是gRNA 序列而不是protein的排列順序(編碼)
所以可以利用合成oligo-nucletides insert 到gRNA expression plasmid去達成鑑別力，
整個彈性、速度跟CP值，完全大勝前兩項。
CRISPR抑制 (CRISPRi)也可以媲美RNAi，甚至更好。
我看其中一篇reference，他們做CRISPRi後去做Sequence，
發現專一性極高，也無off-target effect。(paper data都是最漂亮的! 哈)
然後合成DNA primer的價錢，也遠比RNA 便宜很多，所以CP值跟彈性都更高。
activation部分，也可以去操作特定基因﹐的表現。
可以用來證明某些未知的transcript 是來自於同一個還是獨立的。
其實在Zinc finger/TALEN的部分，
也是有人將epigentic enzyme，DNMT, PRC Complex or Tet去做fusion，
去達成特地區域的epigentic change。
CRISPR應該也可以做到。
以上資訊分享給大家囉。(就當作我journal club的報告吧!!超敷衍!! 哈)
Dec 23, 2013
Dec 11, 2013
2013/12/11 Lab Meeting- 小夏
A. IP結果
1. AE316: 1) KR跟DNMT3b有很強的interaction; 2) ER/gZ跟三個DNMT都有interaction。
2. AE326: KR跟DNMT3b有interaction, ER沒有; ER與KR和DNMT3a都有interaction (雖然ER大於KR, 但KR本身的量也較少, 若補回來可能差不多)。
3. IP將Focus在DNMT3a與Flag-Luc, ER, KR間的Interaction情形。
B. To screen IFNG induced-IDO1 expression
1. 各個OSCC細胞間的IDO1表現應好好的跑在一起公平比較，在AE324中無法下定論。
2. AE324: IFNG can induce IDO1 expression in OSCC cells.
3. AE342: 參考Dr.洪明秀實驗室Wenchy的實驗方法，觀察OSCC在IFNG處理之下的細胞狀況(e.g., Cell rounding, Cell arrest, Cellular senescence, Cell death).
1. AE316: 1) KR跟DNMT3b有很強的interaction; 2) ER/gZ跟三個DNMT都有interaction。
2. AE326: KR跟DNMT3b有interaction, ER沒有; ER與KR和DNMT3a都有interaction (雖然ER大於KR, 但KR本身的量也較少, 若補回來可能差不多)。
3. IP將Focus在DNMT3a與Flag-Luc, ER, KR間的Interaction情形。
B. To screen IFNG induced-IDO1 expression
1. 各個OSCC細胞間的IDO1表現應好好的跑在一起公平比較，在AE324中無法下定論。
2. AE324: IFNG can induce IDO1 expression in OSCC cells.
3. AE342: 參考Dr.洪明秀實驗室Wenchy的實驗方法，觀察OSCC在IFNG處理之下的細胞狀況(e.g., Cell rounding, Cell arrest, Cellular senescence, Cell death).
Dec 5, 2013
Nov 19, 2013
關於 11/26 的 journal club -->12/3
大家好,我是松濤,因為我12/10學校剛好有事無法參加報告,所以我跟 janice 交換報告時間到11/26,但是11/26我臨時有事得到台南一趟,所以想將journal club的時間往後順延一個星期到12/03,而原本12/10那週則照常,若造成大家的不便還請多多包含,這是我這次要報告的paper.
http://cancerres.aacrjournals.org/content/73/2/953.long
Tau
http://cancerres.aacrjournals.org/content/73/2/953.long
Tau
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